+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lf9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of HIV epitope-scaffold 4E10_D0_1IS1A_001_C | ||||||
![]() | 4E10_D0_1IS1A_001_C (T161) | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / EPITOPE-SCAFFOLD | ||||||
機能・相同性 | Ribosome-recycling factor / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha![]() | ||||||
生物種 | ARTIFICIAL GENE (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Holmes, M.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Computational Design of Epitope-Scaffolds Allows Induction of Antibodies Specific for a Poorly Immunogenic HIV Vaccine Epitope. 著者: Correia, B.E. / Ban, Y.E. / Holmes, M.A. / Xu, H. / Ellingson, K. / Kraft, Z. / Carrico, C. / Boni, E. / Sather, D.N. / Zenobia, C. / Burke, K.Y. / Bradley-Hewitt, T. / Bruhn-Johannsen, J.F. ...著者: Correia, B.E. / Ban, Y.E. / Holmes, M.A. / Xu, H. / Ellingson, K. / Kraft, Z. / Carrico, C. / Boni, E. / Sather, D.N. / Zenobia, C. / Burke, K.Y. / Bradley-Hewitt, T. / Bruhn-Johannsen, J.F. / Kalyuzhniy, O. / Baker, D. / Strong, R.K. / Stamatatos, L. / Schief, W.R. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 26.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 417.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 419.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13697.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The epitope scaffold is based on the ribosome recycling factor from Vibrio parahaemolyticus (PDB ID 1IS1) 由来: (組換発現) ARTIFICIAL GENE (人工物) / プラスミド: PET29 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.75 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, Ca chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 107 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月4日 / 詳細: Rigaku Varimax HF |
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→32.64 Å / Num. all: 8462 / Num. obs: 8462 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.53 % / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.66 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 755 / % possible all: 89.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Computationally-derived model of the epitope-scaffold, based on 1IS1 解像度: 2→27.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 8.825 / SU ML: 0.137 / Isotropic thermal model: Isotropic with 4 TLS groups / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.398 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→27.37 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|