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- PDB-4wzz: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wzz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (IPR025997) FROM CLOSTRIDIUM PHYTOFERMENTAS (Cphy_0583, TARGET EFI-511148) WITH BOUND L-RHAMNOSE
要素Putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
: / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-rhamnopyranose / Putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium phytofermentans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. ...Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (IPR025997) FROM CLOSTRIDIUM PHYTOFERMENTAS (Cphy_0583, TARGET EFI-511148) WITH BOUND L-RHAMNOSE
著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R. ...著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2014年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.22017年3月15日Group: Other
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6484
ポリマ－39,3591
非ポリマー2883
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.625, 87.625, 83.982
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-549-

HOH

21A-568-

HOH

詳細biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein


分子量: 39359.352 Da / 分子数: 1 / 断片: ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium phytofermentans (バクテリア)
株: ATCC 700394 / DSM 18823 / ISDg / 遺伝子: Cphy_0583 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9KIX1
#2: 糖 ChemComp-RAM / alpha-L-rhamnopyranose / alpha-L-rhamnose / 6-deoxy-alpha-L-mannopyranose / L-rhamnose / rhamnose / α-L-ラムノピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LRhapaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-rhamnopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-RhapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RhaSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein (51.24 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM L-RHAMNOSE); Reservoir (0.1 M Sodium Hepes pH 7.5, 1.4 M Sodium Citrate); Cryoprotection (80% Reservoir + 20% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→87.62 Å / Num. obs: 36564 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.6 % / Biso Wilson estimate: 16.98 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 1855141 / Scaling rejects: 13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all
1.4-1.4227.90.455418757831420.2770.874
7.67-87.6222.90.08746.3112684920.9920.018

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.1.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→26.666 Å / FOM work R set: 0.9145 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1805 1827 5 %
Rwork0.1454 34737 -
obs0.1471 36564 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.56 Å2 / Biso mean: 22.01 Å2 / Biso min: 6.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→26.666 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2366 0 43 305 2714
Biso mean--21.75 31.92 -
残基数----321
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2253333
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006437
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.562872
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7-1.7460.19661320.160826322764
1.746-1.79730.21621560.157926142770
1.7973-1.85530.21081330.163226272760
1.8553-1.92160.19651320.150626412773
1.9216-1.99860.17861320.148926582790
1.9986-2.08950.16651270.136726342761
2.0895-2.19960.18271330.136726572790
2.1996-2.33730.15441450.137126482793
2.3373-2.51770.2031470.147126532800
2.5177-2.77080.18121520.149626702822
2.7708-3.17120.18841590.152426742833
3.1712-3.99320.17461520.132727302882
3.9932-26.66950.16551270.148928993026
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9082-0.1577-0.01841.3847-0.80481.52030.1478-0.2588-0.24580.3202-0.1220.0603-0.0093-0.1068-0.03430.2239-0.0994-0.03390.17180.03630.17359.550634.468232.4707
21.03730.14880.27481.01110.1650.92030.1914-0.22780.0860.4206-0.1969-0.0341-0.1797-0.0630.04780.2087-0.0764-0.03890.137-0.01510.123167.862849.882227.34
31.70810.12380.35131.2417-0.22591.7170.02660.09540.1587-0.0005-0.02690.0772-0.1872-0.13820.02680.08620.0227-0.00450.0683-0.00340.107961.833455.989113.1853
41.20240.24430.28451.3087-0.3881.42260.08870.0544-0.0891-0.1403-0.0614-0.08780.1425-0.0469-0.02120.0955-0.0047-0.00960.0726-0.00870.11167.249544.321512.1466
50.3816-0.2133-0.01510.2869-0.02030.11490.1408-0.0897-0.24010.0308-0.1391-0.23310.07450.1743-0.13150.4301-0.182-0.39310.55780.2290.457779.955833.707637.2115
60.78690.50030.26031.309-0.2710.77450.2613-0.129-0.2630.2196-0.5533-0.6390.08050.4385-0.3120.1259-0.1048-0.15540.16340.01130.13876.235840.035622.5242
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 47 through 121 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 122 through 201 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 202 through 233 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 234 through 310 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 311 through 333 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 334 through 367 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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