+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5n7k | ||||||
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Title | Crystal structure of the coiled-coil domain of human tricellulin | ||||||
Components | MARVEL domain-containing protein 2 | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / tight junction / CC domain / dimerization | ||||||
Function / homology | Function and homology information tricellular tight junction / paranodal junction / Schmidt-Lanterman incisure / bicellular tight junction assembly / cell-cell junction organization / tight junction / establishment of endothelial barrier / bicellular tight junction / sensory perception of sound / cell junction ...tricellular tight junction / paranodal junction / Schmidt-Lanterman incisure / bicellular tight junction assembly / cell-cell junction organization / tight junction / establishment of endothelial barrier / bicellular tight junction / sensory perception of sound / cell junction / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.81 Å | ||||||
Authors | Schuetz, A. / Heinemann, U. | ||||||
Citation | Journal: Ann. N. Y. Acad. Sci. / Year: 2017 Title: Crystal structure of the tricellulin C-terminal coiled-coil domain reveals a unique mode of dimerization. Authors: Schuetz, A. / Radusheva, V. / Krug, S.M. / Heinemann, U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5n7k.cif.gz | 201.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5n7k.ent.gz | 167.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5n7k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5n7k_validation.pdf.gz | 434.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5n7k_full_validation.pdf.gz | 434.9 KB | Display | |
Data in XML | 5n7k_validation.xml.gz | 15.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5n7k_validation.cif.gz | 21 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/5n7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/5n7k | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5n7hSC 5n7iC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13977.784 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MARVELD2, TRIC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8N4S9 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.33 Å3/Da / Density % sol: 63.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 55% (v/v) MPD, 0.1 M Mes pH 5.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.918409 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: May 13, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.918409 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.805→47.26 Å / Num. obs: 18866 / % possible obs: 99.43 % / Redundancy: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 83.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 18.15 |
Reflection shell | Resolution: 2.805→2.906 Å / Redundancy: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.9753 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 1787 / % possible all: 97.01 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5N7H Resolution: 2.81→47.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.614 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.607 / SU Rfree Blow DPI: 0.3 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.305
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Displacement parameters | Biso mean: 96.71 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.81→47.26 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.81→2.98 Å / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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