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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lfo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of T. celer L30e E90A/R92A variant | ||||||
要素 | 50S ribosomal protein L30e | ||||||
キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN / L30e / Thermophilic / globular protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermococcus celer (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Chan, C.H. / Wong, K.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2011 タイトル: Stabilizing salt-bridge enhances protein thermostability by reducing the heat capacity change of unfolding. 著者: Chan, C.H. / Yu, T.H. / Wong, K.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lfo.cif.gz | 32.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lfo.ent.gz | 21 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lfo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3lfo_validation.pdf.gz | 416.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3lfo_full_validation.pdf.gz | 416.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3lfo_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3lfo_validation.cif.gz | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/3lfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/3lfo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10837.557 Da / 分子数: 1 / 変異: E90A, R92A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus celer (古細菌) / 遺伝子: rpl30e, rpl30 / プラスミド: pET3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P29160 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.81 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 18% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月4日 / 詳細: VariMax HR optics |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→31.72 Å / Num. obs: 7279 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1034 / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1H7M 解像度: 1.8→31.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.811 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.713 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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