PDB-3mbm: Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mbm

タイトル

Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase from Burkholderia pseudomallei with cytosine and FoL fragment 717, imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-ylmethanol

要素

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

キーワード

LYASE / NIAID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / IspF / cytosine / MEP pathway / fragment-based drug design / FBDD / Fragments of Life / Isoprene biosynthesis / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: J Struct Funct Genomics / 年: 2011
タイトル: Leveraging structure determination with fragment screening for infectious disease drug targets: MECP synthase from Burkholderia pseudomallei.
著者: Begley, D.W. / Hartley, R.C. / Davies, D.R. / Edwards, T.E. / Leonard, J.T. / Abendroth, J. / Burris, C.A. / Bhandari, J. / Myler, P.J. / Staker, B.L. / Stewart, L.J.

履歴

登録	2010年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Database references / Version format compliance
改定 1.2	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mbm.cif.gz	107.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mbm.ent.gz	81.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mbm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/3mbm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/3mbm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f0dC 3f0eC 3f0gC 3ieqC 3iewC 3ikeSC 3ikfC 3jvhC 3k14C 3k2xC 3p0zC 3p10C 3qhdC 3ke1 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k2x-d 3jvh-d 3q8h-d 3f0g-2 2rjl-1 3f0e-d 4z4j-d 5ran-2 6v3m-d 1inf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BupsA.00122.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

ヘテロ分子

59.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.543, 67.569, 60.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.120, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-202- HOH

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECPS / MECDP-synthase 分子量: 19487.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: 1710b / 遺伝子: ispF, mecS, BPSL2098 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q63T71, UniProt: Q3JRA0*PLUS, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

#1: タンパク質

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECPS / MECDP-synthase

分子量: 19487.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: ispF, mecS, BPSL2098 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q63T71, UniProt: Q3JRA0*PLUS, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

-
非ポリマー , 5種, 251分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CYT / 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / CYTOSINE / シトシン分子量: 111.102 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₅N₃O
#4: 化合物	ChemComp-717 / imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-ylmethanol / イミダゾ[2,1-b]チアゾ-ル-6-メタノ-ル分子量: 154.190 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆N₂OS
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.33 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG 4000, 100 mM Tris, 200 mM NaCl, 5 mM ZnCl2 with 34.4 mg/mL protein for 3 days. Crystal soaked in 25 mM cytosine and fragment 717 in same buffer for 3 weeks. VAPOR DIFFUSION, SITTING ...詳細: 20% PEG 4000, 100 mM Tris, 200 mM NaCl, 5 mM ZnCl2 with 34.4 mg/mL protein for 3 days. Crystal soaked in 25 mM cytosine and fragment 717 in same buffer for 3 weeks. VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K, pH 8.0

結晶

マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.33 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 4000, 100 mM Tris, 200 mM NaCl, 5 mM ZnCl2 with 34.4 mg/mL protein for 3 days. Crystal soaked in 25 mM cytosine and fragment 717 in same buffer for 3 weeks. VAPOR DIFFUSION, SITTING ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 41626 / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 1.037 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 1.2 % / R_merge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / Num. unique all: 3545 / Χ²: 1.166 / % possible all: 81.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 34.26 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	26.03 Å
Translation	2.5 Å	26.03 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
StructureStudio		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3ike

3ike

解像度: 1.8→25.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.258 / WR_factor R_work: 0.228 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.84 / SU B: 5.768 / SU ML: 0.088 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / SU R_free: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.217	2090	5 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.189	41626	95.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 50.35 Å² / B_iso mean: 6.423 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3417	0	65	241	3723

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3553
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2358
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.745	1.992	4818
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.078	3	5714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.635	5	463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.355	23.046	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.26	15	547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.935	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4038
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	723
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.591	1.5	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.136	1.5	954
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.028	2	3634
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.703	3	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.608	4.5	1181

