PDB-3mj8: Crystal structure of HL4E10 Fab, a hamster Ab stimulatory for gam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mj8

タイトル

Crystal structure of HL4E10 Fab, a hamster Ab stimulatory for gammadelta T cells

要素

STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB HEAVY CHAIN
STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / HAMSTER IgG

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

CRICETULUS MIGRATORIUS (ネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.94 Å

データ登録者

Verdino, P. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: cDNA sequence and Fab crystal structure of HL4E10, a hamster IgG lambda light chain antibody stimulatory for gammadelta T cells.
著者: Verdino, P. / Witherden, D.A. / Podshivalova, K. / Rieder, S.E. / Havran, W.L. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2010年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年6月5日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mj8.cif.gz	327.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mj8.ent.gz	269.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mj8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/3mj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/3mj8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1w72S 2arjS 3mj6 3mj7 3mj9 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6e64-1 3g6a-2 3f12-2 6e64-2 1igj-1 5wtt-1 6m87-2 5cd3-1 3wif-d 2g75-3 5ihz-3 4ma1-1 5aze-d 6ugs-2 4amk-d 1rzf-d 3whx-d 6co3-d 6c5i-d 5ig7-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB LIGHT CHAIN

H: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB HEAVY CHAIN

A: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB LIGHT CHAIN

B: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB HEAVY CHAIN

92.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB LIGHT CHAIN

H: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB HEAVY CHAIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.4 kDa, 2 ポリマー
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2

A: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB LIGHT CHAIN

B: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB HEAVY CHAIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.836, 148.768, 68.798
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	L
2	1	A
1	2	H
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	PRO	PRO	L	A	1 - 211	1 - 209
2	1	SER	SER	PRO	PRO	A	C	1 - 211	1 - 209
1	2	GLN	GLN	GLY	GLY	H	B	1 - 228	1 - 218
2	2	GLN	GLN	GLY	GLY	B	D	1 - 228	1 - 218

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: 抗体	STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB LIGHT CHAIN 分子量: 22784.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然詳細: HL4E10-SECRETING HYBRIDOMA WAS PRODUCED BY FUSING MOUSE MYELOMA CELLS WITH SPLEEN CELLS FROM AN ARMENIAN HAMSTER IMMUNIZED WITH 7-17 DETC 由来: (天然) CRICETULUS MIGRATORIUS (ネズミ) / 株: HYBRIDOMA
#2: 抗体	STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB HEAVY CHAIN 分子量: 23653.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然詳細: HL4E10-SECRETING HYBRIDOMA WAS PRODUCED BY FUSING MOUSE MYELOMA CELLS WITH SPLEEN CELLS FROM AN ARMENIAN HAMSTER IMMUNIZED WITH 7-17 DETC 由来: (天然) CRICETULUS MIGRATORIUS (ネズミ) / 株: HYBRIDOMA
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.96 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 10-12.5 % PEG 4000, 0.1 M NA- ACETATE, 0.2 M (NH4)2SO4, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97946
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月12日詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING), SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING)
放射	モノクロメーター: SIDE SCATTERING BENT CUBE- ROOT I-BEAM SINGLE CRYSTAL, ASYMMETRIC CUT 4.965 DEGS プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.94→30 Å / Num. obs: 17012 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 70.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / R_sym value: 0.105 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.94→3.06 Å / R_merge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / R_sym value: 0.541 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.3.0017	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: HL4E10 LIGHT CHAIN SEQUENCE THREADED ONTO 1W72, HL4E10 HEAVY CHAIN SEQUENCE THREADED ONTO 2ARJ

1w72

2arj

解像度: 2.94→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.869 / SU B: 56.081 / SU ML: 0.457 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.536 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CNS WAS ALSO USED FOR THE REFINEMENT.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.281	863	5.1 %	RANDOM
R_work	0.227	-	-	-
obs	0.23	16120	94.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.15 Å²	0 Å²	-2.78 Å²
2-	-	-1.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.94→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6320	0	0	0	6320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	6488
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4198
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.957	1.943	8874
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.744	3.003	10324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.766	5	834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.775	24.831	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.298	15	990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.274	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	7206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.178	0.2	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	4054
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.079	0.2	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.125	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.131	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.133	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.148	1.5	5336
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.021	1.5	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.184	2	6786
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.259	3	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.395	4.5	2088
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	L	2619	medium positional	0.42	0.5
2	H	2640	medium positional	0.47	0.5
1	L	2619	medium thermal	0.1	2
2	H	2640	medium thermal	0.09	2

LS精密化シェル

解像度: 2.94→3.02 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.546	56	-
R_work	0.38	1063	-
obs	-	-	86.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3963	-0.9784	3.0515	7.3807	-3.9916	8.597	-0.0077	0.0947	0.277	-0.5121	0.2006	0.7823	0.2407	-0.5352	-0.1929	-0.1805	-0.1556	-0.0035	-0.0318	-0.0165	-0.065	-7.5799	-1.4292	-5.1741
2	2.4374	2.3334	2.3185	11.7941	7.6219	10.4015	0.1212	-0.344	0.1846	0.3072	-0.3745	0.9051	-0.0268	-0.8007	0.2533	-0.3499	-0.1204	0.0804	-0.0211	0.075	-0.0543	2.0486	7.2333	27.7858
3	3.1806	1.4593	1.0887	5.8033	1.6768	6.8508	-0.4756	0.241	0.3263	-0.3869	0.2442	0.4483	-1.0088	-0.1327	0.2314	-0.0162	-0.0189	-0.1099	-0.0866	0.0854	-0.0437	-0.8866	19.3738	-8.6858
4	2.1562	-0.4538	1.486	9.3566	0.0272	8.1228	0.123	-0.2305	-0.3482	0.1233	-0.2125	-0.4958	0.3604	0.2962	0.0895	-0.1965	-0.1986	0.0747	-0.0897	-0.0575	-0.0824	17.0068	12.9292	24.413
5	3.6807	3.0177	-1.8509	6.3238	-2.1094	11.3008	0.0575	-0.2336	0.3395	0.8723	-0.1479	0.2522	-0.6169	0.1284	0.0904	-0.05	0.0412	-0.0812	-0.2598	0.0054	-0.0404	17.9138	-18.6505	-27.4788
6	7.6895	2.7639	2.888	3.4166	2.8781	5.9611	-0.1316	-0.1641	0.4559	-0.0503	-0.2819	0.3584	-0.7956	-1.0599	0.4135	-0.1034	0.0222	0.0259	0.1327	-0.0278	-0.0569	-1.7947	-20.9638	-57.3275
7	3.2463	1.1728	1.1219	2.7988	-2.2443	8.7017	-0.0035	-0.0761	-0.1274	0.1614	0.1966	0.345	0.3601	-1.0761	-0.1931	0.0483	-0.0505	0.1311	-0.05	0.0208	-0.0543	5.341	-35.8577	-21.7836
8	5.0976	1.1156	-0.3189	2.0836	0.4529	8.2524	0.3046	-0.1799	-0.2862	-0.0189	-0.4048	0.0782	0.371	-0.5552	0.1002	0.0143	-0.0631	-0.036	-0.1246	-0.0189	-0.0278	-0.0123	-36.963	-59.3793

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	109 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	1 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	114 - 228
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1 - 108
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	109 - 211
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 113
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	114 - 228

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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