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万見
- PDB-3lh2: Crystal structure of HIV epitope-scaffold 4E10_1VI7A_S0_002_N 4E1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lh2
タイトルCrystal structure of HIV epitope-scaffold 4E10_1VI7A_S0_002_N 4E10 Fv complex
要素
  • 4E10_1VI7A_S0_002_N (T88)
  • Fv 4E10 heavy chain
  • Fv 4E10 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / EPITOPE-SCAFFOLD
機能・相同性Alpha-Beta Plaits - #240 / Alpha-Beta Plaits / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種ARTIFICIAL GENE (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Holmes, M.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Computational Design of Epitope-Scaffolds Allows Induction of Antibodies Specific for a Poorly Immunogenic HIV Vaccine Epitope.
著者: Correia, B.E. / Ban, Y.E. / Holmes, M.A. / Xu, H. / Ellingson, K. / Kraft, Z. / Carrico, C. / Boni, E. / Sather, D.N. / Zenobia, C. / Burke, K.Y. / Bradley-Hewitt, T. / Bruhn-Johannsen, J.F. ...著者: Correia, B.E. / Ban, Y.E. / Holmes, M.A. / Xu, H. / Ellingson, K. / Kraft, Z. / Carrico, C. / Boni, E. / Sather, D.N. / Zenobia, C. / Burke, K.Y. / Bradley-Hewitt, T. / Bruhn-Johannsen, J.F. / Kalyuzhniy, O. / Baker, D. / Strong, R.K. / Stamatatos, L. / Schief, W.R.
履歴
登録2010年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: 4E10_1VI7A_S0_002_N (T88)
H: Fv 4E10 heavy chain
T: 4E10_1VI7A_S0_002_N (T88)
I: Fv 4E10 heavy chain
V: 4E10_1VI7A_S0_002_N (T88)
K: Fv 4E10 heavy chain
L: Fv 4E10 light chain
M: Fv 4E10 light chain
O: Fv 4E10 light chain
U: 4E10_1VI7A_S0_002_N (T88)
N: Fv 4E10 light chain
J: Fv 4E10 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,89112
ポリマ－141,89112
非ポリマー00
水2,378132
1
S: 4E10_1VI7A_S0_002_N (T88)
H: Fv 4E10 heavy chain
V: 4E10_1VI7A_S0_002_N (T88)
K: Fv 4E10 heavy chain
L: Fv 4E10 light chain
O: Fv 4E10 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9456
ポリマ－70,9456
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12980 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area24820 Å2
手法PISA
2
T: 4E10_1VI7A_S0_002_N (T88)
I: Fv 4E10 heavy chain
M: Fv 4E10 light chain
U: 4E10_1VI7A_S0_002_N (T88)
N: Fv 4E10 light chain
J: Fv 4E10 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9456
ポリマ－70,9456
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12880 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area25100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.850, 145.950, 78.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
4E10_1VI7A_S0_002_N (T88)


分子量: 8455.588 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The author states that THE EPITOPE-SCAFFOLD IS BASED on the ribosome recycling factor from Vibrio parahaemolyticus (PDB ID 1IS1).
由来: (組換発現) ARTIFICIAL GENE (人工物) / プラスミド: PET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR
#2: 抗体
Fv 4E10 heavy chain


分子量: 14712.454 Da / 分子数: 4 / Mutation: W104A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL
#3: 抗体
Fv 4E10 light chain


分子量: 12304.698 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Na acetate, imidazole, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 107 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月22日 / 詳細: Rigaku Varimax HF
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→28.01 Å / Num. all: 49017 / Num. obs: 49017 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.88 % / Biso Wilson estimate: 62.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 3.68 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 4883 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Computationally-derived model of the epitope-scaffold Fv complex, with the Fv based on PDB ID 1TZG.

1tzg


解像度: 2.65→26.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 11.214 / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.578 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27023 2478 5.1 %RANDOM
Rwork0.22173 ---
obs0.22426 48955 98.53 %-
all-48955 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.111 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→26.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8997 0 0 132 9129
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0229217
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9271.95312544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6433.00214823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1351202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.77623.782349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.617151408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7411547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.21436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0210362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021875
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.31591
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2080.35906
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.54370
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.55064
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.5512
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1010.56
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1320.323
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.230.349
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.58
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.58526112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.06722488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05239526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.03943600
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.69663014
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.647→2.715 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 161 -
Rwork0.295 3327 -
obs--95.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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