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- PDB-3m0c: The X-ray Crystal Structure of PCSK9 in Complex with the LDL receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m0c
タイトルThe X-ray Crystal Structure of PCSK9 in Complex with the LDL receptor
要素
  • (Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9) x 2
  • Low-density lipoprotein receptor
キーワードPROTEIN BINDING / PROTEIN COMPLEX / BETA PROPELLER / CHOLESTEROL CLEARANCE / PCSK9 / LDLR / Autocatalytic cleavage / Cholesterol metabolism / Disease mutation / Disulfide bond / Glycoprotein / Hydrolase / Lipid metabolism / Phosphoprotein / Protease / Secreted / Serine protease / Steroid metabolism / Zymogen / Coated pit / EGF-like domain / Endocytosis / Host-virus interaction / LDL / Lipid transport / Membrane / Receptor / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / regulation of phosphatidylcholine catabolic process / plasma lipoprotein particle clearance / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / negative regulation of astrocyte activation / low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / extrinsic component of external side of plasma membrane / negative regulation of microglial cell activation / negative regulation of sodium ion import across plasma membrane ...receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / regulation of phosphatidylcholine catabolic process / plasma lipoprotein particle clearance / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / negative regulation of astrocyte activation / low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / extrinsic component of external side of plasma membrane / negative regulation of microglial cell activation / negative regulation of sodium ion import across plasma membrane / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / PCSK9-LDLR complex / cholesterol import / PCSK9-AnxA2 complex / low-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / clathrin heavy chain binding / negative regulation of receptor recycling / apolipoprotein receptor binding / intestinal cholesterol absorption / very-low-density lipoprotein particle binding / low-density lipoprotein particle receptor activity / Chylomicron clearance / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / low-density lipoprotein particle binding / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / response to caloric restriction / LDL clearance / lipoprotein metabolic process / high-density lipoprotein particle clearance / regulation of protein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / lipoprotein catabolic process / phospholipid transport / low-density lipoprotein particle / cholesterol transport / negative regulation of receptor internalization / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endolysosome membrane / sodium channel inhibitor activity / cellular response to fatty acid / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / signaling receptor inhibitor activity / regulation of cholesterol metabolic process / artery morphogenesis / negative regulation of protein metabolic process / lysosomal transport / triglyceride metabolic process / low-density lipoprotein particle receptor binding / sorting endosome / amyloid-beta clearance / lipoprotein particle binding / protein autoprocessing / positive regulation of receptor internalization / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / apolipoprotein binding / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / long-term memory / phagocytosis / retinoid metabolic process / cholesterol metabolic process / Retinoid metabolism and transport / regulation of neuron apoptotic process / phospholipid metabolic process / clathrin-coated pit / neurogenesis / somatodendritic compartment / receptor-mediated endocytosis / VLDLR internalisation and degradation / cholesterol homeostasis / cellular response to starvation / Post-translational protein phosphorylation / kidney development / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / liver development / lipid metabolic process / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endocytosis / cellular response to insulin stimulus / neuron differentiation / positive regulation of inflammatory response / apical part of cell / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of neuron apoptotic process / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / virus receptor activity / protease binding / basolateral plasma membrane / molecular adaptor activity / early endosome / lysosome / receptor complex / endosome membrane / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of gene expression / lysosomal membrane / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Complement Clr-like EGF-like / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. ...Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Complement Clr-like EGF-like / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / : / Calcium-binding EGF domain / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / : / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Low-density lipoprotein receptor / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 7.01 Å
データ登録者Spraggon, G. / Hampton, E.N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The X-ray Crystal Structure of PCSK9 in Complex with the LDL receptor
著者: Li, J. / Gavigan, J.A. / Zheng, G. / Huang, W. / Yowe, D. / Geisse, S. / Harris, J.L. / Lesley, S.A. / Spraggon, G.
履歴
登録2010年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
B: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
C: Low-density lipoprotein receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,1556
ポリマ－160,0343
非ポリマー1203
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)322.906, 322.906, 76.733
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9 / Neural apoptosis-regulated ...Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9 / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1


