[日本語] English
- PDB-3kqx: Structure of a protease 1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kqx
タイトルStructure of a protease 1
要素M17 leucyl aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / protease / Aminopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / manganese ion binding / peptidase activity / proteolysis / zinc ion binding ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / manganese ion binding / peptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like ...Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / Leucine aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者McGowan, S. / Whisstock, J.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2010
タイトル: Structure of the Plasmodium falciparum M17 aminopeptidase and significance for the design of drugs targeting the neutral exopeptidases
著者: McGowan, S. / Oellig, C.A. / Birru, W.A. / Caradoc-Davies, T.T. / Stack, C.M. / Lowther, J. / Skinner-Adams, T. / Mucha, A. / Kafarski, P. / Grembecka, J. / Trenholme, K.R. / Buckle, A.M. / ...著者: McGowan, S. / Oellig, C.A. / Birru, W.A. / Caradoc-Davies, T.T. / Stack, C.M. / Lowther, J. / Skinner-Adams, T. / Mucha, A. / Kafarski, P. / Grembecka, J. / Trenholme, K.R. / Buckle, A.M. / Gardiner, D.L. / Dalton, J.P. / Whisstock, J.C.
履歴
登録2009年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: M17 leucyl aminopeptidase
B: M17 leucyl aminopeptidase
C: M17 leucyl aminopeptidase
D: M17 leucyl aminopeptidase
E: M17 leucyl aminopeptidase
F: M17 leucyl aminopeptidase
G: M17 leucyl aminopeptidase
H: M17 leucyl aminopeptidase
I: M17 leucyl aminopeptidase
J: M17 leucyl aminopeptidase
K: M17 leucyl aminopeptidase
L: M17 leucyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)722,075110
ポリマ-704,50812
非ポリマー17,56798
62,0263443
1
A: M17 leucyl aminopeptidase
B: M17 leucyl aminopeptidase
C: M17 leucyl aminopeptidase
D: M17 leucyl aminopeptidase
E: M17 leucyl aminopeptidase
F: M17 leucyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)361,02556
ポリマ-352,2546
非ポリマー8,77150
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27020 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area97620 Å2
手法PISA
2
G: M17 leucyl aminopeptidase
H: M17 leucyl aminopeptidase
I: M17 leucyl aminopeptidase
J: M17 leucyl aminopeptidase
K: M17 leucyl aminopeptidase
L: M17 leucyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)361,04954
ポリマ-352,2546
非ポリマー8,79648
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26940 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area97670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.404, 176.809, 224.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21G
12B
22H
13C
23I
14D
24J
15E
25K

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 86 - 602 / Label seq-ID: 3 - 519

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21GG
12BB
22HH
13CC
23II
14DD
24JJ
15EE
25KK

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
M17 leucyl aminopeptidase / Malarial protease


