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- PDB-3o2w: Crystal structure of the 1E9 PheL89Ser/LeuH47Trp/MetH100bPhe Fab ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o2w
タイトルCrystal structure of the 1E9 PheL89Ser/LeuH47Trp/MetH100bPhe Fab in complex with a 39A11 transition state analog
要素(Chimeric antibody Fab 1E9, ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgG antibody Fab
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / CITRATE ANION / Chem-O2W
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / rigid body refinement / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Verdino, P. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the 1E9 PheL89Ser/LeuH47Trp/MetH100bPhe Fab in complex with a 39A11 transition state analog
著者: Verdino, P. / Aldag, C. / Jonsson, S. / Hilvert, D. / Wilson, I.A.
履歴
登録2010年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Chimeric antibody Fab 1E9, light chain
H: Chimeric antibody Fab 1E9, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,54025
ポリマ－48,5112
非ポリマー3,02923
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7150 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area21200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.203, 128.203, 92.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 Chimeric antibody Fab 1E9, light chain


分子量: 24082.904 Da / 分子数: 1 / 変異: F89S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / プラスミド: p4xH-1E9(PheL89Ser/LeuH47Trp/MetH100bPhe) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2
#2: 抗体 Chimeric antibody Fab 1E9, heavy chain


分子量: 24428.510 Da / 分子数: 1 / 変異: L47T,M100bF / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / プラスミド: p4xH-1E9(PheL89Ser/LeuH47Trp/MetH100bPhe) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2

-
非ポリマー , 5種, 88分子

#3: 化合物 ChemComp-O2W / methyl ({[(3aR,4R,7R,7aR)-2-(4-aminophenyl)-1,3-dioxooctahydro-4H-4,7-ethanoisoindol-4-yl]carbamoyl}oxy)acetate


分子量: 401.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N3O6
#4: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.25M ammoniumsulfate, 0.15M sodiumcitrate, 0.01% PEG20000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.059658 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.059658 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 28353 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.55 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
BOSデータ収集
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: rigid body refinement
開始モデル: 1E9 PheL89Ser/LeuH47Trp/MetH100bPhe Fab apo structure

解像度: 2.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 20.48 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24825 1365 4.9 %RANDOM
Rwork0.20713 ---
obs0.20907 26768 97.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 79.982 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.05 Å22.03 Å20 Å2
2--4.05 Å20 Å2
3----6.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3312 0 190 65 3567
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0223618
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7424934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8145441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.27224.714140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.0215559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5011510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.22429
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6561.52249
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14523599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.83931534
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8394.51332
LS精密化 シェル解像度: 2.552→2.618 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 114 -
Rwork0.331 1936 -
obs--98.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.07311.96370.63379.3505-0.84884.3577-0.17690.00160.00860.545-0.0516-0.8539-0.2979-0.070.2286-0.06320.0768-0.1447-0.5004-0.0338-0.191266.5305-21.6048-17.4366
22.61310.45023.38762.763-0.773515.2567-0.17740.4735-0.1072-0.72210.11470.08371.0956-0.9080.0628-0.0339-0.31960.0345-0.103-0.0859-0.350548.8881-44.6502-42.8371
31.35440.7063-0.18814.07662.9469.61270.22420.11370.1325-0.1896-0.0737-0.3079-0.4793-0.1698-0.15050.01330.2018-0.0316-0.58520.0048-0.266260.3421-6.5521-32.7762
44.22572.5254-3.50344.3733-2.08638.30280.07760.31900.0997-0.05120.7087-0.3316-2.0953-0.0264-0.26650.1917-0.11270.3114-0.0287-0.25342.3136-29.4709-42.0755
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2L109 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3H1 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4H114 - 227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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