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万見
- PDB-3nt7: Crystal Structure of Vaccinia Virus Uracil DNA Glycosylase R187V ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nt7
タイトルCrystal Structure of Vaccinia Virus Uracil DNA Glycosylase R187V Mutant
要素Uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE / URACIL-DNA GLYCOSYLASE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uracil-DNA glycosylase / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種VACCINIA VIRUS WESTERN RESERVE (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chattopadhyay, D.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Vaccinia virus D4 mutants defective in processive DNA synthesis retain binding to A20 and DNA.
著者: Druck Shudofsky, A.M. / Silverman, J.E. / Chattopadhyay, D. / Ricciardi, R.P.
履歴
登録2010年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年6月29日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Uracil-DNA glycosylase
A: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7686
ポリマ－54,3922
非ポリマー3764
水1,31573
1
C: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子

C: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9618
ポリマ－54,3922
非ポリマー5686
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area2640 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
2
A: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子

A: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5764
ポリマ－54,3922
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area2310 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area20090 Å2
手法PISA
3
C: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子

C: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子

A: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子

A: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,53712
ポリマ－108,7844
非ポリマー7538
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation5_655x-y+1,-y,-z+1/31
Buried area7000 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area37760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.195, 85.195, 139.439
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase / UDG


分子量: 27196.041 Da / 分子数: 2 / 変異: R187V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) VACCINIA VIRUS WESTERN RESERVE (ウイルス)
遺伝子: D4R, VACWR109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) plysS
参照: UniProt: Q91UM2, UniProt: P04303*PLUS, uracil-DNA glycosylase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5M Ammonium sulfate, 0.1M Hepes , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 21064 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.445.20.34194
2.44-2.495.20.312193.2
2.49-2.535.30.265192.9
2.53-2.585.30.221193.4
2.58-2.645.20.197193.3
2.64-2.75.30.196192.5
2.7-2.775.40.175192
2.77-2.845.40.141192.1
2.84-2.935.40.121191.7
2.93-3.025.40.106191.3
3.02-3.135.40.09190.9
3.13-3.255.50.073189.8
3.25-3.45.50.065189.7
3.4-3.585.50.052189
3.58-3.85.60.047188.3
3.8-4.095.60.041187.3
4.09-4.55.80.036186.5
4.5-5.145.70.034185.4
5.14-6.445.70.033183.5
6.44-205.60.027179.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OWQ

2owq


解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 19.063 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.447 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27402 1103 5.2 %RANDOM
Rwork0.22164 ---
obs0.22443 19959 89.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.226 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0.11 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3483 0 22 73 3578
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223599
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1181.9514894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8415426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.92324.214159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.7315602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4891513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3351.52152
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.63323522
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.85431447
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4154.51372
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.401→2.464 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 71 -
Rwork0.29 1519 -
obs--93.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3466-0.55961.551.0217-0.36712.26020.0457-0.26810.2151-0.074-0.0294-0.0159-0.16260.0067-0.01630.04420.02720.03850.2880.07390.0687-9.86913.8413.688
25.80160.74960.84361.10970.39742.04420.09470.69620.21170.01330.0061-0.0265-0.16560.4408-0.10090.0419-0.06320.03790.4185-0.01550.043-49.12915.02730.393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C1 - 160
2X-RAY DIFFRACTION1C161 - 166
3X-RAY DIFFRACTION1C174 - 218
4X-RAY DIFFRACTION2A1 - 160
5X-RAY DIFFRACTION2A161 - 169
6X-RAY DIFFRACTION2A174 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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