PDB-3mwr: Crystal structure of ribonuclease A tandem enzymes and their inte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mwr

タイトル

Crystal structure of ribonuclease A tandem enzymes and their interaction with the cytosolic ribonuclease inhibitor

要素

Ribonuclease pancreatic, LINKER, Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / ribonuclease A tandem enzyme / SGSGSG-linker

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Neumann, P. / Leich, F.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of RNase A tandem enzymes and their interaction with the cytosolic ribonuclease inhibitor
著者: Arnold, U. / Leich, F. / Neumann, P. / Lilie, H. / Ulbrich-Hofmann, R.

履歴

登録	2010年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年2月12日	Group: Refinement description
改定 1.3	2017年6月28日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mwr.cif.gz	122.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mwr.ent.gz	94.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mwr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mwr_validation.pdf.gz	452.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mwr_full_validation.pdf.gz	454.7 KB	表示
XML形式データ	3mwr_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	3mwr_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mwqSC 3mx8C 1a2w 1bsr 1r3m 1srn 7rsa S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2g8q-d 4g8v-d 3mx8-d 2g4w-d 3eux-d 6xvx-d 1wbu-d 5old-d 6gok-d 4g8y-d 1o0f-d 3euy-d 3d8z-d 3d6o-d 4g90-d 3ev5-d 3d6p-d 1jn4-d 5e5e-d 1rbb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic, LINKER, Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.903, 33.067, 73.869
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.390, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-315- HOH
2	1	A-514- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic, LINKER, Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 27831.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RNS1 / プラスミド: pET26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.99 % / Mosaicity: 0.7 °
結晶化	温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 30% PEG 8000, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月7日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→73.922 Å / Num. all: 21441 / Num. obs: 21141 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 27.225 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 5.804

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.85-1.95	5	0.558	1.3	14884	3004	0.558	97.3
1.95-2.07	5	0.361	2	14463	2900	0.361	98
2.07-2.21	5	0.229	3.1	13539	2709	0.229	98.6
2.21-2.39	5	0.162	4.4	12769	2551	0.162	99.3
2.39-2.62	5	0.113	6.1	11848	2362	0.113	99.6
2.62-2.93	5	0.085	7.6	10810	2151	0.085	99.9
2.93-3.38	5	0.064	9.5	9688	1923	0.064	100
3.38-4.14	5.1	0.056	9.6	8199	1618	0.056	99.2
4.14-5.85	5.1	0.051	10.9	6331	1233	0.051	97.9
5.85-24.63	5	0.055	10	3422	690	0.055	94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.21	データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
CrystalClear		データ収集
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MWQ

3mwq

解像度: 1.85→24.033 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.207	1963	5.11 %	RANDOM
R_work	0.175	-	-	-
obs	0.177	21141	93.41 %	-
all	-	21441	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 86.854 Å² / k_sol: 0.403 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.84 Å² / B_iso mean: 42.399 Å² / B_iso min: 14.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.566 Å²	-0 Å²	2.599 Å²
2-	-	2.018 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.547 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.265 Å	0.233 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.276 Å	0.256 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.033 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1921	0	26	318	2265

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2014
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.808	2714
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	296
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	356
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.164	726

