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- PDB-3tul: Crystal structure of N-terminal region of Type III Secretion Majo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tul
タイトルCrystal structure of N-terminal region of Type III Secretion Major Translocator SipB (residues 82-226)
要素Cell invasion protein sipB
キーワードCELL INVASION / translocator / type three secretion system / coiled-coil / virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to Golgi apparatus / host cell membrane / killing of cells of another organism / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system, invasin protein B / Invasin IpaB, N-terminal / Type III cell invasion protein SipB / Secretion system effector C, SseC-like / Secretion system effector C (SseC) like family / Nucleotidyltransferases domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SPI-1 type 3 secretion system translocon protein SctE
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.793 Å
データ登録者Barta, M.L. / Dickenson, N.E. / Patel, M. / Keightley, J.A. / Picking, W.D. / Picking, W.L. / Geisbrecht, B.V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: The Structures of Coiled-Coil Domains from Type III Secretion System Translocators Reveal Homology to Pore-Forming Toxins.
著者: Barta, M.L. / Dickenson, N.E. / Patil, M. / Keightley, A. / Wyckoff, G.J. / Picking, W.D. / Picking, W.L. / Geisbrecht, B.V.
履歴
登録2011年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Database references
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell invasion protein sipB
B: Cell invasion protein sipB
C: Cell invasion protein sipB
D: Cell invasion protein sipB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3534
ポリマ－67,3534
非ポリマー00
水77543
1
A: Cell invasion protein sipB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8381
ポリマ－16,8381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cell invasion protein sipB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8381
ポリマ－16,8381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cell invasion protein sipB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8381
ポリマ－16,8381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cell invasion protein sipB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8381
ポリマ－16,8381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area30230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.154, 51.144, 84.646
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質
Cell invasion protein sipB / Effector protein sipB


分子量: 16838.328 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 81-237) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: sipB, sspB, STM2885 / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q56019
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.15 M potassium bromide, 27% PEG2000 MME, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97243,0.97934
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月16日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.972431
20.979341
反射解像度: 2.793→31.943 Å / Num. all: 17834 / Num. obs: 17478 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.793→2.9681 Å / Rmerge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.793→31.943 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.39 / σ(F): 0.26 / 位相誤差: 34.67 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3164 841 5 %
Rwork0.298 --
obs0.299 16819 94.32 %
all-17854 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.993 Å2 / ksol: 0.266 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.2106 Å2-0 Å20 Å2
2--10.9258 Å20 Å2
3----5.7152 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.793→31.943 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3876 0 0 43 3919
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093884
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.245206
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3811452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077637
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003661
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.793-2.96810.39171160.38582196X-RAY DIFFRACTION80
2.9681-3.1970.35761360.34332602X-RAY DIFFRACTION93
3.197-3.51840.34431430.33272712X-RAY DIFFRACTION98
3.5184-4.02670.31291440.27812747X-RAY DIFFRACTION98
4.0267-5.06990.28961470.26312799X-RAY DIFFRACTION99
5.0699-31.9450.29371550.28662922X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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