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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kw4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cytochrome 2B4 in complex with the anti-platelet drug ticlopidine | ||||||
要素 | Cytochrome P450 2B4 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / P450 / cytochrome P450 2B4 / monooxygenase / membrane protein / CYP 2B4 / CYP LM2 / Endoplasmic reticulum / Heme / Iron / Membrane / Metal-binding / Microsome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / unspecific monooxygenase / aromatase activity / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / endoplasmic reticulum membrane / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å | ||||||
データ登録者 | Gay, S.C. / Maekawa, K. / Roberts, A.G. / Hong, W.-X. / Zhang, Q. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010 タイトル: Structures of cytochrome P450 2B4 complexed with the antiplatelet drugs ticlopidine and clopidogrel. 著者: Gay, S.C. / Roberts, A.G. / Maekawa, K. / Talakad, J.C. / Hong, W.X. / Zhang, Q. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Structure of microsomal cytochrome P450 2B4 complexed with the antifungal drug bifonazole: insight into P450 conformational plasticity and membrane interaction. 著者: Zhao, Y. / White, M.A. / Muralidhara, B.K. / Sun, L. / Halpert, J.R. / Stout, C.D. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Structure of mammalian cytochrome P450 2B4 complexed with 4-(4-chlorophenyl)imidazole at 1.9 {angstrom} resolution: Insight into the range of P450 conformations and coordination of redox partner binding. 著者: Scott, E.E. / White, M.A. / He, Y.A. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003 タイトル: An open conformation of mammalian cytochrome P450 2B4 at 1.6 A resolution. 著者: Scott, E.E. / He, Y.A. / Wester, M.R. / White, M.A. / Chin, C.C. / Halpert, J.R. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007 タイトル: Structural and thermodynamic consequences of 1-(4-chlorophenyl)imidazole binding to cytochrome P450 2B4. 著者: Zhao, Y. / Sun, L. / Muralidhara, B.K. / White, M.A. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. #5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 タイトル: Crystal Structures of Cytochrome P450 2B4 in Complex with the Inhibitor 1-Biphenyl-4-methyl-1H-imidazole: Ligand-Induced Structural Response through Alpha-Helical Repositioning 著者: Gay, S.C. / Sun, L. / Maekawa, K. / Halpert, J.R. / Stout, C.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3kw4.cif.gz | 120.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3kw4.ent.gz | 87.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3kw4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/3kw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/3kw4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 54169.082 Da / 分子数: 1 変異: E2A, G22K, H23K, P24T, K25S, A26S, H27K, R29K, H226Y 由来タイプ: 組換発現 詳細: Deleted residues 3-21, E2A, G22K, H23K, P24T, K25S, A26S, H27K, R29K, 4x Cterm His tag 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CYP2B4 / プラスミド: PKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP3 / 参照: UniProt: P00178, unspecific monooxygenase |
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-非ポリマー , 5種, 36分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-TIC / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CH0 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | AUTHORS INDICATE THAT THERE IS AN ERROR IN THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE AT RESIDUE 221 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.48 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / pH: 8.5 詳細: 20% (w/v) PEG 8000, 0.2 M MgCl2 and 0.1 M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 7.1 % / Av σ(I) over netI: 4.2 / 数: 173539 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.108 / D res high: 2.5 Å / D res low: 80.973 Å / Num. obs: 24553 / % possible obs: 99.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.67→80.973 Å / Num. obs: 20223 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 4.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.67→2.81 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.416 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SUO 解像度: 2.67→68.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 12.152 / SU ML: 0.253 / SU R Cruickshank DPI: 0.407 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.626 / ESU R Free: 0.33 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.67→68.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.67→2.74 Å / Total num. of bins used: 20
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