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万見
- PDB-3l0e: X-ray crystal structure of a Potent Liver X Receptor Modulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l0e
タイトルX-ray crystal structure of a Potent Liver X Receptor Modulator
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2
  • Oxysterols receptor LXR-beta
キーワードTRANSCRIPTION / hLXR-beta / human Liver X Receptor-beta / sulfonamide modulator / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Receptor / Transcription regulation / Zinc-finger / Activator / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / regulation of lipid storage / positive regulation of lipoprotein lipase activity / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of triglyceride biosynthetic process ...positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / regulation of lipid storage / positive regulation of lipoprotein lipase activity / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of lipid storage / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / negative regulation of lipid transport / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cold-induced thermogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of protein metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / transcription regulator inhibitor activity / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / intracellular receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of proteolysis / positive regulation of adipose tissue development / hormone-mediated signaling pathway / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / VLDLR internalisation and degradation / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cholesterol homeostasis / response to progesterone / nuclear receptor binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Nuclear Receptor transcription pathway / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / : / HATs acetylate histones / ATPase binding / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / cell differentiation / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / nuclear body / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Liver X receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 ...Liver X receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / : / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G58 / Oxysterols receptor LXR-beta / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gampe Jr., R.T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Discovery of tertiary sulfonamides as potent liver X receptor antagonists.
著者: Zuercher, W.J. / Buckholz, R.G. / Campobasso, N. / Collins, J.L. / Galardi, C.M. / Gampe, R.T. / Hyatt, S.M. / Merrihew, S.L. / Moore, J.T. / Oplinger, J.A. / Reid, P.R. / Spearing, P.K. / ...著者: Zuercher, W.J. / Buckholz, R.G. / Campobasso, N. / Collins, J.L. / Galardi, C.M. / Gampe, R.T. / Hyatt, S.M. / Merrihew, S.L. / Moore, J.T. / Oplinger, J.A. / Reid, P.R. / Spearing, P.K. / Stanley, T.B. / Stewart, E.L. / Willson, T.M.
履歴
登録2009年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxysterols receptor LXR-beta
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7383
ポリマ－30,1902
非ポリマー5481
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12440 Å2
手法PISA
2
A: Oxysterols receptor LXR-beta
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子

A: Oxysterols receptor LXR-beta
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4776
ポリマ－60,3814
非ポリマー1,0962
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/41
Buried area4650 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area22860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.855, 114.855, 56.407
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Oxysterols receptor LXR-beta / Liver X receptor beta / Nuclear orphan receptor LXR-beta / Nuclear receptor subfamily 1 group H ...Liver X receptor beta / Nuclear orphan receptor LXR-beta / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 2 / Ubiquitously-expressed nuclear receptor / Nuclear receptor NER


分子量: 28711.670 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 213-461 / 変異: C238S, C326S, R361S, R362S, Q445A, K447A, K448A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H2, LXRB, NER, UNR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P55055
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1478.756 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 740-751 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-G58 / N-(2-chloro-6-fluorobenzyl)-1-methyl-N-{[3'-(methylsulfonyl)biphenyl-4-yl]methyl}-1H-imidazole-4-sulfonamide


分子量: 548.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H23ClFN3O4S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1:1 (v/v) ratio of the protein complex and PEG 2K MME 20%, 0.2mM MgCl2, 0.1mM TRIS HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 16723 / Num. obs: 16707 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 991 / % possible all: 79.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASERPhenix位相決定
REFMAC6.0.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PQ9

1pq9


解像度: 2.3→27.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 16.599 / SU ML: 0.178 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23661 533 3.2 %RANDOM
Rwork0.2021 ---
obs0.20316 16167 96.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.452 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2028 0 36 76 2140
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222112
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1941.992869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90233481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0855255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.46824.7100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.32315364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0071514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02431
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5481.51282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0711.5503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05222070
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3463830
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3044.5798
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.363 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.477 38 -
Rwork0.285 927 -
obs--77.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8591-0.85121.25571.9151-1.22452.0284-0.05550.39730.2397-0.17460.0175-0.1979-0.0036-0.05050.0380.1401-0.05190.04890.1397-0.03640.095520.673-40.4391.16
27.7952-8.74270.78920.04395.53324.5367-0.3436-1.0235-0.58371.15490.12781.43360.6666-0.81550.21590.2028-0.1237-0.02220.41390.02250.21867.289-41.84415.215
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A220 - 460
2X-RAY DIFFRACTION2B741 - 750

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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