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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wso
タイトルX-ray crystal structure of a nicotinate nucleotide adenylyltransferase from Burkholderia thailandensis bound to NAD
要素Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / nicotinate nucleotide adenylyltransferase / Burkholderia thailandensis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD+ biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Nicotinate/nicotinamide nucleotide adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: X-ray crystal structure of a nicotinate nucleotide adenylyltransferase from Burkholderia thailandensis bound to NAD
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fairman, J.W. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2014年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
B: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8316
ポリマ－58,3142
非ポリマー1,5174
水6,918384
1
A: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9163
ポリマ－29,1571
非ポリマー7582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9163
ポリマ－29,1571
非ポリマー7582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.200, 91.320, 60.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-437-

HOH

21B-431-

HOH

詳細biological unit is a monomer

-
要素

#1: タンパク質 Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / Deamido-NAD(+) diphosphorylase / Deamido-NAD(+) pyrophosphorylase / Nicotinate mononucleotide ...Deamido-NAD(+) diphosphorylase / Deamido-NAD(+) pyrophosphorylase / Nicotinate mononucleotide adenylyltransferase


分子量: 29157.127 Da / 分子数: 2 / 断片: ButhA.00448.a.A1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / 遺伝子: nadD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2SZT3, nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.15 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: JCSG+ C1: 0.1 M sodium phosphate pH 4.2, 0.2 M sodium chloride, 20% PEG 8000; ButhA.00448.a.A1.PS01231 at 20 mg/ml

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月18日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 37482 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.19 % / Biso Wilson estimate: 19.03 Å2 / Rmerge F obs: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.916 / Net I/σ(I): 10.45 / Num. measured all: 119578
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.05-2.10.820.4772.878827285128260.57299.1
2.1-2.160.8960.4093.168648276827470.48999.2
2.16-2.220.9290.3513.78422268426630.41999.2
2.22-2.290.9150.344.128017263625730.40797.6
2.29-2.370.9540.2644.797908253024990.31698.8
2.37-2.450.9650.2265.767676244324080.2798.6
2.45-2.540.9730.2046.057461238323330.24497.9
2.54-2.650.980.1776.977131227322260.21297.9
2.65-2.760.9840.1527.96834219221310.18197.2
2.76-2.90.9870.1348.916562209320400.15997.5
2.9-3.060.9910.10210.916215199419360.12197.1
3.06-3.240.9940.08213.315834188218130.09896.3
3.24-3.470.9960.06416.515479177916990.07695.5
3.47-3.740.9970.04821.295063167415830.05894.6
3.74-4.10.9960.04822.654568152714400.05894.3
4.1-4.580.9970.03925.854077139413050.04793.6
4.58-5.290.9970.03526.353753120911390.04294.2
5.29-6.480.9970.03724.88325510429680.04392.9
6.48-9.170.9980.03129.4624928107420.03791.6
9.170.9980.02636.0513564684110.03187.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIXphenix.refine: dev_1810精密化
XSCALEデータスケーリング
BALBES位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K4M

