PDB-6h1f: Structure of the nanobody-stabilized gelsolin D187N variant (seco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h1f

タイトル

Structure of the nanobody-stabilized gelsolin D187N variant (second domain)

要素

Gelsolin
gelsolin nanobody, Nb11

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Amyloidosis / calcium / misfolding / nanobody / mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization / regulation of receptor clustering / renal protein absorption / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle / positive regulation of actin nucleation / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / actin cap ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Lama glama (ラマ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Hassan, A. / Milani, M. / Mastrangelo, E. / de Rosa, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis / 年: 2019
タイトル: Nanobody interaction unveils structure, dynamics and proteotoxicity of the Finnish-type amyloidogenic gelsolin variant.
著者: Giorgino, T. / Mattioni, D. / Hassan, A. / Milani, M. / Mastrangelo, E. / Barbiroli, A. / Verhelle, A. / Gettemans, J. / Barzago, M.M. / Diomede, L. / de Rosa, M.

履歴

登録	2018年7月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h1f.cif.gz	108.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h1f.ent.gz	82.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h1f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/6h1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/6h1f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4s10S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lif-1 2i3i-d 4i0c-2 4s10-2 1e5u-d 6ejx-2 6py3-2 3sxu-d 3hhh-d 4i0c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (8) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (1)
#19 - 2001年7月
アクチン (Actin)
類似性 (8)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)

登録構造単位

A: gelsolin nanobody, Nb11

B: Gelsolin

ヘテロ分子

28.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.859, 46.835, 132.111
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	gelsolin nanobody, Nb11 分子量: 15266.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Gelsolin / AGEL / Actin-depolymerizing factor / ADF / Brevin 分子量: 13165.664 Da / 分子数: 1 / Mutation: D187N / 由来タイプ: 組換発現詳細: second domain (G2) of gelsolin pathological variant D187N 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06396
#3: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 30%w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0062 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月12日 / 詳細: Toroidal mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0062 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→46.83 Å / Num. obs: 17289 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 4.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1078 / CC_1/2: 0.714 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4S10

4s10

解像度: 1.9→44.143 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.58

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2333	1724	10 %
R_work	0.1989	-	-
obs	0.2024	17239	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.143 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1751	0	3	111	1865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1823
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.786	2471
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.32	681
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	263
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	332

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9559	0.2714	140	0.2625	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9559-2.0191	0.3166	141	0.2511	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0191-2.0912	0.3102	140	0.249	1267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0912-2.1749	0.3257	141	0.2364	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1749-2.2739	0.2755	142	0.2272	1284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2739-2.3938	0.2354	143	0.2067	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.5438	0.2709	142	0.2197	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5438-2.7401	0.2666	143	0.2225	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7401-3.0158	0.2704	143	0.2186	1285	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0158-3.4521	0.2299	146	0.1835	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4521-4.3487	0.1827	147	0.1588	1327	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3487-44.155	0.1913	156	0.1856	1403	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5001	-1.1977	2.1763	2.4654	-1.7514	7.0134	-0.4718	-0.4505	0.1356	0.6015	0.506	0.2083	-1.1366	-0.7104	-0.0458	0.4704	0.1565	0.0382	0.4575	0.0801	0.4963	-24.8264	23.5587	-25.7883
2	1.3892	-0.2759	-0.2314	1.7313	-0.3562	2.7813	0.0374	0.0785	-0.0216	-0.0437	0.3447	0.4007	-0.1028	-0.3696	-0.2774	0.3693	0.0026	0.0286	0.305	0.0827	0.3222	-16.8575	14.5672	-18.1011
3	7.3259	-1.8569	0.0536	1.0864	-0.8513	1.0996	0.4002	-0.455	-1.6364	-0.0527	0.004	0.5855	0.4132	-0.5824	-0.394	0.4033	-0.0645	-0.1122	0.3352	0.068	0.5977	-24.9383	9.7309	-29.0273
4	5.9612	0.127	3.5941	4.9927	-0.5488	2.2561	-0.0073	0.7308	-0.2505	-0.8366	-0.0709	-0.1046	0.2419	0.8519	0.0656	0.3955	0.032	-0.0199	0.3665	0.0377	0.3164	-11.2812	13.3929	-29.4493
5	6.9008	-1.5321	-2.0676	7.2547	0.2107	6.1065	-0.0233	-0.4097	0.6008	0.1832	0.3198	-0.5071	0.1968	0.5367	-0.32	0.373	0.0187	-0.0871	0.3123	-0.0168	0.3682	-15.2502	21.7748	-27.1127
6	0.8133	-0.9029	1.5333	3.3792	-3.4426	3.7095	0.0644	0.0652	-0.195	-0.3893	0.3601	0.621	0.2598	-0.2307	-0.422	0.3316	-0.0215	-0.0601	0.259	0.0173	0.3153	-19.1009	12.0356	-26.9182
7	4.2998	-4.033	3.5425	5.4054	-2.8912	4.2331	-0.1591	-0.1595	-0.3842	0.0227	0.651	1.0093	-0.1341	-0.6812	-0.4756	0.2348	-0.0171	-0.0322	0.496	0.1905	0.4386	-26.4776	14.1156	-25.0493
8	8.9929	-1.0079	0.1871	1.557	-0.0614	1.5507	0.2294	-0.7182	-0.6707	-0.0257	-0.0576	0.2016	0.1437	-0.2139	-0.158	0.2786	-0.0622	-0.0515	0.2738	0.0399	0.2534	-7.916	-4.9347	-3.8252
9	3.31	-0.762	0.1663	1.0548	-0.359	2.6939	0.1349	-0.3244	-0.2997	0.1088	-0.1001	-0.09	-0.0101	0.2733	-0.0382	0.249	-0.0458	-0.0679	0.2058	0.0415	0.2478	-1.1807	-2.4837	-5.3358
10	9.2522	-0.6619	1.4988	1.9475	-0.6846	2.3546	0.3156	0.7172	-1.2296	-0.2626	-0.1194	0.2483	0.3809	0.0131	-0.1847	0.3704	0.021	-0.0889	0.2631	-0.0876	0.4097	-4.8749	-9.4221	-13.9583
11	1.3772	0.2164	1.0197	1.5527	0.5537	2.2175	0.1124	-0.0779	-0.0533	0.0012	-0.0837	-0.1054	0.0036	0.067	-0.0243	0.22	-0.014	-0.0031	0.2398	-0.0282	0.2503	-3.1132	5.9448	-7.4263

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 39 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 40 through 51 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 52 through 64 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 65 through 83 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 84 through 110 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 111 through 128 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 157 through 167 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 168 through 206 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 207 through 229 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 230 through 258 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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