PDB-4qcd: Neutron crystal structure of phycocyanobilin:ferredoxin oxidoredu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qcd

タイトル

Neutron crystal structure of phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase in complex with biliverdin IXalpha at room temperature.

要素

Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / bilin reductase / biliverdin IXalpha

機能・相同性

機能・相同性情報

phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase / phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase activity / phytochromobilin biosynthetic process / cobalt ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.932 Å

データ登録者

Unno, M. / Ishikawa-Suto, K. / Ishihara, M. / Hagiwara, Y. / Sugishima, M. / Wada, K. / Fukuyama, K.

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2015
タイトル: Insights into the Proton Transfer Mechanism of a Bilin Reductase PcyA Following Neutron Crystallography.
著者: Unno, M. / Ishikawa-Suto, K. / Kusaka, K. / Tamada, T. / Hagiwara, Y. / Sugishima, M. / Wada, K. / Yamada, T. / Tomoyori, K. / Hosoya, T. / Tanaka, I. / Niimura, N. / Kuroki, R. / Inaka, K. / ...

履歴

登録	2014年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.2	2018年4月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_detector / diffrn_source Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_detector.details / _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 2.0	2021年6月9日	Group: Derived calculations / Non-polymer description / カテゴリ: chem_comp / struct_site Item: _chem_comp.formula / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._chem_comp.formula / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qcd.cif.gz	131.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qcd.ent.gz	108 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qcd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qcd_validation.pdf.gz	747.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qcd_full_validation.pdf.gz	749.3 KB	表示
XML形式データ	4qcd_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	4qcd_validation.cif.gz	14.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/4qcd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/4qcd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2d1e
類似構造データ	4eoe-d 5cqx-d 3nb9-d 3i95-d 3ajh-1 3f0l-d 3f0m-d 5b4j-d 3i8u-d 5b4i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase

ヘテロ分子

28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.107, 97.278, 43.174
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase 分子量: 28156.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: pcyA, slr0116 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q55891, phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
#2: 化合物	ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA 分子量: 582.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₄N₄O₆
#3: 化合物	ChemComp-D3O / trideuteriooxidanium / perdeuterated oxonium 分子量: 22.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: D₃O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	THE LIGAND BLA WAS PROTONATED.

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折	1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: Ammonium Sulfate, NaCl, MES, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	273	1
2	273	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
NUCLEAR REACTOR	JPARC MLF	BL-03	J-PARC MLF BEAMLINE BL-03	1	3.0-5.6
シンクロトロン	Photon Factory	AR-NE3A		2	1

検出器

タイプ	ID	日付	詳細	検出器
	1	2013年4月10日	WLS-fiber-based scintillator detector
ADSC QUANTUM 270	2	2013年11月5日		CCD

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Neutron time-of-flight	LAUE	M	neutron	1
2	Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	3	1
2	5.6	1
3	1	1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 44240 / Num. obs: 43975 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 1.55→1.58 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
CNS		精密化
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法: 分子置換 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)	Refine-ID	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	SU ML	Diffraction-ID	位相誤差	σ(F)
1.932-21.189	NEUTRON DIFFRACTION	0.2271	0.1671	0.1731	1839	18379	18379	10.01	79.39	0.24	1	17.55
1.551-36.904	X-RAY DIFFRACTION	0.1654	0.1431	0.1451	3829	44184	43919	8.72	99.38	0.12	2	17.26	1.34

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.932→21.189 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1931	0	44	185	2160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
NEUTRON DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4954
NEUTRON DIFFRACTION	f_angle_d	1.376	8534
NEUTRON DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.76	1399
NEUTRON DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	311
NEUTRON DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	939

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9317-1.9839	0.3286	75	0.2936	672	NEUTRON DIFFRACTION	43
1.9839-2.0422	0.3518	107	0.2573	970	NEUTRON DIFFRACTION	62
2.0422-2.108	0.2875	116	0.2339	1040	NEUTRON DIFFRACTION	66
2.108-2.1833	0.2744	128	0.217	1153	NEUTRON DIFFRACTION	72
2.1833-2.2706	0.2626	131	0.1845	1185	NEUTRON DIFFRACTION	75
2.2706-2.3739	0.2305	144	0.178	1281	NEUTRON DIFFRACTION	81
2.3739-2.4988	0.2064	148	0.1667	1341	NEUTRON DIFFRACTION	85
2.4988-2.6551	0.2263	156	0.1616	1405	NEUTRON DIFFRACTION	88
2.6551-2.8597	0.2228	165	0.1651	1481	NEUTRON DIFFRACTION	93
2.8597-3.1466	0.2188	166	0.1537	1491	NEUTRON DIFFRACTION	93
3.1466-3.6	0.2123	169	0.1354	1534	NEUTRON DIFFRACTION	93
3.6-4.5283	0.1692	169	0.1194	1521	NEUTRON DIFFRACTION	94
4.5283-21.1904	0.1916	165	0.1352	1466	NEUTRON DIFFRACTION	85
1.5512-1.5708	0.2302	124	0.1916	1464	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5708-1.5915	0.2176	125	0.1797	1479	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5915-1.6133	0.1976	124	0.1717	1460	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6133-1.6364	0.1787	125	0.1594	1479	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6364-1.6608	0.2326	126	0.1568	1497	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6608-1.6867	0.1796	124	0.1604	1468	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6867-1.7144	0.1735	125	0.1679	1470	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7144-1.7439	0.17	126	0.164	1490	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7439-1.7757	0.1922	126	0.1516	1490	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7757-1.8098	0.1983	127	0.1593	1486	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8098-1.8468	0.1931	123	0.1603	1466	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8468-1.8869	0.2113	127	0.1591	1503	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8869-1.9308	0.1984	127	0.1541	1490	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9308-1.9791	0.1925	140	0.1547	1488	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9791-2.0326	0.1695	151	0.1462	1488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0326-2.0924	0.1753	149	0.1449	1457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0924-2.1599	0.1642	152	0.147	1481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1599-2.2371	0.1729	153	0.1419	1460	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2371-2.3267	0.1626	157	0.1434	1486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3267-2.4325	0.1569	157	0.1447	1476	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4325-2.5608	0.1495	161	0.1425	1494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5608-2.7211	0.1594	159	0.1528	1480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7211-2.9312	0.1929	162	0.1582	1473	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9312-3.226	0.1677	165	0.1525	1513	X-RAY DIFFRACTION	100
3.226-3.6924	0.1702	166	0.1291	1513	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6924-4.6506	0.1303	165	0.1078	1515	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6506-36.9146	0.1464	163	0.138	1524	X-RAY DIFFRACTION	94

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