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- PDB-3lyi: PWWP Domain of Human Bromodomain-Containing Protein 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lyi
タイトルPWWP Domain of Human Bromodomain-Containing Protein 1
要素Bromodomain-containing protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / histone H3 acetylation / Structural Genomics Consortium / SGC / Bromodomain / Chromatin regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3-K14 acetyltransferase complex / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / erythrocyte maturation / response to immobilization stress / response to electrical stimulus / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / histone reader activity / positive regulation of erythrocyte differentiation ...histone H3-K14 acetyltransferase complex / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / erythrocyte maturation / response to immobilization stress / response to electrical stimulus / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / histone reader activity / positive regulation of erythrocyte differentiation / HATs acetylate histones / histone binding / perikaryon / nuclear speck / chromatin remodeling / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
BRPF2, ePHD domain / BRPF2, PHD domain / SH3 type barrels. - #140 / : / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. ...BRPF2, ePHD domain / BRPF2, PHD domain / SH3 type barrels. - #140 / : / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / SH3 type barrels. / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINESULFONIC ACID / Bromodomain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lam, R. / Zeng, H. / Ni, S. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structural and histone binding ability characterizations of human PWWP domains.
著者: Wu, H. / Zeng, H. / Lam, R. / Tempel, W. / Amaya, M.F. / Xu, C. / Dombrovski, L. / Qiu, W. / Wang, Y. / Min, J.
履歴
登録2010年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 1
B: Bromodomain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7873
ポリマ－28,6182
非ポリマー1691
水1,40578
1
A: Bromodomain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4782
ポリマ－14,3091
非ポリマー1691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bromodomain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3091
ポリマ－14,3091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.029, 46.085, 130.712
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 1 / BR140-like protein


分子量: 14308.836 Da / 分子数: 2 / 断片: PWWP Domain, residues 925-1049 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD1, BRL, BRPF2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: O95696
#2: 化合物 ChemComp-OCS / CYSTEINESULFONIC ACID / L-システイン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 169.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG2000-MME, 0.15M KBr, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月24日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 16475 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.1850.49515540.949195.3
2.18-2.265.60.44515701.129197.1
2.26-2.376.30.41916201.005199.8
2.37-2.496.80.30916260.948199.3
2.49-2.656.90.21716410.94199.6
2.65-2.8570.14916420.977199.5
2.85-3.1470.09616421.113199.6
3.14-3.597.30.07116810.956199.7
3.59-4.527.70.06816931.0521100
4.52-507.40.03618061.004199.4

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.36 Å37.67 Å
Translation2.36 Å37.67 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MxDCデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L42

3l42


解像度: 2.1→37.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 13.125 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: WITH TLS ADDED. unknown ligand was not modeled.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 827 5 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.236 16421 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.8 Å2 / Biso mean: 59.069 Å2 / Biso min: 24.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1792 0 10 78 1880
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3591.9812494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7435222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10623.14370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.87915343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0231512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0221344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6861.51130
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24821834
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.823717
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8934.5660
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.151 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 54 -
Rwork0.264 1052 -
all-1106 -
obs--92.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3321-0.199-0.25832.766-0.25780.9082-0.0143-0.0805-0.01290.11650.02440.1593-0.0071-0.0455-0.010.12080.00790.02630.12-0.02020.105111.2237.145-27.618
26.8521-3.5722-0.22855.5212.46572.51310.0672-0.22970.40190.1896-0.5810.26050.3083-0.32690.51380.3566-0.1260.14980.4328-0.31930.21980.12525.247-6.232
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A928 - 1047
2X-RAY DIFFRACTION2B931 - 1048

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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