PDB-2nzh: Crystal structure of a secretion chaperone CsaA from Bacillus sub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nzh

タイトル

Crystal structure of a secretion chaperone CsaA from Bacillus subtilis in the space group P 4 21 2

要素

Protein csaA

キーワード

CHAPERONE / Beta barrel / oligonucleotide/oligosaccharide binding fold / homodimer

機能・相同性

機能・相同性情報

protein transport / tRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Shapova, Y.A. / Paetzel, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Crystallographic analysis of Bacillus subtilis CsaA.
著者: Shapova, Y.A. / Paetzel, M.

履歴

登録	2006年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nzh.cif.gz	57.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nzh.ent.gz	42.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nzh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nzh_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nzh_full_validation.pdf.gz	452.8 KB	表示
XML形式データ	2nzh_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	2nzh_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/2nzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/2nzh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nzoC 1gd7S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2nzo-1 4wc9-d 1dzw-d 1gd7-2 4a3x-d 5o6p-d 2yp0-d 4wdf-d 2ypc-d 5f9p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein csaA

B: Protein csaA

ヘテロ分子

24.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Protein csaA

B: Protein csaA

ヘテロ分子

A: Protein csaA

B: Protein csaA

ヘテロ分子

A: Protein csaA

B: Protein csaA

ヘテロ分子

A: Protein csaA

B: Protein csaA

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
98 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.146, 109.146, 37.396
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-132- HOH

#1: タンパク質	Protein csaA / Secretion chaperone CsaA 分子量: 12203.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: csaA, BSU19040 / プラスミド: BsCsaA/pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37584
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 30% PEG8000, 0.2M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 102 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月29日 / 詳細: VariMax Cu HF
放射	モノクロメーター: nickel mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→54.57 Å / Num. obs: 17190 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 11.11 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 31.9 / Scaling rejects: 1444
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 9.99 % / R_merge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. measured all: 1383 / Num. unique all: 1578 / Χ²: 0.86 / % possible all: 87

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	54.57 Å
Translation	3 Å	54.57 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	8.0SSI	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ収集
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ削減
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1GD7

1gd7

解像度: 1.9→54.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 6.721 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.245	885	5.2 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
all	0.202	17165	-	-
obs	0.202	17165	93.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.294 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→54.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1654	0	6	117	1777

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.606	2.003	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.838	5	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.998	25.312	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.727	15	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.924	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	721
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.173	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.836	1.5	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.267	2	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.252	3	618
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.673	4.5	513

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	68	-
R_work	0.256	1091	-
obs	-	1159	85.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5285	-0.4389	-0.7439	1.1802	0.0386	2.1219	-0.0156	-0.0301	0.3035	-0.0771	-0.0211	-0.1191	-0.0581	0.1755	0.0367	0.0825	-0.0434	-0.0208	0.0229	0.0112	0.1136	44.4612	-16.7038	-1.6739
2	3.0988	-0.3649	0.85	3.6535	-0.1923	1.6008	-0.0856	0.0018	0.2371	-0.0409	0.0257	-0.0444	-0.0809	-0.0476	0.0599	0.072	-0.0176	0.0103	0.0634	-0.0102	0.0872	31.2676	-13.2567	1.7529
3	3.9785	-0.1197	0.2984	1.4898	0.6096	0.2798	0.0856	-0.0096	0.3311	-0.0629	-0.012	-0.0694	0.0233	-0.0141	-0.0736	0.0797	-0.0212	-0.0118	0.0616	0.0076	0.0926	38.6944	-16.52	1.9044
4	7.5019	-3.6731	4.2101	6.6542	-1.6237	2.4021	-0.0535	0.1101	0.4114	-0.0383	-0.1786	-0.3207	-0.1194	0.0202	0.2321	0.034	-0.0219	0.0035	0.0138	0.001	0.1275	36.1818	-4.2078	0.5134
5	2.1481	-0.1222	0.8106	1.8257	0.1364	2.867	0.1061	0.0725	0.099	-0.0641	-0.0777	0.0191	0.1173	-0.1376	-0.0284	0.0724	-0.0184	0.006	0.0837	0.0017	0.0568	37.7815	-22.787	-2.5304
6	2.4354	0.3486	0.9611	6.7911	-0.0341	2.86	0.0178	-0.0518	0.3919	-0.1718	-0.0067	-0.0294	-0.2275	0.1038	-0.0112	0.0808	-0.0271	0.0227	0.0911	0.0108	0.0386	44.4184	-22.2744	-12.9404
7	34.6505	25.3837	8.4823	19.776	0.3581	31.1164	-0.9727	0.5396	-3.5635	-0.5029	0.1666	-1.9782	-0.1775	1.5548	0.8061	0.1189	0.1196	0.0037	0.1158	-0.023	0.1502	54.3008	-44.7884	-9.6942
8	1.0773	0.6753	0.8774	2.0226	-1.167	3.9989	0.1576	0.0176	0.0051	-0.2924	-0.1699	-0.2289	0.4754	0.3776	0.0123	0.1613	0.0163	0.0172	0.1121	-0.0015	0.001	46.9349	-35.3617	-15.0753
9	2.7103	-1.5718	0.3265	1.7852	-1.0274	3.9278	0.0475	-0.1127	-0.1407	-0.0629	0.0909	0.028	0.3111	0.1051	-0.1384	0.1046	-0.0259	-0.017	0.0427	0.0213	0.012	46.2532	-39.1046	-6.263
10	0.9188	-1.3476	-0.1635	2.5751	-1.0456	2.789	0.1785	0.1127	0.1435	-0.1822	-0.0842	-0.4759	0.2222	0.2439	-0.0943	0.1091	-0.0178	0.0005	0.0653	-0.0193	0.0466	49.8625	-29.2821	-13.6515
11	1.315	-0.4627	-0.2686	2.4514	0.5642	5.2557	0.0063	-0.0802	0.1423	-0.1491	0.1078	-0.4429	0.3382	0.4865	-0.114	0.0578	0.0114	0.0024	0.0797	-0.0075	0.0814	50.5123	-31.7928	-6.0613
12	0.4519	-0.9761	-1.1397	3.5178	0.4031	5.8821	0.0684	-0.0337	-0.0306	-0.0012	-0.1104	-0.1216	0.0838	-0.3266	0.0421	0.0578	-0.049	-0.015	0.1046	0.0046	0.0133	34.4965	-26.1228	-10.5424

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	1 - 22	4 - 25
2	2	A	A	23 - 58	26 - 61
3	3	A	A	59 - 72	62 - 75
4	4	A	A	73 - 82	76 - 85
5	5	A	A	83 - 110	86 - 113
6	6	B	B	3 - 20	6 - 23
7	7	B	B	21 - 25	24 - 28
8	8	B	B	26 - 43	29 - 46
9	9	B	B	44 - 61	47 - 64
10	10	B	B	62 - 75	65 - 78
11	11	B	B	76 - 97	79 - 100
12	12	B	B	98 - 110	101 - 113

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)