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	156	-
R_work	0.225	2958	-
all	-	3114	-
obs	-	-	97.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3234	0.5184	0.2994	2.5457	1.0149	1.8766	0.0107	0.2714	0.2664	-0.1362	-0.0369	0.016	-0.1045	0.0502	0.0262	0.233	0.0086	-0.0269	0.1841	0.0539	0.1997	11.632	-34.084	-12.326
2	2.5199	0.3421	0.5308	0.7678	0.1875	0.9625	-0.0479	0.0899	0.4335	0.0399	-0.0505	0.1184	-0.1054	-0.064	0.0984	0.2627	0.0054	0.0108	0.1665	0.0352	0.2511	8.1	-30.973	-8.021
3	5.7554	-0.1515	0.2001	3.97	3.3221	2.635	0.2115	0.6613	0.8016	-0.4388	-0.3792	0.0928	-0.3686	-0.277	0.1677	0.3379	0.0525	-0.0209	0.3834	0.1273	0.3175	0.993	-29.31	-20.171
4	2.5495	0.332	0.4939	0.9477	-0.1174	1.1373	0.0401	0.2447	0.0873	-0.0288	0.0122	-0.006	0.0814	-0.1818	-0.0523	0.255	-0.003	0.0141	0.2067	0.0268	0.1658	4.911	-39.585	-11.042
5	5.2267	1.723	1.0313	3.0963	0.9206	3.2695	0.116	-0.398	0.0732	0.2116	-0.1042	-0.1722	0.046	0.0771	-0.0119	0.2667	0.0087	0.0096	0.1872	0.0144	0.1996	9.76	-38.837	1.403
6	2.2557	0.7209	0.2883	1.5531	0.1803	1.1743	0.0129	0.1365	0.0671	0.1228	-0.0049	-0.0697	0.0094	0.0742	-0.008	0.262	0.0144	-0.0054	0.1469	0.0131	0.2077	16.412	-37.509	-7.436
7	1.37	0.0662	0.6226	2.7387	-0.683	1.829	-0.0822	0.6558	0.0917	-0.0328	0.0692	-0.1233	-0.0961	0.3189	0.013	0.1889	-0.0122	0.0345	0.5111	0.0489	0.1907	24.224	-36.194	-26.928
8	30.4144	-6.305	5.3224	17.2467	-5.0179	8.8446	0.0746	2.3058	2.3438	-0.2516	-0.5559	-0.8854	0.1162	0.8224	0.4813	0.3196	-0.1357	-0.0253	0.6721	0.3401	0.3235	24.206	-23.843	-32.826
9	2.789	-2.0693	0.7317	9.7404	-2.5441	2.2024	-0.4281	1.7952	-0.2949	-0.2949	0.6545	-0.765	0.2133	0.0136	-0.2264	0.2157	-0.1653	0.0813	1.7508	-0.4171	0.2526	26.251	-42.71	-26.846
10	5.5005	-0.1111	1.6139	1.6461	6.6363	24.4248	-0.1471	0.2099	0.4389	-0.264	-0.0719	-0.0703	-1.0948	0.2042	0.219	0.2786	0.0394	0.0427	0.5227	0.0686	0.3116	35.676	-44.016	-27.983
11	6.021	-0.0026	3.3645	5.603	0.4272	1.4864	0.2091	3.3123	-1.7127	-0.0105	0.1704	-0.1855	0.3167	1.3839	-0.3795	0.1739	0.0093	0.1141	2.0949	-0.9271	0.4918	26.372	-48.401	-33.754
12	1.6188	0.3055	1.012	1.6999	0.3267	1.4286	-0.0498	0.6435	0.1491	-0.0502	0.029	-0.0054	-0.0283	0.3349	0.0208	0.2301	-0.0035	0.0142	0.4334	0.0533	0.1676	16.585	-36.143	-25.706
13	7.0901	4.5778	0.9321	5.8433	0.7494	0.501	0.1493	0.0623	-0.1662	0.1448	-0.1198	-0.2741	0.061	0.1161	-0.0294	0.2869	0.0198	-0.0134	0.2032	-0.0015	0.2022	27.031	-41.592	-7.215
14	2.9438	-0.8596	0.6492	5.8611	1.6058	2.6857	0.0123	-0.1724	0.1197	0.2234	0.0626	-0.6427	-0.1285	0.2669	-0.0748	0.2415	0.0345	-0.0406	0.2423	0.0032	0.3678	42.014	-37.427	-5.703
15	3.8615	-0.7262	0.7022	0.4756	-0.1249	0.8862	0.082	-0.018	-0.053	0.1494	-0.0164	-0.0897	0.0503	0.0594	-0.0656	0.3154	0.0498	-0.0326	0.1395	-0.0052	0.2615	25.742	-45.544	-4.173
16	30.4599	-3.0624	0.4187	7.6742	-2.3538	1.093	-0.1703	-1.7863	0.955	0.6961	0.2894	-0.1478	-0.192	0.1386	-0.1191	0.4013	0.0554	-0.0676	0.3073	-0.0514	0.2317	26.598	-44.041	4.422
17	2.0735	-0.094	0.2915	1.1493	-0.5118	1.0922	0.0372	0.2349	-0.3015	-0.0046	-0.0639	-0.1906	0.1257	0.1726	0.0268	0.274	0.0649	-0.0076	0.2082	-0.0368	0.2664	31.753	-48.522	-8.535
18	2.3624	0.0966	0.3189	1.1718	-0.2592	0.9253	0.0314	0.4461	-0.1209	-0.0128	-0.0571	-0.1491	0.0565	0.2237	0.0256	0.2434	0.0436	0.0128	0.2575	-0.0199	0.2187	31.113	-43.808	-13.664

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 57
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	58 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	71 - 105
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	106 - 121
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	122 - 158
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 26
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	27 - 38
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	39 - 56
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	57 - 66
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	73 - 93
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	94 - 158
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	1 - 18
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	19 - 38
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	39 - 58
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	59 - 74
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	75 - 113
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	114 - 158

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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