PDB-2hti: CRYSTAL STRUCTURE OF A FLAVIN-NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN (BH_0577...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hti

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A FLAVIN-NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN (BH_0577) FROM BACILLUS HALODURANS AT 2.50 A RESOLUTION

要素

BH0577 protein

キーワード

FMN-BINDING PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus halodurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of BH0577 (10173191) from Bacillus halodurans at 2.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hti.cif.gz	44.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hti.ent.gz	29.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hti.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/2hti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/2hti	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1oaa-d 3aja-2 4wso-2 2qpp-3 5ouo-d 5whb-1 4kqd-2 3gf6-2 3f4t-d 6d7a-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 359054

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BH0577 protein

ヘテロ分子

22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BH0577 protein

ヘテロ分子

A: BH0577 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
43.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.170, 72.170, 129.981
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGIMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	BH0577 protein 分子量: 21149.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア) 遺伝子: 10173191 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KFA8
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.88 %
結晶化	温度: 293 K 詳細: 22.0% PEG-3350, 0.15M NaThioCyanate, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.92522,0.97934

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月5日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.92522	1
2	0.97934	1

反射

解像度: 2.3→28.831 Å / Num. obs: 7389 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.098 / R_sym value: 0.098 / Net I/σ(I): 5.2

反射シェル

R_merge(I) obs: 0.015 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.42-2.48	14.4	0.5	8447	586	0.01507	99.7
2.48-2.55	14.2	0.5	7918	558	0.01307	99.5
2.55-2.62	14.1	0.7	7794	554	0.01044	99.8
2.62-2.71	14.3	1.1	7532	528	0.659	99.6
2.71-2.79	14.1	1.5	7345	522	0.5	99.9
2.79-2.89	14.1	1.8	7209	512	0.413	99.5
2.89-3	13.9	2.5	6799	489	0.293	99.9
3-3.12	14	3.2	6675	478	0.226	99.7
3.12-3.26	13.9	4.2	6188	446	0.169	99.7
3.26-3.42	13.8	5.7	6118	442	0.12	99.7
3.42-3.61	13.5	6.5	5836	431	0.101	99.7
3.61-3.83	13.5	7.6	5294	391	0.084	99.8
3.83-4.09	13.4	8.4	4943	370	0.074	99.8
4.09-4.42	13.3	9.1	4704	355	0.068	99.9
4.42-4.84	12.9	9	4348	336	0.065	99.9
4.84-5.41	12.9	10.1	3831	298	0.061	99.9
5.41-6.25	12.4	9.3	3459	278	0.065	99.9
6.25-7.65	12	7.9	2851	238	0.075	99.8
7.65-10.82	11.3	10.2	2152	191	0.058	99.8
10.82-28.83	9.6	12.5	1110	116	0.048	94.1

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHELX		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→28.831 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 7.855 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.309 / ESU R Free: 0.254
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORP- ORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.262	346	4.7 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
obs	0.21	7389	99.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.979 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.55 Å²	0.78 Å²	0 Å²
2-	-	1.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.831 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	943	0	54	20	1017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	902
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.547	2.016	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.675	3	2077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.53	5	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.433	23.611	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.91	15	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.38	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	194
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.3	170
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.3	822
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.205	0.5	490
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.5	579
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.5	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.155	0.3	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.183	0.3	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.152	0.5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.741	3	624
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.237	3	255
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.345	5	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.713	8	439
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.111	11	389

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.437	17	-
R_work	0.266	505	-
obs	-	522	99.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3429	0.3298	-1.4509	8.4959	-0.6555	4.5739	-0.0401	-0.1517	-0.1932	0.7303	0.2013	-0.0543	0.0078	0.0955	-0.1611	0.4353	0.0151	-0.0509	0.3274	0.0258	0.2315	30.286	16.774	60.44
2	3.8338	3.5438	-1.5916	8.8156	-1.4797	2.5998	0.0023	-0.103	0.2115	0.9248	0.3698	0.7111	-0.2866	-0.1413	-0.3721	0.5201	0.0853	0.0131	0.4162	0.049	0.3047	27.537	17.947	64.658
3	3.0391	3.2531	-0.166	16.7793	1.5109	7.7668	0.0732	-0.2123	0.1234	0.5664	0.2398	0.2351	-0.466	0.2625	-0.313	0.3919	0.0634	0.0348	0.3576	0.0323	0.3214	29.671	17.45	62.262

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	10 - 79	11 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	93 - 125	94 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	143 - 165	144 - 166

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関連情報:EMDBヘッダ

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