ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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ADSC | Quantumデータ収集 | PHASER | | 位相決定 | PHENIX | (phenix.refine: 1.6.1_357)精密化 | d*TREK | | データ削減 | d*TREK | | データスケーリング | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3NA9 解像度: 1.8→36.56 Å / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2117 | 2453 | 5.24 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1845 | - | - | - |
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obs | 0.1859 | 46820 | 98.74 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.743 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -5.5024 Å2 | -0 Å2 | -5.0547 Å2 |
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2- | - | 5.2666 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 0.2357 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.56 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3358 | 0 | 29 | 413 | 3800 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.007 | 3525 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.094 | 4797 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.527 | 1278 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.078 | 535 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.004 | 610 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection obs | % reflection obs (%) |
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1.8-1.8346 | 0.2692 | 135 | 0.2345 | 2425 | 2425 | 98 | 1.8346-1.8721 | 0.2849 | 134 | 0.234 | 2448 | 2448 | 98 | 1.8721-1.9128 | 0.2804 | 128 | 0.2096 | 2469 | 2469 | 98 | 1.9128-1.9573 | 0.2455 | 126 | 0.1974 | 2448 | 2448 | 99 | 1.9573-2.0062 | 0.195 | 139 | 0.189 | 2449 | 2449 | 99 | 2.0062-2.0604 | 0.2399 | 139 | 0.1774 | 2446 | 2446 | 99 | 2.0604-2.1211 | 0.2046 | 137 | 0.1722 | 2480 | 2480 | 99 | 2.1211-2.1895 | 0.2106 | 139 | 0.1732 | 2489 | 2489 | 99 | 2.1895-2.2678 | 0.2247 | 141 | 0.182 | 2447 | 2447 | 100 | 2.2678-2.3586 | 0.2441 | 135 | 0.1786 | 2494 | 2494 | 100 | 2.3586-2.4659 | 0.1953 | 142 | 0.1838 | 2468 | 2468 | 100 | 2.4659-2.5958 | 0.2086 | 135 | 0.1843 | 2490 | 2490 | 100 | 2.5958-2.7584 | 0.229 | 142 | 0.189 | 2512 | 2512 | 100 | 2.7584-2.9713 | 0.2206 | 136 | 0.1887 | 2478 | 2478 | 100 | 2.9713-3.2702 | 0.1949 | 137 | 0.1739 | 2482 | 2482 | 99 | 3.2702-3.743 | 0.184 | 139 | 0.1724 | 2486 | 2486 | 99 | 3.743-4.7142 | 0.1831 | 135 | 0.1555 | 2479 | 2479 | 98 | 4.7142-36.5671 | 0.2175 | 134 | 0.1858 | 2377 | 2377 | 93 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.9943 | 0.1124 | -0.0391 | 0.3901 | -0.8698 | 1.9929 | -0.0599 | -0.2335 | 0.1962 | 0.257 | 0.0219 | -0.152 | -0.1636 | 0.0038 | 0.0001 | 0.2558 | 0.0123 | -0.025 | 0.1717 | -0.0166 | 0.2102 | 36.4467 | 5.6361 | 24.2537 | 2 | 2.5157 | -0.6711 | 0.4119 | 1.2668 | -0.3826 | 0.4683 | -0.0281 | 0.273 | 0.3313 | -0.0628 | -0.0023 | 0.0416 | -0.0464 | 0.0902 | 0 | 0.1539 | 0.0061 | 0.013 | 0.1536 | 0.015 | 0.1754 | 9.1344 | 8.7031 | 0.4189 | 3 | 2.5881 | 1.0182 | 0.3303 | 0.6006 | 0.059 | 1.6868 | 0.0642 | -0.8398 | -0.2964 | 0.2434 | -0.0068 | -0.1055 | 0.132 | -0.3374 | 0.0008 | 0.3326 | -0.0136 | -0.0023 | 0.4408 | 0.1133 | 0.2194 | 22.5403 | -6.1926 | 36.742 | 4 | 3.1835 | 0.2837 | 0.2363 | 1.2339 | 0.7806 | 0.8164 | 0.0548 | 0.2445 | -0.2434 | -0.1981 | -0.0201 | 0.1512 | 0.0202 | -0.016 | -0 | 0.0881 | -0.0025 | -0.009 | 0.0105 | -0.0199 | 0.1134 | 7.6533 | -6.2905 | 1.361 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain L and resseq 1:1092 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain L and resseq 110:2143 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain H and resseq 1:1124 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain H and resseq 113:225 | | | |
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