PDB-3nz8: Crystal structure of the HIV-2 neutralizing Fab fragment 7C8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nz8

タイトル

Crystal structure of the HIV-2 neutralizing Fab fragment 7C8

要素

Mouse anti V3 antibody 7C8 Fab, heavy chain
Mouse anti V3 antibody 7C8 Fab, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antigen binding / Antibody / Fab / Immunological / HIV-2 / V3 / gp125

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Uchtenhagen, H. / Friemann, R. / Raszewski, G. / Spetz, A.-L. / Nilsson, L. / Achour, A.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the HIV-2 Neutralizing Fab Fragment 7C8 with High Specificity to the V3 Region of gp125.
著者: Uchtenhagen, H. / Friemann, R. / Raszewski, G. / Spetz, A.L. / Nilsson, L. / Achour, A.

履歴

登録	2010年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Advisory / Data collection / Structure summary カテゴリ: audit_author / diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _audit_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nz8.cif.gz	347.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nz8.ent.gz	289.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nz8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nz8_validation.pdf.gz	456.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nz8_full_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示
XML形式データ	3nz8_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	3nz8_validation.cif.gz	43.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/3nz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/3nz8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1i9jS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5mx3-1 4k23-d 2eh7-d 1rul-d 5mvj-2 5eoq-d 3qnz-d 3dif-2 3bdy-1 5wuv-d 2f5a-d 6obz-1 1rua-d 1a3l-d 1kcs-d 3qo1-d 4odw-2 6pds-1 4jzo-2 5erw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mouse anti V3 antibody 7C8 Fab, heavy chain

B: Mouse anti V3 antibody 7C8 Fab, light chain

H: Mouse anti V3 antibody 7C8 Fab, heavy chain

L: Mouse anti V3 antibody 7C8 Fab, light chain

ヘテロ分子

95.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mouse anti V3 antibody 7C8 Fab, heavy chain

B: Mouse anti V3 antibody 7C8 Fab, light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: Mouse anti V3 antibody 7C8 Fab, heavy chain

L: Mouse anti V3 antibody 7C8 Fab, light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.071, 100.071, 196.763
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: 抗体	Mouse anti V3 antibody 7C8 Fab, heavy chain 分子量: 23754.617 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	Mouse anti V3 antibody 7C8 Fab, light chain 分子量: 24128.730 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.58 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 8.5 詳細: 50 mM ammonium sulphate, 25% (w/v) PEG 8000 and 2.5% (v/v) PEG 400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→44.6 Å / Num. obs: 32045 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 0 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 21.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1I9J

