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- PDB-5szi: Structure of human Rab8a in complex with the bMERB domain of Mical-cL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5szi
タイトルStructure of human Rab8a in complex with the bMERB domain of Mical-cL
要素
  • MICAL C-terminal-like protein
  • Ras-related protein Rab-8A
キーワードENDOCYTOSIS / Mical-cL / DUF3585 / Mical / Rab effector / Rab8a / transport protein
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / F-actin monooxygenase / F-actin monooxygenase activity / sulfur oxidation / Golgi vesicle fusion to target membrane / regulation of protein transport / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / vesicle-mediated transport in synapse / VxPx cargo-targeting to cilium ...neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / F-actin monooxygenase / F-actin monooxygenase activity / sulfur oxidation / Golgi vesicle fusion to target membrane / regulation of protein transport / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / vesicle-mediated transport in synapse / VxPx cargo-targeting to cilium / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / trans-Golgi network transport vesicle / actin filament depolymerization / protein localization to cilium / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / endocytic recycling / non-motile cilium / TBC/RABGAPs / mitogen-activated protein kinase binding / vesicle docking involved in exocytosis / ciliary membrane / ciliary base / heart looping / Golgi organization / exocytosis / cilium assembly / phagocytic vesicle / cytoskeleton organization / FAD binding / centriole / axonogenesis / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / protein tyrosine kinase binding / trans-Golgi network membrane / small monomeric GTPase / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / actin filament / monooxygenase activity / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / autophagy / small GTPase binding / centriolar satellite / phagocytic vesicle membrane / cellular response to insulin stimulus / recycling endosome membrane / synaptic vesicle / GDP binding / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / actin cytoskeleton / heart development / actin binding / midbody / oxidoreductase activity / lysosome / endosome / endosome membrane / regulation of autophagy / cilium / ciliary basal body / Golgi membrane / neuronal cell body / GTPase activity / dendrite / centrosome / GTP binding / nucleolus / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ProQ/FinO domain / ProQ/FINO family / Mical, Rossman domain / bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / DUF3585 / : / : / LIM zinc-binding domain signature. ...ProQ/FinO domain / ProQ/FINO family / Mical, Rossman domain / bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / DUF3585 / : / : / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / FAD-binding domain / FAD binding domain / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-8A / [F-actin]-monooxygenase MICAL2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Rai, A. / Oprisko, A. / Campos, J. / Fu, Y. / Friese, T. / Itzen, A. / Goody, R.S. / Mueller, M.P. / Gazdag, E.M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 642, grant A4 ドイツ
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: bMERB domains are bivalent Rab8 family effectors evolved by gene duplication.
著者: Rai, A. / Oprisko, A. / Campos, J. / Fu, Y. / Friese, T. / Itzen, A. / Goody, R.S. / Gazdag, E.M. / Muller, M.P.
履歴
登録2016年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22016年9月14日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-8A
B: MICAL C-terminal-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9144
ポリマ－42,3672
非ポリマー5472
水362
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.400, 122.400, 139.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-8A / Oncogene c-mel


分子量: 23897.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB8A, MEL, RAB8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61006
#2: タンパク質 MICAL C-terminal-like protein / ERK2-binding testicular protein 1 / Ebitein-1


分子量: 18469.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICALCL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ZW33
#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H17N6O13P3 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M bis tris propane 0.2M tri sodium citrate 20% PEG 3350
PH範囲: 8.3-8.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00009 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月1日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→46 Å / Num. obs: 12810 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 16.45
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / CC1/2: 0.507 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10-2155_1692: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LHW, 5SZG

4lhw

5szg


解像度: 2.85→45.952 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 30.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2884 641 5 %
Rwork0.237 --
obs0.2396 12808 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→45.952 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2459 0 0 2 2461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092487
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1753361
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3361508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061385
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8502-3.07020.351250.31112380X-RAY DIFFRACTION100
3.0702-3.37910.27921270.27692404X-RAY DIFFRACTION100
3.3791-3.86780.28361270.24482409X-RAY DIFFRACTION100
3.8678-4.87220.2931280.22132439X-RAY DIFFRACTION100
4.8722-45.95810.28171340.22622535X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.4498 Å / Origin y: 45.9171 Å / Origin z: -14.3057 Å
111213212223313233
T0.4312 Å2-0.1764 Å2-0.1318 Å2-0.4485 Å2-0.0427 Å2--0.3783 Å2
L1.707 °20.337 °2-1.2669 °2-4.9765 °2-3.7608 °2--3.293 °2
S-0.5241 Å °0.3991 Å °-0.0477 Å °-0.1895 Å °0.7919 Å °-0.2356 Å °-0.0978 Å °-0.347 Å °0.7031 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resseq 2:400)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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