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万見
- PDB-3me2: Crystal structure of mouse RANKL-RANK complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3me2
タイトルCrystal structure of mouse RANKL-RANK complex
要素
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / RANK / RANKL / RANKL-RANK complex / TNFSF11 / TNFRSF11a / TNF superfamily / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


multinuclear osteoclast differentiation / positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / tooth eruption / positive regulation of osteoclast development / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / TNFs bind their physiological receptors / circadian temperature homeostasis / tumor necrosis factor receptor superfamily binding ...multinuclear osteoclast differentiation / positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / tooth eruption / positive regulation of osteoclast development / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / TNFs bind their physiological receptors / circadian temperature homeostasis / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / paracrine signaling / regulation of osteoclast differentiation / cellular response to zinc ion starvation / osteoclast development / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / mammary gland epithelial cell proliferation / monocyte chemotaxis / cytokine binding / mammary gland alveolus development / positive regulation of bone resorption / lymph node development / response to tumor necrosis factor / bone resorption / response to mechanical stimulus / calcium ion homeostasis / positive regulation of phosphorylation / JNK cascade / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / ERK1 and ERK2 cascade / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to interleukin-1 / ossification / osteoclast differentiation / cellular response to leukemia inhibitory factor / cytokine activity / animal organ morphogenesis / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / calcium-mediated signaling / response to insulin / bone development / response to organic cyclic compound / positive regulation of T cell activation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to ethanol / adaptive immune response / response to lipopolysaccharide / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor ligand activity / immune response / membrane raft / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 11A / Tumor necrosis factor receptor 11A, N-terminal / Rank, cysteine-rich repeat domain 2 / : / Receptor activator of the NF-KB cysteine-rich repeat domain 2 / Tumour necrosis factor receptor 11 / Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor family. ...Tumour necrosis factor receptor 11A / Tumor necrosis factor receptor 11A, N-terminal / Rank, cysteine-rich repeat domain 2 / : / Receptor activator of the NF-KB cysteine-rich repeat domain 2 / Tumour necrosis factor receptor 11 / Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / Tumour necrosis factor domain / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Ribbon / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Walter, S.W. / Liu, C.Z. / Zhu, X.K. / Wu, Y. / Owens, R.J. / Stuart, D.I. / Gao, B. / Ren, J.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2010
タイトル: Structural and Functional Insights of RANKL-RANK Interaction and Signaling.
著者: Liu, C. / Walter, T.S. / Huang, P. / Zhang, S. / Zhu, X. / Wu, Y. / Wedderburn, L.R. / Tang, P. / Owens, R.J. / Stuart, D.I. / Ren, J. / Gao, B.
履歴
登録2010年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2397
ポリマ－43,0742
非ポリマー1655
水81145
1
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
ヘテロ分子

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
ヘテロ分子

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,71821
ポリマ－129,2236
非ポリマー49415
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area14060 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area44490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.225, 121.225, 94.995
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11 / Receptor activator of nuclear factor kappa-B ligand / RANKL / TNF-related activation-induced ...Receptor activator of nuclear factor kappa-B ligand / RANKL / TNF-related activation-induced cytokine / TRANCE / Osteoprotegerin ligand / OPGL / Osteoclast differentiation factor / ODF


分子量: 19056.359 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 158-316 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: RAW264.7 / 遺伝子: Opgl, Rankl, Tnfsf11, Trance / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: O35235
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A / Receptor activator of NF-KB / Osteoclast differentiation factor receptor / ODFR / RANK


分子量: 24018.119 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 26-210 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: RAW264.7 / 遺伝子: Rank, Tnfrsf11a / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: O35305
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.71 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium di-hydrogen phosphate, 2M sodium chloride, 0.1M potassium di-hydrogen phosphate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-410.9395
シンクロトロンESRF ID23-220.8726
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年7月14日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2007年7月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.93951
20.87261
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 18587 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 16.3 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.995 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1970 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JTZ

1jtz


解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 14.051 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20504 995 5.1 %RANDOM
Rwork0.17388 ---
obs0.17541 17956 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.21 Å21.1 Å20 Å2
2--2.21 Å20 Å2
3----3.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2494 0 5 45 2544
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0212570
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9991.9343494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7415320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82224.174115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.79815407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3161511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.20341602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.27162582
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3536968
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.69110912
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 75 -
Rwork0.28 1298 -
obs--96.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5185-0.29320.19571.9285-0.1162.62530.0021-0.17180.260.08470.0529-0.102-0.55480.0285-0.0550.1477-0.00190.03590.0372-0.03120.091259.13447.78647.345
24.28481.49253.11653.18585.464318.8774-0.1117-0.72430.8576-0.03590.12120.2722-1.428-0.8901-0.00960.3946-0.0299-0.00990.6031-0.18170.417382.58657.2464.516
31.30420.89751.84920.65831.688214.56570.0218-0.11680.1599-0.04950.02830.0343-0.70330.5584-0.05010.1756-0.13460.04890.4526-0.1110.264684.85150.07240.872
42.02451.9376-2.66922.9637-5.612.12680.21490.10550.11580.3829-0.01980.061-0.7594-0.0297-0.19510.2399-0.03810.10260.32920.04380.238478.27658.18718.358
514.3712-2.625-9.07883.0408-1.263612.32210.4751.68970.4456-0.4489-0.04120.3184-0.6313-1.6414-0.43380.30330.0163-0.05630.57730.04930.272885.37663.101-7.27
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A161 - 316
2X-RAY DIFFRACTION2R34 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3R90 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4R117 - 172
5X-RAY DIFFRACTION5R173 - 199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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