分子量: 14019.734 Da / 分子数: 1 / 断片: PCSK9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NARC1, PCSK9, PSEC0052 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8NBP7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: タンパク質 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9 / Neural apoptosis-regulated ...Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9 / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1


分子量: 58320.707 Da / 分子数: 1 / 断片: PCSK9 / Mutation: D374Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NARC1, PCSK9, PSEC0052 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8NBP7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#3: タンパク質 Low-density lipoprotein receptor / LDL receptor


分子量: 87693.984 Da / 分子数: 1 / 断片: LDLR / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDLR / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01130
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.4 M Ammonium phosphate, 0.2M sodium chloride in 0.1M Imidazole buffer, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9775 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7.01→279.645 Å / Num. all: 6162 / Num. obs: 6162 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rsym value: 0.173 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル解像度: 7.01→7.38 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.776 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Rsym value: 0.776 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2QTW, 1IJQ

2qtw

1ijq


解像度: 7.01→279.64 Å / SU ML: 4.32 / Isotropic thermal model: Overall / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 290 4.71 %
Rwork0.341 --
obs0.342 6162 82.2 %
all-6162 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 182.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7.01→279.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7687 0 3 0 7690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0197882
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.28610672
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8712831
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1141210
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011396
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
7.01-8.8330.46241170.43632462X-RAY DIFFRACTION70
8.833-279.86770.33121730.30373410X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.06280.74862.37161.0177-2.31981.4064-0.58311.1247-0.1768-0.2337-0.49080.25042.7757-1.17250.93741.6859-0.9557-0.05831.3633-0.07741.2087110.2597-121.9496-11.6892
27.7106-3.19663.93217.3903-5.34191.82340.31721.0338-0.5432.0134-0.10851.2071-1.00760.0639-0.26330.91990.35250.28410.0828-0.43761.1669119.6647-88.823-5.2715
3-0.73833.1055-1.87466.1691-2.12525.57970.57580.8807-1.130.4983-0.3753-0.0518-0.613-2.0143-0.9370.45310.22470.75082.0053-0.5671.9595122.2714-78.50276.6111
47.1262-4.75050.866.3338-1.12521.4971-2.3690.1623-1.52073.8255-0.31221.3081-0.5665-0.58911.47281.52460.3974-0.0922-0.2771-1.01121.5043127.9806-75.4454-8.8299
52.9263-2.4662-1.39954.3843.10144.9317-0.2212-0.1010.63810.74910.19860.29460.57510.58420.22521.2703-0.77010.00111.85030.23461.9947131.5864-105.3878-24.9053
6-3.0144-1.95532.92381.3553-0.3205-0.04530.18660.49910.96940.0473-1.9205-0.20980.64030.82170.6440.72220.11181.79482.29610.4711.8938159.6315-115.589-54.4792
71.0477-5.2112-0.69975.0242-5.16939.60210.10050.01281.38244.4141.2499-1.4318-4.7233-1.8071-0.70142.61010.75940.2639-0.02420.23670.8243139.4697-107.7534-50.1782
83.79794.52724.84297.36988.75523.0942-1.76672.43940.9009-2.17692.91691.0760.05021.7182-0.4741.3746-0.78840.50161.98910.94860.8665116.3659-120.7159-58.3216
98.66196.9655-4.47349.5691-2.71546.1769-3.38390.3888-1.2331-2.79121.5218-1.7023-0.9778-2.13991.54233.9613-0.44150.55950.94820.23730.3202107.7859-132.9647-53.3727
103.4468-0.1717-0.73232.26240.4551.0967-0.27430.95270.0741-1.43340.672-0.02781.43590.2117-0.47382.2442-0.9794-0.03391.22730.0880.341488.7392-144.4204-38.5468
112.4296-2.0249-0.7244.6439-1.77393.0346-0.7890.18370.82961.5834-1.1735-0.19390.7035-0.1015-1.48570.8366-0.8661-0.30631.26911.3306-1.007667.0893-139.0334-52.4328
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESID 452:531
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND RESID 532:604
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESID 605:692
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESID 153:449
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND (RESID 255:291 OR RESID 1003)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND (RESID 292:332 OR RESID 1001)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND (RESID 333:357 OR RESID 1002)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND RESID 358:376
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN C AND RESID 377:643
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND RESID 644:692

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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