[日本語] English
万見
- PDB-3urf: Human RANKL/OPG complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3urf
タイトルHuman RANKL/OPG complex
要素
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, soluble form
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11B
キーワードCYTOKINE / cystein-rich domain / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / negative regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / tooth eruption / osteoclast proliferation / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of osteoclast development / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion ...positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / negative regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / tooth eruption / osteoclast proliferation / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of osteoclast development / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / osteoclast development / paracrine signaling / response to arsenic-containing substance / heparan sulfate binding / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of bone resorption / mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of osteoclast differentiation / monocyte chemotaxis / response to magnesium ion / positive regulation of intracellular signal transduction / mammary gland alveolus development / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of bone resorption / bone resorption / calcium ion homeostasis / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / JNK cascade / extracellular matrix organization / response to nutrient / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAP kinase activity / extracellular matrix / osteoclast differentiation / ossification / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cytokine activity / skeletal system development / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of JNK cascade / calcium-mediated signaling / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell activation / response to estrogen / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / signaling receptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / immune response / response to xenobiotic stimulus / apoptotic process / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 11B / Tumor Necrosis Factor Receptor Superfamily Member 11B death domain / Tumour necrosis factor receptor 11 / : / Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. ...Tumour necrosis factor receptor 11B / Tumor Necrosis Factor Receptor Superfamily Member 11B death domain / Tumour necrosis factor receptor 11 / : / Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / Tumour necrosis factor domain / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Putative ephrin-receptor like / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death-like domain superfamily / Ribbon / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11B / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Wang, X.Q. / Luan, X.D. / Lu, Q.Y.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Human RANKL Complexed with Its Decoy Receptor Osteoprotegerin
著者: Luan, X.D. / Lu, Q.Y. / Jiang, Y.N. / Zhang, S.Y. / Wang, Q. / Yuan, H.H. / Zhao, W.M. / Wang, J.W. / Wang, X.Q.
履歴
登録2011年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, soluble form
Z: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3833
ポリマ－38,1622
非ポリマー2211
水64936
1
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, soluble form
Z: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11B
ヘテロ分子

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, soluble form
Z: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11B
ヘテロ分子

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, soluble form
Z: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,1499
ポリマ－114,4866
非ポリマー6643
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area6320 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18790 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)144.800, 144.800, 144.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

-
要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, soluble form / Osteoclast differentiation factor / ODF / Osteoprotegerin ligand / OPGL / Receptor activator of ...Osteoclast differentiation factor / ODF / Osteoprotegerin ligand / OPGL / Receptor activator of nuclear factor kappa-B ligand / RANKL / TNF-related activation-induced cytokine / TRANCE


分子量: 18424.529 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 162-317 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF11, OPGL, RANKL, TRANCE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14788
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11B / Osteoclastogenesis inhibitory factor / Osteoprotegerin


分子量: 19737.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-186 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF11B, OCIF, OPG
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O00300
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2M NaCl, 100mM MES pH 6.5, 100mM Sodium phosphate monobasic monohydrate, 100mM Potassium phosphate monobasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月1日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40.16 Å / Num. all: 14808 / Num. obs: 14783 / % possible obs: 99.83 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 63.9 Å2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.701→40.16 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8077 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 748 5.06 %
Rwork0.2023 --
obs0.2048 14783 99.83 %
all-14783 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.408 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 80.0395 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.701→40.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2554 0 14 36 2604
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092654
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2323585
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.708955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005460
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.701-2.90950.39841470.33582738100
2.9095-3.20220.32261570.24052743100
3.2022-3.66530.24881630.18792751100
3.6653-4.61680.19861510.15392808100
4.6168-40.16470.25221300.2127299599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7691-0.23990.08922.72470.01243.235-0.0803-0.5201-0.28860.4776-0.0488-0.04010.2055-0.0806-0.00350.2779-0.0074-0.04510.35480.07060.28788.8381-0.607517.2613
20.8755-0.44910.11190.8659-0.37561.0451-0.3391-0.4917-0.48860.20770.27050.12410.0246-0.3981-0.00450.3243-0.02460.11910.51550.17340.3708-14.0164-6.427329.852
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain Z

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る