PDB-3naq: Apo-form of NAD-dependent formate dehydrogenase from higher-plant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3naq

タイトル

Apo-form of NAD-dependent formate dehydrogenase from higher-plant Arabidopsis thaliana

要素

Formate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NAD-dependent formate dehydroganase / homodimer / apo-form

機能・相同性

機能・相同性情報

formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / thylakoid / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / plastid / chloroplast / NAD binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Shabalin, I.G. / Polyakov, K.M. / Serov, A.E. / Skirgello, O.E. / Sadykhov, E.G. / Dorovatovskiy, P.V. / Tishkov, V.I. / Popov, V.O.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Structures of the apo and holo forms of NAD-dependent formate dehydrogenase from the higher-plant Arabidopsis Thaliana
著者: Shabalin, I.G. / Polyakov, K.M. / Skirgello, O.E. / Tishkov, V.I. / Popov, V.O.

履歴

登録	2010年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3naq.cif.gz	304.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3naq.ent.gz	248 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3naq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3naq_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3naq_full_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示
XML形式データ	3naq_validation.xml.gz	31.8 KB	表示
CIF形式データ	3naq_validation.cif.gz	47.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/3naq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/3naq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3n7uC 2fss 2gsd 2nac 2nad 3fn4 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dna-1 3wnv-d 1hl3-1 5v7g-2 4dgs-1 5j23-1 5v7n-2 5v6q-2 2dbq-1 3ba1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Formate dehydrogenase

B: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

79.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.330, 106.230, 106.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Formate dehydrogenase / NAD-dependent formate dehydrogenase / FDH 分子量: 39554.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At5g14780, FDH, FDH1, T9L3_80 / プラスミド: p1AraFDH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q9S7E4, formate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 559 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein solution (2ul): 6 mg/ml FDH, 0.1M Na2HPO4, pH 7.0, 10 mM EDTA. Reservoir solution (2ul): 0.1M Bis-Tris, pH 6.0, 2.1M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.81 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→75.16 Å / Num. obs: 87821 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 31.25
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / R_merge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 5.36 / % possible all: 90.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
DNA		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→75.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 4.563 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19718	4407	5 %	RANDOM
R_work	0.16747	-	-	-
obs	0.16894	83414	99.43 %	-
all	-	83414	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.692 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.14 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.231 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→75.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5417	0	30	559	6006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	5580
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3730
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.589	1.973	7568
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.977	3	9132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.314	5	700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.784	24.426	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.925	15	954
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.182	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	6202
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.886	1.5	3484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.304	1.5	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.47	2	5603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.418	3	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.731	4.5	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	322	-
R_work	0.238	6006	-
obs	-	-	98.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2544	-0.3913	-0.3116	1.5525	0.8665	1.1155	0.0312	0.0751	0.1612	-0.1701	0.0278	-0.0255	-0.1064	0.0175	-0.059	0.1836	-0.0015	0.0084	0.0331	-0.0046	0.0923	38.909	-1.058	6.016
2	4.9173	-0.3562	-0.435	1.0893	0.0505	0.8801	-0.1956	0.9378	-0.471	-0.0929	0.0319	0.0297	0.131	-0.1506	0.1637	0.1504	-0.0473	0.0401	0.217	-0.1358	0.1207	5.63	-2.151	11.743
3	1.3096	-0.0475	-0.1988	1.2234	0.2913	0.9854	-0.0534	-0.17	-0.0695	0.0294	0.0367	-0.0035	0.1575	-0.021	0.0167	0.2083	-0.0061	0.0066	0.0681	-0.0039	0.1356	34.479	-10.682	14.37
4	1.2227	-0.3087	-0.3362	1.2871	0.9428	1.6217	0.029	0.1552	0.0719	-0.1235	-0.0529	0.0053	-0.1851	-0.0117	0.0239	0.181	0.0071	-0.0006	0.0465	0.0008	0.0755	-21.315	20.565	27.726
5	4.8378	-0.5239	-0.3311	0.8267	0.0853	1.1733	-0.1939	-0.4831	0.9408	0.1185	0.1535	-0.1429	-0.0959	0.0301	0.0403	0.1512	0.0395	-0.0477	0.0806	-0.1369	0.2687	11.876	14.804	28.732
6	1.6831	-0.2229	-0.238	1.0569	0.3429	1.2739	-0.0268	-0.0629	-0.1934	0.1736	0.009	-0.0424	0.0309	0.0009	0.0178	0.1969	0.0071	-0.0094	0.075	0.0015	0.104	-16.892	12.191	37.347

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 145
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	146 - 332
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	333 - 378
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	28 - 145
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	146 - 332
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	333 - 378

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