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- PDB-5hxg: STM1697-FlhD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hxg
タイトルSTM1697-FlhD complex
要素
  • Flagellar transcriptional regulator FlhD
  • Uncharacterized protein STM1697
キーワードTRANSCRIPTION / STM1697-FlhD / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of bacterial-type flagellum assembly / : / bacterial-type flagellum assembly / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Flagellar transcriptional activator fold / Flagellar transcriptional activator FlhD / Flagellar transcriptional activator FlhD / Flagellar transcriptional activator FlhD superfamily / Flagellar transcriptional activator (FlhD) / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-FlhC(2)FlhD(4) factor YdiV / Flagellar transcriptional regulator FlhD / Flagellar transcriptional regulator FlhD / Anti-FlhC(2)FlhD(4) factor YdiV
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Infantis str. SARB27 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å
データ登録者Li, B. / Yuan, Z. / Qin, L. / Gu, L.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of STM1697-FlhD complex
著者: Li, B. / Yue, Y. / Yuan, Z. / Zhang, F. / Liu, Y. / Li, P. / Song, N. / Li, Z. / Gu, L. / Qin, L.
履歴
登録2016年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein STM1697
B: Flagellar transcriptional regulator FlhD
C: Uncharacterized protein STM1697
D: Flagellar transcriptional regulator FlhD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6134
ポリマ－79,6134
非ポリマー00
水5,296294
1
A: Uncharacterized protein STM1697
B: Flagellar transcriptional regulator FlhD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8062
ポリマ－39,8062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13510 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein STM1697
D: Flagellar transcriptional regulator FlhD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8062
ポリマ－39,8062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.006, 61.006, 166.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein STM1697


分子量: 26506.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Infantis str. SARB27 (サルモネラ菌)
遺伝子: SEENIN0B_01477 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G4C3X3, UniProt: A0A6C8G6L7*PLUS
#2: タンパク質 Flagellar transcriptional regulator FlhD


分子量: 13299.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Infantis str. SARB27 (サルモネラ菌)
株: SARB27 / 遺伝子: flhD, SEENIN0B_01241 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G4C1X0, UniProt: A0A6C8G6W0*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.2M KCl, 0.01M MgCl2, 0.05M MES pH5.6, 5% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.998→50 Å / Num. obs: 47026 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 23.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.998→38.309 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 21.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2061 1941 4.25 %
Rwork0.178 --
obs0.1791 45724 97.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.998→38.309 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4376 0 0 294 4670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8326050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6432662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055706
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006760
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9977-2.04770.31771240.21722917X-RAY DIFFRACTION91
2.0477-2.1030.26671300.19523010X-RAY DIFFRACTION92
2.103-2.16490.22361320.19053020X-RAY DIFFRACTION95
2.1649-2.23480.19511480.18383058X-RAY DIFFRACTION95
2.2348-2.31460.20971390.17223124X-RAY DIFFRACTION97
2.3146-2.40730.25561370.18323134X-RAY DIFFRACTION97
2.4073-2.51680.20731400.18023161X-RAY DIFFRACTION98
2.5168-2.64950.25161380.17283196X-RAY DIFFRACTION98
2.6495-2.81540.17881390.17243141X-RAY DIFFRACTION99
2.8154-3.03270.21771380.17783229X-RAY DIFFRACTION99
3.0327-3.33780.20591530.17333196X-RAY DIFFRACTION100
3.3378-3.82040.19491480.16723209X-RAY DIFFRACTION100
3.8204-4.81180.19261330.16033203X-RAY DIFFRACTION100
4.8118-38.31630.19231420.20153185X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3999-0.14350.40451.3490.41070.88170.1105-0.0924-0.11190.0063-0.0387-0.10030.073-0.0095-0.00010.2580.00130.01590.2620.03980.283154.05543.898118.065
20.51540.4099-0.03090.4414-0.03270.24260.2760.187-0.0305-0.3873-0.12080.5035-0.1558-0.09090.05140.50010.1628-0.03330.40110.00950.323134.228349.5571-0.9014
31.5193-0.1426-0.16271.3186-0.48950.91430.0383-0.0570.0576-0.12350.04040.14190.0256-0.07330.00010.2355-0.0033-0.01720.2305-0.03170.250172.001368.746122.3784
40.05830.08410.03210.8030.13320.14430.081-0.4883-0.39550.14790.1522-0.24690.08890.17380.03080.29370.0355-0.03490.60960.0330.316286.873554.46241.2458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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