1i9j

解像度: 2.7→42.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 36.87 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.877 / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	1615	5 %	RANDOM
R_work	0.226	-	-	-
obs	0.229	30420	99.8 %	-
all	-	30420	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.39 Å²	2.19 Å²	0 Å²
2-	-	4.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→42.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6677	0	6	78	6761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	6854
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.065	1.951	9340
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.806	5	863
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.132	24.436	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.43	15	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.975	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	5147
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.285	1.5	4327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.536	2	7041
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.608	3	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.05	4.5	2299
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	111	-
R_work	0.366	2193	-
obs	-	-	99.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5124	2.3735	0.6078	6.0636	-0.864	3.7406	-0.0139	-0.0779	0.5115	-0.3149	-0.217	0.1968	-0.0072	-0.1229	0.231	0.2619	-0.0502	0.1109	0.2634	-0.0492	0.3896	35.065	-6.74	-14.557
2	1.2409	0.1451	0.637	0.9385	1.2274	5.9878	0.0869	-0.2018	0.2334	0.092	-0.2229	0.1465	-0.0263	-0.5928	0.1361	0.2097	-0.0706	0.0265	0.2816	0.0205	0.518	32.473	-8.376	-16.624
3	5.6302	0.5293	-2.3897	5.5644	-1.3994	9.7245	0.515	0.2717	0.2226	0.2033	-0.574	-0.5017	-0.6478	-0.1544	0.0591	0.1636	-0.1279	-0.0268	0.314	0.122	0.5397	34.442	-11.025	-42.314
4	6.6847	2.7761	-5.0879	7.7798	-3.4458	13.8597	0.2876	0.1631	-0.1147	-0.5862	-0.7457	-1.2875	0.0258	0.742	0.4581	0.1667	-0.0201	-0.0018	0.431	0.2114	0.7013	39.422	-15.048	-46.395
5	3.2643	0.547	0.029	3.5872	-2.8243	8.4774	-0.1026	-0.1518	0.7474	0.2342	0.0809	0.6842	-1.6269	-0.4569	0.0218	0.5039	0.121	-0.0115	0.1161	-0.0648	0.8656	29.789	13.649	-20.441
6	4.7076	0.3222	-0.7225	8.3008	-1.443	7.3018	-0.4609	0.1919	0.9584	-0.0852	0.387	-0.2192	-1.1743	1.1503	0.0739	0.5631	-0.186	-0.0726	0.2689	-0.0101	0.8111	40.287	14.798	-20.918
7	0.7137	0.6519	0.956	1.3833	2.0622	5.7249	-0.1201	0.1782	0.4058	-0.1379	0.1514	0.1081	-0.8004	-0.1181	-0.0313	0.2682	0.069	-0.0298	0.2655	0.0659	0.6758	30.318	2.816	-34.688
8	2.7417	3.3059	0.4991	10.6065	1.6064	3.8828	0.1357	0.0364	0.5326	0.1552	-0.2424	0.6871	-0.4418	-0.7214	0.1067	0.1619	0.023	-0.005	0.3985	0.0738	0.4856	23.178	-7.179	-53.367
9	1.3179	0.6512	-0.0157	5.4988	-2.2408	1.0878	0.1351	-0.0667	0.0083	-0.3331	0.018	0.2868	0.1455	-0.1898	-0.153	0.7218	-0.0864	0.0369	0.2675	-0.048	0.4197	64.33	16.412	-5.539
10	2.5555	1.1682	-0.1008	2.0901	-0.1102	6.8572	0.0085	-0.0433	-0.2543	-0.6692	0.0556	-0.3231	0.8973	0.1955	-0.0642	0.8311	0.0392	0.1454	0.0539	-0.0157	0.4405	74.408	13.881	-3.151
11	1.762	-0.5696	1.0009	1.8187	-2.4739	3.4026	0.1725	0.0475	-0.0953	-0.4408	-0.0964	0.0597	0.553	0.1434	-0.0761	0.8351	-0.1253	0.0986	0.1421	-0.1129	0.4159	65.453	19.954	-12.825
12	3.9186	-0.2008	2.1922	5.4301	2.6618	8.6116	-0.0489	0.7827	0.0342	-0.1642	-0.4646	0.7	0.7633	-0.7013	0.5134	0.4372	-0.2597	0.1333	0.3859	-0.124	0.4304	55.835	30.546	-37.485
13	10.4688	-3.5716	-2.7763	3.7043	-1.9076	4.6013	-0.2836	-0.3859	-0.16	-1.0779	0.9076	-0.0465	0.5874	-0.5281	-0.6239	2.6685	-0.4403	0.5834	0.7076	-0.3854	1.4866	73.189	2.302	-27.919
14	0.5864	1.8737	0.1801	6.7625	-1.5207	10.992	-0.1561	0.0147	-0.1876	-0.9074	-0.0181	-0.3082	0.9747	0.3326	0.1742	0.9641	0.0083	0.1656	0.0188	-0.014	0.4762	72.36	0.037	-16.596
15	0.8573	-0.3805	0.1922	2.156	-2.6405	3.5946	0.0262	0.2904	-0.1993	-0.5044	-0.0612	0.0905	1.1042	0.0245	0.035	0.9529	0.022	0.1407	0.1882	-0.1504	0.3299	69.241	16.232	-33.575
16	3.1152	1.8319	-0.2352	17.3509	0.1304	5.8346	-0.07	0.5236	0.2095	-0.0874	-0.4153	-0.5808	1.4288	0.265	0.4852	0.6437	0.1329	0.1714	0.4851	-0.0349	0.172	72.873	25.466	-51.65

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	52 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	133 - 173
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	174 - 214
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 43
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	44 - 67
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	68 - 133
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	134 - 212
9	X-RAY DIFFRACTION	9	H	1 - 41
10	X-RAY DIFFRACTION	10	H	42 - 73
11	X-RAY DIFFRACTION	11	H	74 - 126
12	X-RAY DIFFRACTION	12	H	133 - 214
13	X-RAY DIFFRACTION	13	L	1 - 17
14	X-RAY DIFFRACTION	14	L	18 - 50
15	X-RAY DIFFRACTION	15	L	51 - 193
16	X-RAY DIFFRACTION	16	L	194 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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