[日本語] English
- PDB-3ncj: Crystal structure of Fab15 Mut8 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ncj
タイトルCrystal structure of Fab15 Mut8
要素
  • Fab15 Mut8 heavy chain
  • Fab15 Mut8 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Luo, J. / Feng, Y. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Co-evolution of antibody stability and Vk CDR-L3 canonical structure
著者: Luo, J. / Feng, Y. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2010年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年3月31日Group: Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle ...entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: Fab15 Mut8 light chain
H: Fab15 Mut8 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2239
ポリマ-47,7512
非ポリマー4727
11,169620
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area19680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.550, 74.700, 65.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 Fab15 Mut8 light chain


分子量: 23249.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab15 Mut8 heavy chain


分子量: 24501.354 Da / 分子数: 1 / Mutation: V34I, G35S, E95Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 627分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 sodium acetate, 7% PEG 5000, 0.2 M zinc acetate, 5% dioxane, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月3日
放射モノクロメーター: Osmic VariMax confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 60088 / Num. obs: 60088 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 2.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3635 / % possible all: 53.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3NAA
解像度: 1.6→29.175 Å / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2245 3214 5.35 %random
Rwork0.2004 ---
obs0.2017 60044 89.15 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.515 Å2 / ksol: 0.423 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.9106 Å2-0 Å2-2.5506 Å2
2--3.346 Å2-0 Å2
3----0.4354 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.175 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3357 0 18 620 3995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073499
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0954759
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6211258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077531
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005607
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.6-1.62170.2259680.21611203120344
1.6217-1.6470.25221030.21771643164360
1.647-1.6740.26411120.21172028202873
1.674-1.70290.22631280.19522312231284
1.7029-1.73380.20271280.19512402240287
1.7338-1.76720.22151460.19272463246389
1.7672-1.80320.23531400.19282487248791
1.8032-1.84240.20821350.18912540254092
1.8424-1.88530.22181470.19112598259894
1.8853-1.93240.20081500.18712643264396
1.9324-1.98470.22431590.18522723272397
1.9847-2.0430.19871390.17732725272599
2.043-2.1090.19251470.175127892789100
2.109-2.18430.19671610.167927592759100
2.1843-2.27170.18911620.169927482748100
2.2717-2.37510.20071630.174527742774100
2.3751-2.50020.20621350.18127792779100
2.5002-2.65680.22761540.182227562756100
2.6568-2.86180.19731620.176727812781100
2.8618-3.14950.18361600.18072735273599
3.1495-3.60450.21861570.1722548254892
3.6045-4.53850.19911340.1982194219478
4.5385-29.17960.23111240.21772200220077
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.87550.37950.21760.16960.17230.52170.1615-0.0582-0.5580.21630.0663-0.16560.2834-0.0238-0.15960.240.0078-0.06080.17270.00050.294224.5066-15.037829.9647
20.32390.2580.510.3130.1851.40410.2984-0.6158-0.2520.1186-0.15540.01680.1021-0.6182-0.18990.2103-0.0725-0.02060.34240.09520.170210.8294-10.614833.5543
31.35460.84760.57550.68910.3510.3850.1992-0.3685-0.07540.2143-0.1914-0.04860.129-0.2834-0.01510.22-0.0548-0.00290.28090.05180.136524.0792-4.521839.4766
40.42520.30890.46470.48420.2930.76240.1875-0.2793-0.20110.1381-0.0928-0.0450.0441-0.1408-0.0640.1882-0.0446-0.01140.24410.05580.143422.8057-6.757434.722
50.88290.170.62630.5998-0.40870.8611-0.00320.0703-0.0293-0.20570.0790.15110.1981-0.0369-0.05990.15050.0039-0.00340.1025-0.00040.12222.7904-2.99830.381
60.7675-0.10230.0360.601-0.25730.19130.04630.58210.1451-0.1468-0.0209-0.1738-0.3346-0.058-0.03880.2256-0.03460.02930.25090.03560.157612.1025-0.3814-8.0107
70.79580.2270.06730.27560.11930.22220.0595-0.1039-0.0449-0.02960.0113-0.0766-0.03870.0438-0.05220.1150.00710.01670.0978-0.00060.130610.023-5.64477.6202
80.2751-0.29230.07070.59940.10980.18970.24350.34840.07-0.776-0.17790.05210.60940.3229-0.08740.5015-0.0105-0.00360.3535-0.04880.12513.1526-6.7424-13.7305
90.41190.10260.10860.62810.25630.76040.01950.0206-0.1689-0.10070.12450.02360.15210.0526-0.17750.20130.00160.00080.0750.00150.18136.0429-13.76663.5613
100.64170.5291-0.91072.69230.81632.44090.3813-0.0657-0.1810.2956-0.1393-0.1810.7895-1.1539-0.14580.3023-0.1155-0.07450.33920.03290.2496-2.8789-2.8383-11.247
110.6425-0.1382-0.14570.5227-0.29861.37780.07920.05090.14480.14980.1497-0.0269-0.461-0.2673-0.15860.22080.04750.00920.19130.00780.162830.722212.12424.5366
120.7744-0.1373-0.29660.5426-0.03161.6798-0.0730.12740.03910.1414-0.15730.0825-0.4092-0.04510.17140.2194-0.0348-0.00140.1318-0.00030.158238.274211.120921.3505
130.51570.34040.35730.7766-0.1731.5450.0823-0.1439-0.08350.0466-0.0872-0.11510.0218-0.45280.0220.1506-0.0393-0.00610.1585-0.00440.12235.18223.527428.881
141.70050.15140.04631.8130.26171.0176-0.21710.18890.14780.14440.3523-0.06360.1807-0.0223-0.07140.168-0.04270.00240.15590.02340.147733.3959-4.528924.7623
150.54780.1361-0.23890.4187-0.061.0739-0.0127-0.0060.02570.0682-0.0615-0.0822-0.12920.06320.0610.1502-0.0096-0.00110.14620.00240.139837.99164.166625.642
160.1433-0.2180.19260.3276-0.43290.8481-0.02710.24390.0301-0.07590.00970.02040.08680.17010.00790.10880.00130.01770.1119-0.00530.11314.15034.6302-1.0391
170.609-0.49150.30930.3525-0.33090.2592-0.10140.04440.2155-0.00440.07390.05160.03390.08730.01720.08180.00220.00770.1128-0.00580.127412.96546.88472.6924
180.60240.09330.17030.77580.14290.4872-0.13580.01170.17610.05570.137-0.006-0.20040.1636-0.02870.11330.0125-0.0070.1037-0.01470.14944.892815.04444.1128
190.45330.1175-0.04410.1066-0.00930.0853-0.0227-0.0067-0.0249-0.01050.03350.0188-0.05870.0772-0.01310.10080.00460.00930.10880.01020.1258.98136.99512.1459
201.244-0.08610.87470.7495-0.13790.7199-0.03270.21780.5911-0.0279-0.17020.0348-0.03770.12010.1370.1204-0.0198-0.00760.10880.04590.220310.296913.4846-6.0042
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain H and resid 1:10)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain H and resid 11:23)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain H and resid 24:71)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain H and resid 72:113)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain H and resid 114:131)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain H and resid 132:141)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain H and resid 142:182)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain H and resid 183:192)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain H and resid 193:211)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain H and resid 212:217)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain L and resid 1:13)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain L and resid 14:27)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain L and resid 28:41)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain L and resid 42:47)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain L and resid 48:104)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain L and resid 105:125)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain L and resid 126:145)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain L and resid 146:161)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain L and resid 162:195)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain L and resid 196:214)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る