PDB-3nb9: Crystal structure of radical H88Q Synechocystis sp. PCYA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nb9

タイトル

Crystal structure of radical H88Q Synechocystis sp. PCYA

要素

Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha-beta-alpha sandwich / radical chemistry

機能・相同性

機能・相同性情報

phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase / phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase activity / phytochromobilin biosynthetic process / cobalt ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Gae, D.D.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural basis for hydration dynamics in radical stabilization of bilin reductase mutants.
著者: Kohler, A.C. / Gae, D.D. / Richley, M.A. / Stoll, S. / Gunn, A. / Lim, S. / Martin, S.S. / Doukov, T.I. / Britt, R.D. / Ames, J.B. / Lagarias, J.C. / Fisher, A.J.

履歴

登録	2010年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2010年10月6日	ID: 3F0K
改定 1.0	2010年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年9月16日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nb9.cif.gz	71.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nb9.ent.gz	52.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nb9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nb9_validation.pdf.gz	814.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nb9_full_validation.pdf.gz	818.7 KB	表示
XML形式データ	3nb9_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	3nb9_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/3nb9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/3nb9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f0lC 3f0mC 3nb8C 3fok C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ajh-1 5b4i-d 5b4j-d 3f0l-d 6shi-7 4eoe-d 5ufn-1 4qcd-d 3i8u-d 3i95-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase

ヘテロ分子

28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.840, 95.229, 42.585
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1057- HOH

#1: タンパク質	Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase 分子量: 28146.137 Da / 分子数: 1 / 変異: H88Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: pcyA, slr0116 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q55891, phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略) 分子量: 582.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₄N₄O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.7-2.2 M ammonium sulfate, 0.26-0.32 M NaCl, and 0.1 M sodium cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月31日
放射	モノクロメーター: NI MIRROR + NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→27.23 Å / Num. all: 46908 / Num. obs: 37223 / % possible obs: 79.35 %
反射シェル	解像度: 1.5→1.539 Å / % possible all: 71.01

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY oxidized H88Q structure

解像度: 1.5→27.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 2.284 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19638	1843	5 %	RANDOM
R_work	0.17115	-	-	-
all	0.26	46910	-	-
obs	0.1724	35380	79.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.185 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.83 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→27.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1924	0	51	254	2229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.124	2.003	2884
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.208	5	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.122	25	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.946	15	367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.151	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.118	1.5	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.855	2	2039
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.915	3	855
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.626	4.5	833
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	120	-
R_work	0.243	2317	-
obs	-	-	71.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2918	-0.876	0.4112	1.7086	0.0912	1.3787	-0.0319	-0.1508	-0.0503	0.126	0.0052	0.1524	0.1318	-0.1256	0.0267	0.0697	-0.0229	0.0172	0.1547	0.0136	0.0204	-11.429	-31.637	33.1849
2	0.7908	-0.3756	0.019	0.4958	0.1447	0.0507	0.0129	-0.0127	-0.066	0.0207	-0.0177	0.0078	0.0006	-0.033	0.0047	0.0465	0.0001	-0.0017	0.0483	-0.0007	0.0529	-11.5988	-35.2867	22.0867
3	0.8081	0.0184	0.0082	0.0765	0.1437	0.4595	0.0243	0.0344	0.0991	0.0006	-0.0143	-0.022	-0.0419	-0.0363	-0.01	0.0546	0.002	0.0037	0.0446	0.0032	0.0449	-9.5137	-17.1599	18.4732
4	0.4142	-0.4343	0.3996	0.3738	-0.4039	0.8855	-0.0034	0.0315	-0.029	-0.0147	-0.0102	-0.0452	0.0172	-0.1146	0.0135	0.0489	0.0051	0.0155	0.0729	-0.0098	0.0511	-5.1317	-32.4604	9.6185

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 92
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	93 - 193
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	194 - 247

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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