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- PDB-3lhp: Crystal structure of HIV epitope-scaffold 4E10_D0_1ISEA_004_N 4E1... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lhp | ||||||
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Title | Crystal structure of HIV epitope-scaffold 4E10_D0_1ISEA_004_N 4E10 Fv complex | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / EPITOPE-SCAFFOLD | ||||||
Function / homology | Ribosome-recycling factor / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha![]() | ||||||
Biological species | ![]() Artificial gene (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Holmes, M.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Computational Design of Epitope-Scaffolds Allows Induction of Antibodies Specific for a Poorly Immunogenic HIV Vaccine Epitope. Authors: Correia, B.E. / Ban, Y.E. / Holmes, M.A. / Xu, H. / Ellingson, K. / Kraft, Z. / Carrico, C. / Boni, E. / Sather, D.N. / Zenobia, C. / Burke, K.Y. / Bradley-Hewitt, T. / Bruhn-Johannsen, J.F. ...Authors: Correia, B.E. / Ban, Y.E. / Holmes, M.A. / Xu, H. / Ellingson, K. / Kraft, Z. / Carrico, C. / Boni, E. / Sather, D.N. / Zenobia, C. / Burke, K.Y. / Bradley-Hewitt, T. / Bruhn-Johannsen, J.F. / Kalyuzhniy, O. / Baker, D. / Strong, R.K. / Stamatatos, L. / Schief, W.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 109.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 490.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 35.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3lefC ![]() 3lf6C ![]() 3lf9C ![]() 3lg7C ![]() 3lh2C ![]() 1tzgS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 14712.454 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: W104A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 12304.698 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 14053.007 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The epitope-scaffold is based on a mutant of ribosome recycling factor from Escherichia coli (PDB ID 1ISE) Source: (gene. exp.) Artificial gene (others) / Plasmid: PET29 / Production host: ![]() ![]() #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: PEG 2000 MME, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 107 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Mar 10, 2008 / Details: Rigaku Varimax HF |
Radiation | Monochromator: Mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→29.54 Å / Num. all: 19356 / Num. obs: 19356 / % possible obs: 96.2 % / Redundancy: 3.45 % / Biso Wilson estimate: 69.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 7.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 2.86 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1705 / % possible all: 85.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: Computationally-derived model of the epitope-scaffold Fv complex, with the Fv based on PDB ID 1TZG. Resolution: 2.7→28.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.836 / SU B: 42.025 / SU ML: 0.42 / Isotropic thermal model: Isotropic with 8 TLS groups / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.497 / Stereochemistry target values: Engh & Huber / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.289 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→28.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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