分子量: 58708.973 Da / 分子数: 12 / 断片: residues 84-605 / 変異: N152Q, N515Q, N546Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
: 3D7 / プラスミド: pTrc-His2b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 DE3 Rosetta2 / 参照: UniProt: Q8IL11, leucyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 6種, 3541分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 化合物
ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : CO3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#5: 化合物...
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 合成 / : C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3443 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 40% PEG 400, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M LiSO4, 1mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.96181 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月24日
放射モノクロメーター: Double Crystal silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96181 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→57.26 Å / Num. obs: 455194 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.5 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 11156121
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 24.5 % / Rmerge(I) obs: 1.513 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 66073 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GYT
解像度: 2.01→56.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 9.064 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23174 22865 5 %RANDOM
Rwork0.18029 ---
obs0.18288 432299 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 128.11 Å2 / Biso mean: 16.667 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.98 Å20 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---2.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→56.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46722 0 758 3443 50923
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.02248275
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8041.96965261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.53356107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.0525.1791902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.525157844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.15515100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.27487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02135518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.753230468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.126548868
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.588717807
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.8981016393
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1A3925TIGHT POSITIONAL0.080.05
1A3925TIGHT THERMAL0.330.5
2B3859TIGHT POSITIONAL0.050.05
2B3859TIGHT THERMAL0.270.5
3C3921TIGHT POSITIONAL0.050.05
3C3921TIGHT THERMAL0.330.5
4D3921TIGHT POSITIONAL0.080.05
4D3921TIGHT THERMAL0.340.5
5E3881TIGHT POSITIONAL0.080.05
5E3881TIGHT THERMAL0.390.5
LS精密化 シェル解像度: 2.006→2.058 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 1596 -
Rwork0.248 30506 -
all-32102 -
obs--95.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4548-0.1321-0.12030.19270.01940.1454-0.0225-0.088-0.00610.04850.0337-0.02250.00190.0069-0.01130.06180.0096-0.01020.0579-0.00180.006674.38882.24940.367
20.3651-0.041-0.00370.36710.07950.3915-0.0117-0.06580.06380.0270.0407-0.1750.03850.0672-0.0290.03210.00080.00390.0358-0.0260.1031120.04768.90113.954
30.3029-0.1944-0.16260.38240.10380.27050.01090.0326-0.0503-0.0491-0.0390.04020.0086-0.03980.0280.0436-0.0043-0.0040.04380.00050.009871.5657.931-8.377
40.481-0.1149-0.17570.25590.06050.2699-0.0035-0.0162-0.01570.03120.00180.047-0.0141-0.03050.00160.0478-0.00890.01750.05910.01980.021257.46841.29427.233
50.33950.08440.02410.35340.12820.4327-0.03780.0133-0.0189-0.01640.0487-0.0077-0.02290.0303-0.01080.03110.00650.00930.02710.00670.0049106.04230.3856.094
60.7122-0.13150.0120.52640.04380.1796-0.0544-0.16040.07560.11280.0581-0.1026-0.00620.0473-0.00360.13990.0421-0.02160.159500.0279102.48455.02554.418
70.4611-0.1424-0.04280.30650.06540.1869-0.0156-0.0635-0.02850.04380.0307-0.02560.0038-0.0224-0.0150.05420.0173-0.01640.02520.00380.011376.2382.253152.502
80.4808-0.0577-0.06750.41320.08290.3819-0.001-0.04450.07550.01830.0482-0.21380.0290.0667-0.04710.0303-0.00040.01430.0211-0.02880.1417121.84468.903125.981
90.3919-0.1761-0.02140.44790.06260.36950.03860.0994-0.0429-0.0864-0.05250.00980.0352-0.00410.01380.05580.009-0.00120.0756-0.00080.007373.28757.758103.946
100.4232-0.0736-0.12450.36860.08020.3073-0.0082-0.0067-0.01020.0251-0.00070.0724-0.0294-0.06120.00890.0435-0.010.00020.05450.0110.016959.27541.231139.668
110.42050.04710.0280.40620.23950.5382-0.0180.06720.0105-0.0620.0502-0.0592-0.06060.0163-0.03220.0339-0.00010.01280.0248-0.00230.0126107.86430.331118.435
120.514-0.10310.0120.47560.00530.27-0.0466-0.0240.07130.08560.0365-0.1031-0.01420.03820.010.09530.03-0.03690.0565-0.00140.0338104.36655.178166.553
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A86 - 603
2X-RAY DIFFRACTION2B86 - 603
3X-RAY DIFFRACTION3C86 - 603
4X-RAY DIFFRACTION4D86 - 603
5X-RAY DIFFRACTION5E86 - 602
6X-RAY DIFFRACTION6F86 - 603
7X-RAY DIFFRACTION7G86 - 603
8X-RAY DIFFRACTION8H86 - 603
9X-RAY DIFFRACTION9I86 - 603
10X-RAY DIFFRACTION10J86 - 603
11X-RAY DIFFRACTION11K86 - 602
12X-RAY DIFFRACTION12L86 - 603

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る