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万見
- PDB-2nad: HIGH RESOLUTION STRUCTURES OF HOLO AND APO FORMATE DEHYDROGENASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nad
タイトルHIGH RESOLUTION STRUCTURES OF HOLO AND APO FORMATE DEHYDROGENASE
要素NAD-DEPENDENT FORMATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE(ALDEHYDE(D) / NAD+(A))
機能・相同性
機能・相同性情報


formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain ...NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Formate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Lamzin, V.S. / Dauter, Z. / Popov, V.O. / Harutyunyan, E.H. / Wilson, K.S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: High resolution structures of holo and apo formate dehydrogenase.
著者: Lamzin, V.S. / Dauter, Z. / Popov, V.O. / Harutyunyan, E.H. / Wilson, K.S.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure of Nad-Dependent Formate Dehydrogenase
著者: Lamzin, V.S. / Aleshin, A.E. / Strokopytov, B.V. / Yukhnevich, M.G. / Popov, V.O. / Harutyunyan, E.H. / Wilson, K.S.
履歴
登録1994年7月6日処理サイト: BNL
改定 1.01995年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-DEPENDENT FORMATE DEHYDROGENASE
B: NAD-DEPENDENT FORMATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0817
ポリマ－86,5742
非ポリマー1,5075
水14,970831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10730 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area25480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.970, 113.290, 63.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 312 / 2: CIS PROLINE - PRO A 314 / 3: CIS PROLINE - PRO B 312 / 4: CIS PROLINE - PRO B 314
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.71486, -0.62783, -0.3079), (-0.62588, 0.37811, 0.68213), (-0.31184, 0.68034, -0.66325)
ベクター: 98.653, 38.406, 13.063)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*.

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要素

#1: タンパク質 NAD-DEPENDENT FORMATE DEHYDROGENASE


分子量: 43286.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株: 101 / 参照: UniProt: P33160, formate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 831 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: FDH_ ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: FDH_PSESR SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE SER 77 ASP A 77 VAL 138 THR A 138 THR 139 VAL A 139 VAL 145 CYS A 145 HIS 215 VAL A 215 VAL 216 HIS A 216 ASP 327 ASN A 327 SER 77 ASP B 77 VAL 138 THR B 138 THR 139 VAL B 139 VAL 145 CYS B 145 HIS 215 VAL B 215 VAL 216 HIS B 216 ASP 327 ASN B 327 THERE IS ALSO THE GENE SEQUENCE OF THE PSEUDOMONAS SP. 101 FORMATE DEHYDROGENASE AVAILABLE (TISHKOV ET AL., 1991, DOKL. ACAD. NAUK USSR (USSR), 317, 745 - 748), WHICH AGREES WITH THE COORDINATE SET. THIS HAS BEEN DISCUSSED IN THE PAPER CITED ON JRNL RECORDS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.84 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 %ammonium sulfate1reservoirprecipitant
25 %MPD1reservoir
35 mMNAD1reservoir
45 mMsodium azide1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 51142 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / Num. measured all: 206376 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Biso Wilson estimate: 11.1 Å2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075

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解析

ソフトウェア
名称分類
ARP/wARPモデル構築
PROLSQ精密化
精密化解像度: 2.05→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.114 50775
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6013 0 99 831 6943
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0450.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0470.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.592
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.273
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.834
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it6.955
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1680.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1810.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2520.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2160.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.933
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.4115
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor32.2920
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ/ARP / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 50775 / Rfactor all: 0.114
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 16.4 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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