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万見
- PDB-3lif: Crystal Structure of the extracellular domain of the putative his... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lif
タイトルCrystal Structure of the extracellular domain of the putative histidine kinase rpHK1S-Z16
要素Putative diguanylate cyclase (GGDEF) with PAS/PAC domain
キーワードSIGNALING PROTEIN / PDC fold
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Histidine kinase sensor domain / Cache domain / : / PAS fold-3 / PAS fold / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain ...: / Histidine kinase sensor domain / Cache domain / : / PAS fold-3 / PAS fold / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / Nucleotide cyclase / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / diguanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhang, Z. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural characterization of the predominant family of histidine kinase sensor domains.
著者: Zhang, Z. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2010年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative diguanylate cyclase (GGDEF) with PAS/PAC domain
B: Putative diguanylate cyclase (GGDEF) with PAS/PAC domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1606
ポリマ－57,5402
非ポリマー6214
水1,67593
1
A: Putative diguanylate cyclase (GGDEF) with PAS/PAC domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0803
ポリマ－28,7701
非ポリマー3102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative diguanylate cyclase (GGDEF) with PAS/PAC domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0803
ポリマ－28,7701
非ポリマー3102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.780, 184.780, 184.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

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要素

#1: タンパク質 Putative diguanylate cyclase (GGDEF) with PAS/PAC domain


分子量: 28769.756 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain (UNP residues 40-293) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
遺伝子: RPA3616 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6N3S7
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M NH4Ac, 0.1M citrate pH5.6, 30% MPD, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97918, 0.97935, 0.96788
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979181
20.979351
30.967881
Reflection冗長度: 12.9 % / Av σ(I) over netI: 43.17 / 数: 725323 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 56039 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.815099.610.0351.0212.7
4.625.8110010.0410.97313
4.034.6210010.0440.95813
3.664.0310010.0551.03613
3.43.6610010.0711.03513
3.23.410010.0981.03113
3.043.210010.1331.03213
2.913.0410010.1870.98412.9
2.82.9110010.2550.95412.9
2.72.810010.3520.93812.9
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 56039 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.7-2.812.90.35256060.938100
2.8-2.9112.90.25556050.954100
2.91-3.0412.90.18755940.984100
3.04-3.2130.13355821.032100
3.2-3.4130.09856341.031100
3.4-3.66130.07155891.035100
3.66-4.03130.05555911.036100
4.03-4.62130.04456030.958100
4.62-5.81130.04156240.973100
5.81-5012.70.03556111.0299.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→42.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.23 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.316 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1500 5 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.208 30163 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.57 Å2 / Biso mean: 41.753 Å2 / Biso min: 2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→42.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3834 0 42 93 3969
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0223987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4171.9625435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg15.2955486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.52722.623183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.51115626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.51534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1830.2606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9911.52425
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.88623935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7531562
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5764.51499
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 106 -
Rwork0.334 2078 -
all-2184 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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