[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3qu4: Crystal structure of pyrophosphatase from bacteroides thetaiotaom... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qu4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of pyrophosphatase from bacteroides thetaiotaomicron, asp13ala mutant | ||||||
Components | INORGANIC PYROPHOSPHATASE | ||||||
Keywords | HYDROLASE / PYROPHOSPHATASE / MAGNESIUM BINDING SITE / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / NYSGXRC / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / PSI-2 / Protein Structure Initiative | ||||||
Function / homology | Function and homology information sugar-phosphatase activity / beta-phosphoglucomutase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacteroides thetaiotaomicron (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Patskovsky, Y. / Huang, H. / Toro, R. / Gerlt, J.A. / Burley, S.K. / Dunaway-Mariano, D. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2011 Title: Divergence of Structure and Function in the Haloacid Dehalogenase Enzyme Superfamily: Bacteroides thetaiotaomicron BT2127 Is an Inorganic Pyrophosphatase. Authors: Huang, H. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Farelli, J.D. / Pandya, C. / Almo, S.C. / Allen, K.N. / Dunaway-Mariano, D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qu4.cif.gz | 380.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3qu4.ent.gz | 308.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qu4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/3qu4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/3qu4 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 3qu2SC 3qu5C 3qu7C 3qu9C 3qubC 3qucC 3quqC 3qutC 3qx7C 3qxgC 3qypC 3r9kC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
7 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
8 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 4 - 220 / Label seq-ID: 23 - 239
|
-Components
#1: Protein | Mass: 26963.863 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: D13A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides thetaiotaomicron (bacteria) Gene: BT_2127 / References: UniProt: Q8A5V9, inorganic diphosphatase #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.95 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 0.1M MES, PH 6.0, 20% PEG8000, 200MM CALCIUM ACETATE, 5MM MAGNESIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.5418 |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 30, 2009 / Details: MIRRORS |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 133986 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): -5 / Redundancy: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 30.3 Å2 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 4.5 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 83.9 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3QU2 Resolution: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 7.775 / SU ML: 0.198 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.237 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.214 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Number: 1547 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
|