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万見
- PDB-3n7u: NAD-dependent formate dehydrogenase from higher-plant Arabidopsis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n7u
タイトルNAD-dependent formate dehydrogenase from higher-plant Arabidopsis thaliana in complex with NAD and azide
要素Formate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / homodimer / Holo-form
機能・相同性
機能・相同性情報


formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / thylakoid / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / plastid / chloroplast / NAD binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain ...NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Formate dehydrogenase, chloroplastic/mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shabalin, I.G. / Polyakov, K.M. / Serov, A.E. / Skirgello, O.E. / Sadykhov, E.G. / Dorovatovskiy, P.V. / Tishkov, V.I. / Popov, V.O.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structures of the apo and holo forms of NAD-dependent formate dehydrogenase from the higher-plant Arabidopsis Thaliana
著者: Shabalin, I.G. / Polyakov, K.M. / Skirgello, O.E. / Tishkov, V.I. / Popov, V.O.
履歴
登録2010年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formate dehydrogenase
B: Formate dehydrogenase
C: Formate dehydrogenase
D: Formate dehydrogenase
E: Formate dehydrogenase
F: Formate dehydrogenase
G: Formate dehydrogenase
H: Formate dehydrogenase
I: Formate dehydrogenase
J: Formate dehydrogenase
K: Formate dehydrogenase
L: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)478,96764
ポリマ－467,88712
非ポリマー11,08052
水67,4663745
1
A: Formate dehydrogenase
B: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6769
ポリマ－77,9812
非ポリマー1,6957
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9560 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area26360 Å2
手法PISA
2
C: Formate dehydrogenase
D: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,13714
ポリマ－77,9812
非ポリマー2,15612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10230 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area26470 Å2
手法PISA
3
E: Formate dehydrogenase
F: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6729
ポリマ－77,9812
非ポリマー1,6917
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9740 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area26430 Å2
手法PISA
4
G: Formate dehydrogenase
H: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,86111
ポリマ－77,9812
非ポリマー1,8799
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10080 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area26190 Å2
手法PISA
5
I: Formate dehydrogenase
J: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,76410
ポリマ－77,9812
非ポリマー1,7838
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10170 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area26070 Å2
手法PISA
6
K: Formate dehydrogenase
L: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,85711
ポリマ－77,9812
非ポリマー1,8759
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10290 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area26180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)229.620, 217.680, 139.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.620, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Formate dehydrogenase / NAD-dependent formate dehydrogenase / FDH


分子量: 38990.621 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g14780, FDH, FDH1, T9L3_80 / プラスミド: p1AraFDH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q9S7E4, formate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 3797分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION


分子量: 42.020 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3745 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution (2ml): 14 mg/ml FDH, 0.1M Na2HPO4, pH 7.0, 10 mM EDTA, 5mM sodium azide, 5mM NAD. Reservoir solution (2ml): 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, 2.1M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein solution (2ml): 14 mg/ml FDH, 0.1M Na2HPO4, pH 7.0, 10 mM EDTA, 5mM sodium azide, 5mM NAD. Reservoir solution (2ml): 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, 2.1M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: KURCHATOV SNC / ビームライン: K4.4 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.99 Å / Num. all: 457766 / Num. obs: 428654 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 25.095 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 8.93
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. measured obs: 75579 / Num. unique all: 39349 / Num. unique obs: 42823 / % possible all: 87.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
AUTOMARデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.206 / WRfactor Rwork: 0.168 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.839 / SU B: 3.551 / SU ML: 0.097 / SU R Cruickshank DPI: 0.144 / SU Rfree: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 22264 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.191 421051 96.95 %-
all-434297 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.55 Å2 / Biso mean: 24.463 Å2 / Biso min: 6.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20 Å20 Å2
2---1.28 Å20 Å2
3---0.67 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.226 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32868 0 723 3745 37336
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02234285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6391.99346483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.45754200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.46524.721500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.434155882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.01415180
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.25112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02125668
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8071.520904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.419233636
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.415313381
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7424.512847
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 1518 -
Rwork0.3 30332 -
all-31850 -
obs--94.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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