PDB-3mx8: Crystal structure of ribonuclease A tandem enzymes and their inte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mx8

タイトル

Crystal structure of ribonuclease A tandem enzymes and their interaction with the cytosolic ribonuclease inhibitor

要素

Ribonuclease pancreatic, LINKER, Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / ribonuclease A tandem enzyme / GPPG-linker

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Leich, F. / Neumann, P. / Lilie, H. / Ulbrich-Hofmann, R. / Arnold, U.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of RNase A tandem enzymes and their interaction with the cytosolic ribonuclease inhibitor
著者: Arnold, U. / Leich, F. / Neumann, P. / Lilie, H. / Ulbrich-Hofmann, R.

履歴

登録	2010年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年6月28日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mx8.cif.gz	117.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mx8.ent.gz	91.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mx8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/3mx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/3mx8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mwqSC 3mwrC 1a2w 1bsr 1r3m 1srn 7rsa S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4g8v-d 6gok-d 3mwr-d 3d6p-d 2g8q-d 4g90-d 3d8z-d 3eux-d 3dxg-d 6xvx-d 1wbu-d 2g4w-d 3ev5-d 3d6o-d 1afu-d 1w4q-d 5old-d 5e5e-d 3mwq-d 1rbb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic, LINKER, Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

28.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.607, 32.667, 73.188
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.810, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-425- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic, LINKER, Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 27707.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RNS1 / プラスミド: pET26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.3 % / Mosaicity: 0.813 °
結晶化	温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 30% PEG 8000, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月9日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→73.151 Å / Num. all: 14153 / Num. obs: 14239 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 32.261 Å² / R_merge(I) obs: 0.109 / R_sym value: 0.109 / Net I/σ(I): 5.397
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. measured all: 8347 / Num. unique all: 2056 / R_sym value: 0.577 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Packing: 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.21	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
CrystalClear		データ収集

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3MWQ

3mwq

解像度: 2.1→29.142 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.258	714	5.02 %	RANDOM
R_work	0.179	-	-	-
obs	0.183	14234	99.92 %	-
all	-	14253	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 71.188 Å² / k_sol: 0.386 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.75 Å² / B_iso mean: 40.734 Å² / B_iso min: 17.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.194 Å²	-0 Å²	2.371 Å²
2-	-	0.923 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.272 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.334 Å	0.301 Å
Luzzati d res low	-	7 Å
Luzzati sigma a	0.354 Å	0.321 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.142 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1923	0	26	211	2160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.99	2703
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	294
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	355
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.404	722

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.1-2.262	0.341	138	0.25	2659	2797
2.262-2.49	0.238	148	0.198	2687	2835
2.49-2.85	0.301	131	0.181	2680	2811
2.85-3.589	0.254	156	0.16	2697	2853
3.589-29.145	0.222	141	0.163	2797	2938

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7748	0.2956	-1.0822	0.4497	-0.0901	0.8899	0.1368	0.3488	-0.1578	-0.2879	-0.0028	-0.0287	0.0308	-0.2362	-0.0973	0.2589	0.0395	0.0306	0.3191	0.1042	0.1047	31.6706	9.1051	10.8897
2	-0.9471	-1.2505	2.2098	2.0086	3.1282	3.9213	-0.7984	0.561	-0.1134	-0.1225	0.5912	1.1803	0.0337	0.7705	0.424	0.6062	0.0488	0.1893	1.324	0.1122	0.6965	26.0167	-2.2469	-2.359
3	7.0733	1.713	-4.2253	3.7039	0.2314	3.4314	0.464	0.7546	-0.1412	-0.7172	-0.1114	-0.4866	-0.5659	-0.6136	-0.3369	0.3472	0.0728	0.0953	0.5496	-0.0031	0.2217	38.4801	3.2984	1.6101
4	2.2013	-0.3546	-1.1888	1.5882	0.0683	-0.3476	-0.0708	0.5824	-0.0863	-0.0242	0.0231	0.0756	0.0431	-0.2822	0.0594	0.1892	-0.0195	-0.0111	0.2956	-0.0266	0.1284	27.7156	-1.0318	16.2555
5	3.6847	1.3127	-0.0448	8.6783	-1.189	4.3717	0.4574	0.2985	0.2661	-0.6852	-1.1496	-0.4154	-0.0563	-0.4722	0.7785	0.3399	0.035	0.1589	0.5926	-0.0344	0.3775	45.0021	-2.3712	-2.6761
6	-1.0949	3.3035	-1.9797	2.5455	-1.1501	-0.4807	0.107	0.6049	0.0258	0.3655	-0.188	0.223	-0.0364	-0.0476	0.2813	0.1827	0.0942	-0.0588	0.3292	-0.0736	0.2125	19.6344	-11.9931	27.451
7	0.6901	1.1009	0.1585	2.4317	-1.6383	2.2446	0.0233	0.3274	0.1284	0.1162	-0.0972	-0.1482	0.1523	0.2331	-0.0049	0.1947	-0.0676	-0.0298	0.3207	0.0151	0.1721	13.7938	0.19	28.3658
8	2.342	1.4998	-5.1935	4.9349	-1.7816	-5.511	-0.3155	0.8751	0.3732	-0.4604	-0.5934	-0.0452	-0.2949	0.6552	0.6749	0.4475	-0.1342	-0.2456	0.5504	0.1847	0.2674	4.8304	6.5419	19.6141
9	2.3798	-0.9244	2.2943	5.2034	2.3992	2.4203	0.2251	0.9261	-0.1605	-0.4578	-0.1125	0.2646	0.0908	0.9632	-0.0862	0.2138	0.0552	-0.0067	0.3691	-0.0103	0.1971	6.4837	-5.8667	21.1888
10	1.6739	-0.2506	0.8673	-0.0385	0.3559	1.8446	-0.0183	-0.077	-0.0461	-0.0905	-0.0016	0.1227	-0.0831	0.026	0.0132	0.1438	-0.011	-0.0225	0.1117	-0.0058	0.2034	8.3284	0.3089	36.9184
11	3.0591	-1.0767	2.4148	3.5187	-2.9222	0.5996	0.3022	0.7991	-0.1951	-1.1158	-0.3808	0.1566	0.1598	-0.2896	0.0949	0.3747	0.0431	-0.1364	0.5351	0.0125	0.2415	-0.4575	-2.3952	18.0281

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(SEGID A AND RESID 1:15)	1 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(SEGID A AND RESID 16:24)	16 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(SEGID A AND RESID 25:42)	25 - 42
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(SEGID A AND (RESID 43:86 OR RESID 98:124))	0
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(SEGID A AND RESID 87:97)	87 - 97
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(SEGID A AND RESID 125:134)	125 - 134
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(SEGID A AND RESID 135:146)	135 - 146
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(SEGID A AND RESID 147:155)	147 - 155
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(SEGID A AND RESID 156:172)	156 - 172
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(SEGID A AND (RESID 173:220 OR RESID 228:256))	0
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(SEGID A AND RESID 221:227)	221 - 227

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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