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Yorodumi- PDB-6zsi: The mechanism of activation of the actin binding protein EHBP1 by... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zsi | |||||||||
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Title | The mechanism of activation of the actin binding protein EHBP1 by Rab8 family members. | |||||||||
Components |
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Keywords | ENDOCYTOSIS / Rab GTPase / EHBP1 / bMERB domain / CH domain | |||||||||
Function / homology | Function and homology information neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / vesicle-mediated transport in synapse / regulation of protein transport / VxPx cargo-targeting to cilium / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / vesicle docking involved in exocytosis / trans-Golgi network transport vesicle ...neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / vesicle-mediated transport in synapse / regulation of protein transport / VxPx cargo-targeting to cilium / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / vesicle docking involved in exocytosis / trans-Golgi network transport vesicle / regulation of exocytosis / protein localization to cilium / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / non-motile cilium / endocytic recycling / TBC/RABGAPs / ciliary membrane / ciliary base / Golgi organization / cilium assembly / protein secretion / phagocytic vesicle / protein tyrosine kinase binding / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / centriole / axonogenesis / small monomeric GTPase / trans-Golgi network membrane / ciliary basal body / regulation of autophagy / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / protein localization to plasma membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / cilium / small GTPase binding / autophagy / endocytosis / cellular response to insulin stimulus / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / synaptic vesicle / protein transport / midbody / dendritic spine / postsynaptic density / endosome membrane / endosome / Golgi membrane / GTPase activity / centrosome / neuronal cell body / glutamatergic synapse / GTP binding / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.914 Å | |||||||||
Authors | Rai, A. / Bleimling, N. / Vetter, I.R. / Goody, R.S. | |||||||||
Funding support | Germany, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2020 Title: The mechanism of activation of the actin binding protein EHBP1 by Rab8 family members. Authors: Rai, A. / Bleimling, N. / Vetter, I.R. / Goody, R.S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6zsi.cif.gz | 269.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6zsi.ent.gz | 217.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6zsi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/6zsi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/6zsi | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6zshC 6zsjC 5sziS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 20476.572 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RAB8A, MEL, RAB8 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P61006 #2: Protein | Mass: 18594.014 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: M1116A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: EHBP1, KIAA0903, NACSIN / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8NDI1 |
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-Non-polymers , 4 types, 48 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 / Details: 0.1 M Mes pH 6.0 5% w/v PEG 3000 30% v/v PEG 200 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.919532 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 4, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.919532 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.91→46.108 Å / Num. obs: 52601 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 11.243 % / Biso Wilson estimate: 41.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.062 / Net I/σ(I): 19.75 / Num. measured all: 591373 / Scaling rejects: 108 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Serial crystallography sample delivery | Method: fixed target |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5SZI Resolution: 1.914→46.108 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / Phase error: 29.94 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 195.66 Å2 / Biso min: 23.43 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.914→46.108 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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