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Yorodumi- PDB-6kos: Crystal structure of SUWA (Super WA20), a hyper-stable de novo pr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6kos | ||||||
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Title | Crystal structure of SUWA (Super WA20), a hyper-stable de novo protein with a dimeric bisecting topology | ||||||
Components | SUWA (Super WA20) | ||||||
Keywords | DE NOVO PROTEIN / THERMOSTABLE PROTEIN DESIGN / BINARY PATTERNED DESIGN / FOUR HELIX BUNDLE / 3D DOMAIN SWAPPING / BISECTING U TOPOLOGY | ||||||
Function / homology | Designed four-helix bundle protein / hypothetical protein mp506/mpn330, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha Function and homology information | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Kimura, N. / Arai, R. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Acs Synth Biol / Year: 2020 Title: HyperstableDe NovoProtein with a Dimeric Bisecting Topology. Authors: Kimura, N. / Mochizuki, K. / Umezawa, K. / Hecht, M.H. / Arai, R. #1: Journal: J Phys Chem B / Year: 2012 Title: Domain-swapped dimeric structure of a stable and functional de novo four-helix bundle protein, WA20. Authors: Arai, R. / Kobayashi, N. / Kimura, A. / Sato, T. / Matsuo, K. / Wang, A.F. / Platt, J.M. / Bradley, L.H. / Hecht, M.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6kos.cif.gz | 187.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6kos.ent.gz | 152.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6kos.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6kos_validation.pdf.gz | 453.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6kos_full_validation.pdf.gz | 457.7 KB | Display | |
Data in XML | 6kos_validation.xml.gz | 16.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6kos_validation.cif.gz | 23 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/6kos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/6kos | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3vjfS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12542.261 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: H26L, G28S, N34L, V71L, E78L Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Hyper-stable de novo protein SUWA (Super WA20) / Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Plasmid: pET-3a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): star #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 35.9 % / Description: Rod-like |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.1M HEPES, 25% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-5A / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 28, 2016 / Details: Collimating Mirror-Monochromator-Focusing Mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 26639 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 38.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3VJF Resolution: 2→31.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / Matrix type: sparse / WRfactor Rfree: 0.31 / WRfactor Rwork: 0.241 / SU B: 11.752 / SU ML: 0.168 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.216 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 158.79 Å2 / Biso mean: 48.908 Å2 / Biso min: 25.76 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→31.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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