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万見
- PDB-3ng9: Structure to Function Correlations for Adeno-associated Virus Ser... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ng9
タイトルStructure to Function Correlations for Adeno-associated Virus Serotype 1
要素Capsid protein
キーワードVIRUS / Adeno-Associated Virus 1 / beta barrel / single-stranded DNA virus / parvovirus / icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus - 1 (アデノ随伴ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Govindasamy, L. / Miller, E.B. / Gurda, B. / McKenna, R. / Zolotukhin, S. / Muzyczka, N. / Agbandje-McKenna, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure to Function Correlations for Adeno-Associated Virus serotype 1
著者: Govindasamy, L. / Miller, E.B. / Gurda, B. / McKenna, R. / Zolotukhin, S. / Muzyczka, N. / Agbandje-McKenna, M.
履歴
登録2010年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
E: Capsid protein
F: Capsid protein
G: Capsid protein
H: Capsid protein
I: Capsid protein
J: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)817,01230
ポリマ－814,54910
非ポリマー2,46220
水23,4201300
1
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
E: Capsid protein
F: Capsid protein
G: Capsid protein
H: Capsid protein
I: Capsid protein
J: Capsid protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,902,069180
ポリマ－4,887,29560
非ポリマー14,774120
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
4
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
E: Capsid protein
F: Capsid protein
G: Capsid protein
H: Capsid protein
I: Capsid protein
J: Capsid protein
ヘテロ分子


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 817 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)817,01230
ポリマ－814,54910
非ポリマー2,46220
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
単位格子
Length a, b, c (Å)262.700, 262.700, 612.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11J-871-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J

-
要素

#1: タンパク質
Capsid protein


分子量: 81454.922 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus - 1 (アデノ随伴ウイルス)
参照: UniProt: Q9WBP8
#2: 化合物
ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#3: 化合物
ChemComp-CYT / 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / CYTOSINE / シトシン


分子量: 111.102 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5N3O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 1.0 M NaCl and 7% PEG 6K, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 247785 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 13401 / Rsym value: 0.206 / % possible all: 48.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G8G

2g8g


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 9.324 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 12421 5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 235361 89.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.488 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.22 Å2-1.61 Å20 Å2
2---3.22 Å20 Å2
3---4.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41200 0 180 1300 42680
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02242650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7711.92958150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.66255190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.97124.3192130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.769156350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.35915210
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.26020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02133950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.051.525970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.061242070
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.124316680
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8694.516080
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 4260 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Atight positional0.050.05
Btight positional0.050.05
Ctight positional0.060.05
Dtight positional0.050.05
Etight positional0.050.05
Ftight positional0.060.05
Gtight positional0.050.05
Htight positional0.050.05
Itight positional0.060.05
Jtight positional0.060.05
Atight thermal0.140.5
Btight thermal0.140.5
Ctight thermal0.130.5
Dtight thermal0.130.5
Etight thermal0.140.5
Ftight thermal0.150.5
Gtight thermal0.150.5
Htight thermal0.140.5
Itight thermal0.140.5
Jtight thermal0.160.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 446 -
Rwork0.341 8931 -
obs--45.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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