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.85-1.896	0.29	110	0.246	2559	2669	92
1.896-1.947	0.279	131	0.239	2538	2669	90
1.947-2.005	0.285	139	0.224	2530	2669	93
2.005-2.069	0.227	152	0.193	2583	2735	90
2.069-2.143	0.208	161	0.187	2560	2721	94
2.143-2.229	0.271	124	0.176	2613	2737	93
2.229-2.33	0.242	149	0.188	2630	2779	94
2.33-2.453	0.247	127	0.175	2616	2743	94
2.453-2.607	0.185	143	0.175	2612	2755	94
2.607-2.808	0.248	122	0.177	2698	2820	95
2.808-3.09	0.215	180	0.182	2650	2830	96
3.09-3.536	0.229	132	0.151	2686	2818	96
3.536-4.45	0.127	141	0.134	2647	2788	95
4.45-24.035	0.185	152	0.179	2546	2698	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1672	-0.3484	-2.724	1.7807	-1.6729	3.0705	0.3834	1.327	0.527	-0.3415	-0.1567	0.0711	-0.596	-0.758	-0.304	0.3587	0.1574	0.0955	0.4372	0.1708	0.2001	32.5088	9.0118	11.1553
2	0.9139	-1.1798	0.0312	6.3089	1.9071	1.9159	-0.2346	0.0673	-0.0903	-0.5999	0.4703	0.4012	-0.3926	-0.01	-0.0432	0.42	0.1022	-0.007	2.0322	-0.3814	0.3934	26.5776	-2.1472	-2.1326
3	3.4252	-0.4848	-1.2194	1.6389	0.9805	-1.121	0.2582	1.8031	-0.056	-0.6274	-0.1789	-0.2312	-0.7385	-1.2078	-0.0686	0.3686	0.0601	0.1081	0.9211	-0.0321	0.155	39.0065	3.3315	1.6508
4	4.095	-0.3387	-2.9999	1.6204	0.0256	2.4411	-0.1861	0.9617	-0.4834	0.0249	-0.0744	0.0112	0.0321	-0.7364	0.2199	0.1221	-0.0077	0.014	0.3054	-0.0906	0.1909	28.709	-1.47	16.2111
5	0.7584	-0.4988	-0.0369	0.6453	-0.1524	0.0591	0.2545	0.9371	-0.1348	-0.8705	-0.4611	-0.0115	-0.2616	-0.01	0.0436	0.4237	0.077	0.2065	0.9345	-0.142	0.2859	45.4648	-2.2957	-2.7276
6	0.5963	-0.1583	-0.4689	1.1152	-0.948	1.9675	-0.3119	-0.3433	0.0826	-0.1286	-0.2728	-0.2354	-0.0271	-0.2457	0.3939	0.4195	0.0864	-0.0674	0.7366	-0.3123	0.6573	21.8334	-15.7136	24.4504
7	4.2365	0.6779	-0.3866	1.9102	0.2245	-0.1372	-0.2262	1.0719	-0.1157	0.1079	0.2765	-0.1631	-0.0336	0.2964	-0.0822	0.1726	0.0008	-0.0228	0.2907	-0.0991	0.1798	15.508	-2.652	29.488
8	1.1061	-1.5474	0.2127	0.0866	0.3751	1.5042	-0.3005	0.2695	0.3957	-0.335	0.3811	0.0369	0.0057	0.0518	-0.1698	0.196	-0.1393	-0.1263	0.5102	0.2139	0.503	8.153	8.329	21.377
9	3.7563	-0.3057	1.6109	3.2927	0.986	-0.5281	-0.0703	1.641	0.0119	-0.6276	0.06	-0.2295	-0.0811	0.6236	-0.0263	0.2277	-0.0238	0.0044	0.6342	-0.0497	0.1617	8.1213	-4.5741	19.8844
10	2.9157	0.2886	0.5652	-0.0094	0.5639	1.2798	-0.0814	0.1109	0.0179	-0.0192	0.0468	0.1388	-0.0502	0.0452	0.0383	0.1486	-0.0133	-0.0065	0.0985	-0.0129	0.2285	9.2656	0.1641	37.157
11	2.4519	-1.8695	-1.235	-0.1286	0.2647	1.521	0.6952	0.3673	-0.9357	-0.261	-0.3195	0.1782	0.2149	0.2885	-0.2598	0.3207	-0.0133	-0.0666	0.8726	-0.2537	0.4186	-1.0358	-9.056	15.442

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:15)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 16:24)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 25:42)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 43:86 OR RESSEQ 98:124)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 87:97)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 125:134)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 135:146)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 147:155)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESSEQ 156:172)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESSEQ 173:220 OR RESSEQ 228:254)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN A AND (RESSEQ 221:227)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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