1k4m


解像度: 2.05→37.963 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2383 1905 5.09 %RANDOM
Rwork0.2013 35557 --
obs0.2032 37462 97.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.76 Å2 / Biso mean: 24.649 Å2 / Biso min: 6.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→37.963 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3429 0 98 384 3911
Biso mean--16.34 31.8 -
残基数----454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023645
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6785011
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003642
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7361301
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.10130.31251320.28172587271999
2.1013-2.15810.28271330.25572585271899
2.1581-2.22160.26971170.24152590270799
2.2216-2.29330.30431750.2462531270698
2.2933-2.37520.26591150.21612581269699
2.3752-2.47030.23641390.22072563270299
2.4703-2.58270.28651360.22062527266398
2.5827-2.71890.27421480.22022568271698
2.7189-2.88920.26271440.22872533267798
2.8892-3.11210.24881410.21372524266597
3.1121-3.42510.221150.19492536265196
3.4251-3.92030.22241070.16892510261795
3.9203-4.93750.18851470.15122475262294
4.9375-37.96910.18581560.16712447260393
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8956-0.89070.05012.4053-0.10841.73030.08260.03220.0663-0.0765-0.0460.0264-0.1585-0.0086-0.01350.1077-0.02530.02340.06750.00140.104731.681350.4911-21.1126
23.3089-1.1697-1.33431.7517-0.68141.5278-0.09230.36390.2244-0.54170.05750.1193-0.0516-0.03760.07580.27640.03240.01270.07710.00330.162531.55250.3344-27.1864
34.1748-1.2331-1.90641.1075-0.68992.98450.48850.6523-0.2681-0.6642-0.3359-0.1113-0.064-0.1015-0.10850.36330.04490.08260.1668-0.03010.190534.095437.6845-30.0503
40.6654-0.6908-0.49843.1759-0.07420.8894-0.0624-0.0174-0.0997-0.0068-0.03830.16750.0823-0.05430.08730.1207-0.00070.01610.1019-0.00920.109131.119637.8755-13.4711
53.62910.55260.22383.40860.76263.7793-0.0555-0.39740.20690.36820.03950.5271-0.3728-0.41430.04090.23690.04880.04490.16230.00010.235321.139366.6172-14.9479
61.9477-0.92741.39643.3138-3.47635.1745-0.07390.0246-0.14470.1260.00290.07070.0137-0.07240.02950.15810.00770.04980.0647-0.03040.117129.915250.453812.1484
71.6818-0.55340.05942.7623-0.17371.4413-0.19530.04580.03010.16220.033-0.2999-0.22850.25790.14660.101-0.01380.01420.0680.00970.116739.359950.558617.2014
87.93591.2724.26046.3258-1.15278.7183-0.10840.0501-0.6984-0.3311-0.0117-0.21760.12490.0680.02940.21180.02070.09930.08220.00980.200741.748339.920614.7688
96.11052.62526.96162.23742.96498.01820.1591-0.1986-0.4844-0.15180.0074-0.39440.2436-0.0203-0.11260.19320.02520.05370.09450.03860.230237.511346.86098.0964
101.8044-0.54313.01673.4666-2.81728.64-0.14470.15230.2879-0.1597-0.2204-0.652-0.21410.3240.36240.2229-0.00880.10580.16750.0620.287643.699360.147810.4339
111.39330.1098-0.70534.1295-0.17262.46090.1097-0.14640.0750.3231-0.1645-0.1312-0.24250.12640.03930.1857-0.00980.01110.10270.01960.135132.923661.007821.2567
120.8840.24841.38350.57261.61895.18170.2612-0.05810.00760.2439-0.08960.12020.1426-0.25220.15970.32510.01150.11750.09280.00850.181525.471466.822316.1426
130.4506-0.19740.00662.0075-0.01450.6424-0.0534-0.1518-0.0538-0.1652-0.03020.04140.0544-0.01050.05250.15240.01140.09560.1370.00010.193224.923456.155617.8341
143.5484-0.20641.92146.66590.54721.1062-0.2359-1.0524-0.63351.70510.28410.7128-0.3405-0.0823-0.11540.42810.10320.10050.3490.1040.269136.33535.250631.8904
150.91080.67150.71175.3467-2.6782.6691-0.3467-0.8128-0.77311.02590.1506-0.090.51860.3624-0.11430.50540.12690.12690.32670.14510.45432.229.474826.6539
168.49660.1995-0.53426.9486-0.28584.3341-0.5104-0.338-0.28760.30650.2504-0.20080.11510.23790.23150.24470.02950.08960.1140.01020.227141.629832.083223.1675
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 89 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 90 through 113 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 114 through 129 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 130 through 208 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 209 through 250 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 24 through 55 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 56 through 77 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 78 through 91 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 92 through 107 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 108 through 128 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 129 through 172 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 173 through 191 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 192 through 208 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 209 through 221 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 222 through 235 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 236 through 250 )B0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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