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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mgq | ||||||
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タイトル | Binding of Nickel ions to the Nucleosome Core Particle | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mohideen, K. / Muhammad, R. / Davey, C.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Perturbations in nucleosome structure from heavy metal association. 著者: Mohideen, K. / Muhammad, R. / Davey, C.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 327.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 248.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 517.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 544.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Histone 3 or H3 / プラスミド: pET3D / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Histone 4 or H4 / プラスミド: pET3A / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 12941.095 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 2-120 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Histone 2A or H2A, LOC494591 / プラスミド: pET3A / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 13848.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Histone 2B or H2B / プラスミド: pET3A / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 45368.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Synthetic Palindromic DNA expressed in pUC18 plasmid using E.coli HB101 cells. |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 45359.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Synthetic Palindromic DNA expressed in pUC18 plasmid using E.coli HB101 cells. |
-非ポリマー , 2種, 51分子 ![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
#7: 化合物 | ChemComp-NI / #8: 化合物 | ChemComp-CL / |
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-詳細
配列の詳細 | THE CONFLICTS REPRESENT UNINTENTIO |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.41 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年6月22日 / 詳細: Dynamically bendable mirror |
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.48 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→94.07 Å / Num. all: 61576 / Num. obs: 60265 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 79.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 19.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 7953 / % possible all: 89.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1KX5 解像度: 2.65→51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 12.065 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.649 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
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