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- PDB-3l7e: Crystal structure of ANTI-IL-13 antibody C836 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l7e
タイトルCrystal structure of ANTI-IL-13 antibody C836
要素
  • C836 HEAVY CHAIN
  • C836 LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold / MONOCLONAL ANTIBODY
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Antigen recognition by antibody C836 through adjustment of VL/VH packing
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Gilliland, G.
履歴
登録2009年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32011年10月26日Group: Database references
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: C836 LIGHT CHAIN
H: C836 HEAVY CHAIN
A: C836 LIGHT CHAIN
B: C836 HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9709
ポリマ－96,5684
非ポリマー4025
水3,135174
1
L: C836 LIGHT CHAIN
H: C836 HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6276
ポリマ－48,2842
非ポリマー3434
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA
2
A: C836 LIGHT CHAIN
B: C836 HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3433
ポリマ－48,2842
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.940, 141.460, 76.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 LAHB

#1: 抗体 C836 LIGHT CHAIN


分子量: 23503.090 Da / 分子数: 2
断片: CHIMERIC MOLECULE OF MOUSE VARIABLE DOMAIN AND HUMAN CONSTANT DOMAIN
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / Cell (発現宿主): Human embryonic kidney (HEK) 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 C836 HEAVY CHAIN


分子量: 24780.824 Da / 分子数: 2
断片: FD fragment of the heavy chain, CHIMERIC MOLECULE OF MOUSE VARIABLE DOMAIN AND HUMAN CONSTANT DOMAIN
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / Cell (発現宿主): Human embryonic kidney (HEK) 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 4種, 179分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 16% PEG 4K; CRYO CONDITIONS: SODIUM ACETATE PH 4.5, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 20% PEG 4K, 20% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月11日 / 詳細: VARIMAX HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49 Å / Num. all: 30327 / Num. obs: 30327 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 59.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 75.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
d*TREK9.6Lデータ削減
d*TREK9.6Lデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3L5W

3l5w


解像度: 2.5→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 9.348 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.035 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25075 1529 5.1 %RANDOM
Rwork0.20128 ---
all0.20379 28645 --
obs0.20379 28645 89.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å20 Å2-2.83 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3----1.33 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6550 0 24 174 6748
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226739
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.321.9579173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6555851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.724.609256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.262151079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9021518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21029
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.025034
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.22708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.24488
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.14424358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.07246906
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it17.294882750
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it18.782882267
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 91 -
Rwork0.296 1568 -
obs--75.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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