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- PDB-3mkd: Crystal structure of myosin-2 dictyostelium discoideum motor doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mkd
タイトルCrystal structure of myosin-2 dictyostelium discoideum motor domain S456Y mutant in complex with adp-orthovanadate
要素Myosin-2 heavy chain
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / ALLOSTERIC / METHYLATION / ATP-BINDING / MOTOR PROTEIN / ACTIN-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / ADP-ORTHOVANADATE / CALMODULIN-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / MYOSIN
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / response to differentiation-inducing factor 1 / equatorial cell cortex / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge ...calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / response to differentiation-inducing factor 1 / equatorial cell cortex / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge / contractile vacuole organization / myosin filament assembly / aggregation involved in sorocarp development / culmination involved in sorocarp development / RHO GTPases activate PAKs / adenyl nucleotide binding / actomyosin contractile ring / hypotonic response / uropod / actin-myosin filament sliding / detection of mechanical stimulus / negative regulation of actin filament polymerization / apical cortex / bleb assembly / actomyosin / substrate-dependent cell migration, cell extension / myosin filament / filopodium assembly / early phagosome / myosin II complex / cortical actin cytoskeleton organization / microfilament motor activity / cortical actin cytoskeleton / pseudopodium / cytoskeletal motor activity / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / response to mechanical stimulus / 14-3-3 protein binding / response to cAMP / extracellular matrix / cell motility / response to hydrogen peroxide / chemotaxis / actin filament binding / protein localization / regulation of cell shape / cell cortex / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / calmodulin binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin S1 fragment, N-terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) ...Myosin S1 fragment, N-terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / SH3 type barrels. / Roll / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / VANADATE ION / Myosin-2 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kathmann, D. / Diensthuber, R.P. / Fedorov, R. / Manstein, D.J. / Tsiavaliaris, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Switch-2 dependent modulation of the myosin power stroke
著者: Kathmann, D. / Diensthuber, R.P. / Fedorov, R. / Manstein, D.J. / Tsiavaliaris, G.
履歴
登録2010年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-2 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2584
ポリマ－78,6921
非ポリマー5663
水5,837324
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.601, 147.356, 153.899
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1130-

HOH

21A-1180-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Myosin-2 heavy chain / Myosin II heavy chain


分子量: 78691.961 Da / 分子数: 1 / 断片: Myosin-2 motor domain, UNP residues 2-693 / 変異: S456Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
プラスミド: pDXA-3h
発現宿主: Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
株 (発現宿主): ORF+ / 参照: UniProt: P08799, EC: 3.6.4.1
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.89 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 50mM HEPES, 140mM sodium chloride, 11%(w/v) PEG 5000, 5mM magnesium chloride, 5mM DTT, 1mM EGTA, 2%(v/v) MPD, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-111.00905
シンクロトロンBESSY 14.121.00605
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 315r1CCD2008年5月12日bent cylindrical mirror
ADSC QUANTUM 2102CCD2010年1月27日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Single Silicon (111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double Crystal MonochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.009051
21.006051
反射解像度: 2.2→15 Å / Num. all: 49256 / Num. obs: 49256 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 43.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 4468 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 70.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VOM

1vom


解像度: 2.4→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2399 1940 -RANDOM
Rwork0.1985 ---
all0.2 38972 --
obs0.2 38972 100 %-
溶媒の処理Bsol: 97.578 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 41.584 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.577 Å20 Å20 Å2
2---0.529 Å20 Å2
3---9.107 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5545 0 33 324 5902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0087
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.37
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3vo4.param
X-RAY DIFFRACTION4ADP.param
X-RAY DIFFRACTION5water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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