PDB-3lf6: Crystal structure of HIV epitope-scaffold 4E10_1XIZA_S0_001_N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lf6

タイトル

Crystal structure of HIV epitope-scaffold 4E10_1XIZA_S0_001_N

要素

Putative phosphotransferase system

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Epitope-scaffold

機能・相同性

Mannitol-specific EII; Chain A / Mannitol-specific EII; Chain A / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

ARTIFICIAL GENE (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Holmes, M.A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Computational Design of Epitope-Scaffolds Allows Induction of Antibodies Specific for a Poorly Immunogenic HIV Vaccine Epitope.
著者: Correia, B.E. / Ban, Y.E. / Holmes, M.A. / Xu, H. / Ellingson, K. / Kraft, Z. / Carrico, C. / Boni, E. / Sather, D.N. / Zenobia, C. / Burke, K.Y. / Bradley-Hewitt, T. / Bruhn-Johannsen, J.F. ...

履歴

登録	2010年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lf6.cif.gz	80.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lf6.ent.gz	60.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lf6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lf6_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lf6_full_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示
XML形式データ	3lf6_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	3lf6_validation.cif.gz	23.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/3lf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/3lf6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lefC 3lf9C 3lg7C 3lh2C 3lhpC 1xizS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3sbx-1 1utz-d 3q62-d 2rg1-d 4wzz-d 3ka0-d 2aox-1 1jqd-2 4zev-2 3nyy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative phosphotransferase system

B: Putative phosphotransferase system

ヘテロ分子

37.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.211, 81.975, 94.219
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative phosphotransferase system / 4E10_1XIZA_S0_001_N (T117) / mannitol/fructose-specific IIA domain containing protein 分子量: 18446.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The epitope-scaffold is based on domain IIA of the putative phosphotransferase system specific for mannitol/fructose from Salmonella typhimurium (PDB ID 1XIZ) 由来: (組換発現) ARTIFICIAL GENE (人工物) / プラスミド: PET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: DI-AMMONIUM PHOSPHATE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 107 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月3日 / 詳細: Rigaku Varimax HR
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.21 Å / Num. obs: 30053 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.43 % / B_iso Wilson estimate: 22.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2886 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Computationally-derived model of the epitope-scaffold, based on 1XIZ

1xiz

解像度: 1.9→31.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 11.788 / SU ML: 0.172 / Isotropic thermal model: Isotropic with 6 TLS groups / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27917	1420	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22324	-	-	-
obs	0.22615	26499	90.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.353 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2448	0	15	262	2725

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2577
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.056	1.94	3532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.743	3	4100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.156	5	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.211	24.173	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.843	15	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.779	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	395
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2891
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	520
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.3	588
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.3	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.5	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.5	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.5	360
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.053	0.3	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.354	0.3	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.266	0.5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.763	2	1618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.179	2	623
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.173	3	2586
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.686	4	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.345	6	939

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.501	80	-
R_work	0.494	1454	-
obs	-	-	68.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0572	-0.1907	0.2211	1.6844	0.6694	2.4784	-0.013	-0.0353	0.1381	0.1742	-0.0998	0.2013	-0.0872	-0.1608	0.1128	0.0388	0.0192	0.0167	-0.067	-0.0296	-0.0881	-11.556	-11.421	17.274
2	0.9197	0.0819	-0.5534	1.8735	-0.5364	2.1552	0.0327	-0.0856	-0.0146	0.0387	-0.0663	-0.0497	-0.0623	0.1913	0.0336	-0.0042	-0.0061	-0.0055	-0.0527	-0.0265	-0.1206	-1.073	-11.131	14.522
3	3.5056	0.2028	0.0608	5.1981	-0.7377	11.2959	0.1729	0.0255	0.273	0.0837	-0.031	-0.1269	-0.6507	0.1335	-0.1419	0.18	-0.0313	-0.0278	-0.1684	-0.074	-0.1694	-1.2	-0.319	25.829
4	2.5769	-0.1127	-0.0859	2.4744	-0.0164	1.9073	-0.0274	0.13	0.079	-0.1631	0.0043	-0.1436	-0.2221	0.0647	0.023	0.0841	0.0074	-0.0013	-0.0584	0.0346	-0.1701	13.239	-4.792	-9.244
5	3.1679	0.5708	-0.5692	2.4558	-0.7795	1.4953	0.0645	0.0046	0.2063	-0.0287	-0.0634	0.1487	-0.3271	0.0086	-0.0011	0.0713	0.0361	0.0107	-0.053	0.0142	-0.1625	6.682	-0.857	-0.865
6	4.3093	0.9836	-1.1892	5.0432	0.421	3.9162	-0.0473	-0.1622	-0.0707	0.1662	-0.0555	-0.411	-0.0221	0.319	0.1028	0.0182	-0.0406	-0.0655	-0.0193	0.0678	-0.1376	21.98	-5.073	3.884

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 56
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	57 - 130
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	131 - 160
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	4 - 47
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	48 - 129
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	130 - 160

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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