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- PDB-3m8o: Human IgA1 Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m8o
タイトルHuman IgA1 Fab fragment
要素
  • IMMUNOGLOBULIN A1 HEAVY CHAIN
  • IMMUNOGLOBULIN A1 LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / ML / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Buschiazzo, A. / Trajtenberg, F. / Correa, A. / Oppezzo, P. / Pritsch, O. / Dighiero, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of a human IgA1 Fab fragment at 1.55 angstrom resolution: potential effect of the constant domains on antigen-affinity modulation
著者: Correa, A. / Trajtenberg, F. / Obal, G. / Pritsch, O. / Dighiero, G. / Oppezzo, P. / Buschiazzo, A.
履歴
登録2010年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年2月27日Group: Database references / Refinement description
改定 1.32014年2月19日Group: Database references
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IMMUNOGLOBULIN A1 LIGHT CHAIN
H: IMMUNOGLOBULIN A1 HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8779
ポリマ－47,5162
非ポリマー3617
水11,908661
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.780, 76.300, 55.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.480, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN A1 LIGHT CHAIN


分子量: 24009.725 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN A1 HEAVY CHAIN


分子量: 23506.275 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% PEG 3000, 0.2M sodium chloride, 0.1M tris, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月19日 / 詳細: Varimax HF mirrors
放射モノクロメーター: Varimax HF mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→20 Å / Num. all: 50274 / Num. obs: 50274 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.34 % / Biso Wilson estimate: 19.987 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 19.51
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.169 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. measured obs: 9617 / Num. unique obs: 3314 / % possible all: 88

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位相決定

位相決定手法: ML

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QNY

3qny


解像度: 1.55→19.289 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9 / SU ML: 0.16 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 1554 3.09 %random
Rwork0.153 ---
all0.154 50249 --
obs0.154 50249 98.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.489 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 55.22 Å2 / Biso mean: 16.098 Å2 / Biso min: 3.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.982 Å2-0 Å23.004 Å2
2--0.75 Å2-0 Å2
3---0.233 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→19.289 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3310 0 17 661 3988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2495169
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083578
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005697
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5081391
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.552-1.6020.1791300.1584028415890
1.602-1.6590.2141270.1614492461999
1.659-1.7250.1921320.1564422455499
1.725-1.8040.1941560.15744894645100
1.804-1.8990.2111440.1584482462699
1.899-2.0170.181450.14944484593100
2.017-2.1730.1851510.14344784629100
2.173-2.3910.161480.14944754623100
2.391-2.7370.1911630.15844824645100
2.737-3.4450.1711320.14545114643100
3.445-19.2910.1621260.1434388451495
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.017-0.0971-0.0610.1983-0.21970.2135-0.0063-0.0003-0.01590.02870.00160.011-0.02920.02330.00090.0568-0.0005-0.0090.05140.00690.055114.55485.5181-6.4919
20.2870.0295-0.03310.3377-0.12730.15260.0075-0.0096-0.00170.00610.0057-0.00570.016-0.014300.0402-0.00080.00630.0348-0.00210.03458.933-14.48724.5431
30.0797-0.0814-0.2450.30280.15890.4849-0.0273-0.05030.029-0.04450.0077-0.0346-0.02090.045300.05570.00160.00280.0492-0.00190.0428-1.027520.38513.066
40.21970.0156-0.10130.40780.05440.3178-0.0369-0.016-0.04190.06640.0391-0.0785-0.04810.0162-00.04530.0084-0.01110.05180.00310.069111.00751.073726.0928
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resseq 3:119)L3 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resseq 122:219)L122 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resseq 3:112)H3 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resseq 115:219)H115 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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