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- PDB-3lhp: Crystal structure of HIV epitope-scaffold 4E10_D0_1ISEA_004_N 4E1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lhp
タイトルCrystal structure of HIV epitope-scaffold 4E10_D0_1ISEA_004_N 4E10 Fv complex
要素
  • 4E10_D0_1ISEA_004_N (T93)
  • Fv 4E10 heavy chain
  • Fv 4E10 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / EPITOPE-SCAFFOLD
機能・相同性Ribosome-recycling factor / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Artificial gene (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Holmes, M.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Computational Design of Epitope-Scaffolds Allows Induction of Antibodies Specific for a Poorly Immunogenic HIV Vaccine Epitope.
著者: Correia, B.E. / Ban, Y.E. / Holmes, M.A. / Xu, H. / Ellingson, K. / Kraft, Z. / Carrico, C. / Boni, E. / Sather, D.N. / Zenobia, C. / Burke, K.Y. / Bradley-Hewitt, T. / Bruhn-Johannsen, J.F. ...著者: Correia, B.E. / Ban, Y.E. / Holmes, M.A. / Xu, H. / Ellingson, K. / Kraft, Z. / Carrico, C. / Boni, E. / Sather, D.N. / Zenobia, C. / Burke, K.Y. / Bradley-Hewitt, T. / Bruhn-Johannsen, J.F. / Kalyuzhniy, O. / Baker, D. / Strong, R.K. / Stamatatos, L. / Schief, W.R.
履歴
登録2010年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fv 4E10 heavy chain
I: Fv 4E10 heavy chain
L: Fv 4E10 light chain
M: Fv 4E10 light chain
S: 4E10_D0_1ISEA_004_N (T93)
T: 4E10_D0_1ISEA_004_N (T93)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,2027
ポリマ－82,1406
非ポリマー621
水1,47782
1
H: Fv 4E10 heavy chain
L: Fv 4E10 light chain
S: 4E10_D0_1ISEA_004_N (T93)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0703
ポリマ－41,0703
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16400 Å2
手法PISA
2
I: Fv 4E10 heavy chain
M: Fv 4E10 light chain
T: 4E10_D0_1ISEA_004_N (T93)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1324
ポリマ－41,0703
非ポリマー621
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area16620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.977, 88.623, 149.997
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Fv 4E10 heavy chain


分子量: 14712.454 Da / 分子数: 2 / 変異: W104A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL
#2: 抗体 Fv 4E10 light chain


分子量: 12304.698 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL
#3: タンパク質 4E10_D0_1ISEA_004_N (T93)


分子量: 14053.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The epitope-scaffold is based on a mutant of ribosome recycling factor from Escherichia coli (PDB ID 1ISE)
由来: (組換発現) Artificial gene (人工物) / プラスミド: PET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 2000 MME, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 107 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月10日 / 詳細: Rigaku Varimax HF
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→29.54 Å / Num. all: 19356 / Num. obs: 19356 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.45 % / Biso Wilson estimate: 69.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.86 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1705 / % possible all: 85.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Computationally-derived model of the epitope-scaffold Fv complex, with the Fv based on PDB ID 1TZG.

1tzg


解像度: 2.7→28.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.836 / SU B: 42.025 / SU ML: 0.42 / Isotropic thermal model: Isotropic with 8 TLS groups / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.497 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33503 980 5.1 %RANDOM
Rwork0.24267 ---
obs0.24732 19284 96.02 %-
all-19284 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.289 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→28.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5112 0 4 82 5198
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225211
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.023459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1321.9487075
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8063.0028400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9245684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.39723.971209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.40315797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2741534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2797
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025925
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021057
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21057
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.23497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.22513
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22934
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1920.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1040.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5411.53491
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.051.51414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74725408
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.95631988
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4354.51667
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.463 57 -
Rwork0.301 1177 -
obs--84.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4355-0.64860.33641.3072-0.92414.33880.012-0.1742-0.16680.11280.0180.2913-0.0664-0.0552-0.030.0688-0.00240.00780.1215-0.0192-0.0065-1.72114.16129.703
24.02592.6815-1.03814.7952-1.64474.23860.2614-0.6893-0.9270.3171-0.6163-2.2482-0.16740.4570.3549-0.1476-0.0593-0.172-0.03290.29090.560532.433-12.17430.965
35.87020.95610.12743.43130.4163.16280.13320.10350.25760.0182-0.1679-0.21860.26070.30970.03470.07110.06520.05280.05940.0533-0.020617.74614.30820.249
45.6523.1865-2.38175.3832-1.92364.2364-0.14180.1848-0.5179-0.4155-0.0167-0.5698-0.0325-0.46370.15860.04980.09940.01280.0594-0.03-0.030612.377-14.43423.082
511.3189-16.08910.269827.601-0.09715.96450.85360.3080.2859-1.8716-0.70790.1009-0.1497-0.1495-0.14560.2367-0.00920.01120.03330.0097-0.1275-23.06341.6972.507
64.028-3.98410.58458.4174-2.28911.52950.1595-0.0706-0.4819-0.4178-0.01150.67470.125-0.0927-0.1480.13930.0409-0.05490.0771-0.0454-0.0532-17.28927.92711.513
76.1145-6.8994-0.475915.0759-0.26621.74190.46160.00780.6536-0.9681-0.0613-0.7303-0.1417-0.0471-0.40040.21410.05590.06070.04980.0281-0.0263-14.25741.1688.817
82.7645-4.1073-1.37468.99922.77330.88020.63550.26541.1254-0.8952-0.1191-0.9393-0.32690.0053-0.51640.1158-0.01050.3981-0.0309-0.04370.464948.467-36.4236.915
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H2 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2I2 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3L1 - 111
4X-RAY DIFFRACTION4M1 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5S7 - 50
6X-RAY DIFFRACTION6S51 - 91
7X-RAY DIFFRACTION7S92 - 122
8X-RAY DIFFRACTION8T11 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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