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Yorodumi- PDB-3g48: Crystal structure of chaperone CsaA form Bacillus anthracis str. Ames -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3g48 | ||||||
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Title | Crystal structure of chaperone CsaA form Bacillus anthracis str. Ames | ||||||
Components | Chaperone CsaA | ||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / chaperone CsaA / CsaA / Structural Genomics / NIAID Structural Genomic Centers for Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacillus anthracis (anthrax bacterium) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Nocek, B. / Zhou, M. / Stam, J. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Crystal structure of chaperone CsaA form Bacillus anthracis str. Ames Authors: Nocek, B. / Zhou, M. / Stam, J. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3g48.cif.gz | 64 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3g48.ent.gz | 47.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3g48.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/3g48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/3g48 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2nzhS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12250.010 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) / Strain: Ames / Gene: csaA, BAS1917, BA_2064, GBAA2064 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q81RI2, UniProt: A0A6L8PP74*PLUS #2: Chemical | ChemComp-EDO / | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | ACCORDING TO THE AUTHORS THIS IS LIKELY A SEQUENCING OR CLONING ERROR. DENSITY STRONGLY SUGGEST ARG ...ACCORDING TO THE AUTHORS THIS IS LIKELY A SEQUENCING | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.27 % |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 12% Peg 20000, 10 % glycerol, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å |
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Detector | Type: ADSC QUANTUM Q315r / Detector: CCD / Date: Dec 17, 2008 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→40 Å / Num. all: 32637 / Num. obs: 32247 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 20 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1400 / % possible all: 86.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2NZH Resolution: 1.5→34.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.854 / SU ML: 0.049 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.078 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 8.352 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→34.82 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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