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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lg7 | ||||||
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Title | Crystal structure of HIV epitope-scaffold 4E10_S0_1EZ3A_002_C | ||||||
![]() | 4E10_S0_1EZ3A_002_C (T246) | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / EPITOPE-SCAFFOLD | ||||||
Function / homology | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #70 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha![]() | ||||||
Biological species | ARTIFICIAL GENE (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Holmes, M.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Computational Design of Epitope-Scaffolds Allows Induction of Antibodies Specific for a Poorly Immunogenic HIV Vaccine Epitope. Authors: Correia, B.E. / Ban, Y.E. / Holmes, M.A. / Xu, H. / Ellingson, K. / Kraft, Z. / Carrico, C. / Boni, E. / Sather, D.N. / Zenobia, C. / Burke, K.Y. / Bradley-Hewitt, T. / Bruhn-Johannsen, J.F. ...Authors: Correia, B.E. / Ban, Y.E. / Holmes, M.A. / Xu, H. / Ellingson, K. / Kraft, Z. / Carrico, C. / Boni, E. / Sather, D.N. / Zenobia, C. / Burke, K.Y. / Bradley-Hewitt, T. / Bruhn-Johannsen, J.F. / Kalyuzhniy, O. / Baker, D. / Strong, R.K. / Stamatatos, L. / Schief, W.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 94.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 73.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 460.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 463.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3lefC ![]() 3lf6C ![]() 3lf9C ![]() 3lh2C ![]() 3lhpC ![]() 1ez3S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 16412.529 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The epitope-scaffold is based on THE NEURONAL T-SNARE SYNTAXIN-1A (PDB ID 1EZ3) Source: (gene. exp.) ARTIFICIAL GENE (others) / Plasmid: PET29 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.78 Å3/Da / Density % sol: 74.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: Ammonium sulfate, bis Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 107 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: May 9, 2008 / Details: Rigaku Varimax HF |
Radiation | Monochromator: Mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→28.82 Å / Num. all: 33220 / Num. obs: 33220 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 4.53 % / Biso Wilson estimate: 66.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 6.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Redundancy: 3.78 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3180 / % possible all: 96.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: Computationally-derived model of the epitope-scaffold, based on 1EZ3 Resolution: 2.5→28.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 18.258 / SU ML: 0.208 / Isotropic thermal model: Isotropic with 15 TLS groups / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.249 / Stereochemistry target values: Engh & Huber / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.599 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→28.82 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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