PDB-4xyb: GRANULICELLA M. FORMATE DEHYDROGENASE (FDH) IN COMPLEX WITH NADP(...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xyb

タイトル

GRANULICELLA M. FORMATE DEHYDROGENASE (FDH) IN COMPLEX WITH NADP(+) AND NaN3

要素

Formate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FORMATE DEHYDROGENASE / NADP

機能・相同性

機能・相同性情報

formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Granulicella mallensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Cendron, L. / Fogal, S. / Beneventi, E. / Bergantino, E.

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for double cofactor specificity in a new formate dehydrogenase from the acidobacterium Granulicella mallensis MP5ACTX8.
著者: Fogal, S. / Beneventi, E. / Cendron, L. / Bergantino, E.

履歴

登録	2015年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xyb.cif.gz	186 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xyb.ent.gz	145.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xyb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/4xyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/4xyb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xyeC 4xygC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t9x-2 4xye-d 6t9x-1 2gsd-1 6t9w-1 6juk-d 6juj-d 3wr5-1 6t9w-2 2nad-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Formate dehydrogenase

B: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

87.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.056, 113.804, 116.191
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Formate dehydrogenase 分子量: 42809.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Granulicella mallensis (strain ATCC BAA-1857 / DSM 23137 / MP5ACTX8) (バクテリア) 株: ATCC BAA-1857 / DSM 23137 / MP5ACTX8 / 遺伝子: AciX8_2172 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8NVB5, formate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 961 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M Na Acetate 2.0 M Formate pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月8日 / 詳細: Focusing optics: Toroidal mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→40.64 Å / Num. obs: 154449 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 10.25 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 1.38→1.45 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 82.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.38→31 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 13.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.156	7741	5.02 %
R_work	0.1407	-	-
obs	0.1414	154343	97.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5914	0	122	961	6997

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6203
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.15	8444
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.981	2297
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	923
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1110

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.38-1.3957	0.1854	213	0.1647	3839	X-RAY DIFFRACTION	78
1.3957-1.4121	0.1875	204	0.1592	4050	X-RAY DIFFRACTION	82
1.4121-1.4293	0.1752	190	0.1518	4382	X-RAY DIFFRACTION	88
1.4293-1.4474	0.1593	244	0.1485	4527	X-RAY DIFFRACTION	91
1.4474-1.4665	0.1578	244	0.145	4629	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4665-1.4866	0.1595	274	0.1404	4771	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4866-1.5078	0.1753	258	0.1384	4845	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5078-1.5303	0.1538	246	0.1284	4949	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5303-1.5542	0.1589	265	0.128	4927	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5542-1.5797	0.1342	250	0.1237	5011	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5797-1.6069	0.1438	267	0.1247	4969	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6069-1.6361	0.1497	232	0.1257	4987	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6361-1.6676	0.1481	251	0.1269	5020	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6676-1.7016	0.1449	270	0.1281	4971	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7016-1.7386	0.1425	290	0.1311	4920	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7386-1.7791	0.1517	247	0.134	5053	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7791-1.8236	0.161	269	0.1354	4956	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8236-1.8729	0.1518	269	0.1342	5019	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8729-1.928	0.1444	251	0.1326	4972	X-RAY DIFFRACTION	100
1.928-1.9902	0.1511	264	0.1354	5016	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9902-2.0613	0.1525	260	0.1401	5038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0613-2.1438	0.1576	286	0.1347	4977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1438-2.2414	0.1434	262	0.1361	5039	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2414-2.3595	0.1555	239	0.1431	5053	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3595-2.5073	0.1717	284	0.1497	5019	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5073-2.7008	0.1623	280	0.1508	5046	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7008-2.9723	0.1529	265	0.1507	5067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9723-3.402	0.1687	302	0.1536	5070	X-RAY DIFFRACTION	100
3.402-4.2843	0.1468	281	0.1324	5130	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2843-31.0082	0.1595	284	0.1503	5350	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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