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万見
- PDB-3kpr: Crystal Structure of the LC13 TCR in complex with HLA B*4405 boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kpr
タイトルCrystal Structure of the LC13 TCR in complex with HLA B*4405 bound to EEYLKAWTF a mimotope
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • EEYLKAWTF, mimotope peptide
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-44 alpha chain
  • LC13 TCR alpha chain
  • LC13 TCR beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA B*4405 / TCRpMHC structure / ternary complex / allorecognition / TCR recognition / self peptide / Disulfide bond / Glycoprotein / Host-virus interaction / Immune response / Membrane / MHC I / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-12 production / alpha-beta T cell receptor complex / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / TAP binding / alpha-beta T cell activation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity ...regulation of interleukin-12 production / alpha-beta T cell receptor complex / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / TAP binding / alpha-beta T cell activation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / negative regulation of receptor binding / secretory granule membrane / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / defense response / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Downstream TCR signaling / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha chain constant / T cell receptor beta constant 1 / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Macdonald, W.A. / Chen, Z. / Gras, S. / Archbold, J.K. / Tynan, F.E. / Clements, C.S. / Bharadwaj, M. / Kjer-Nielsen, L. / Saunders, P.M. / Wilce, M.C. ...Macdonald, W.A. / Chen, Z. / Gras, S. / Archbold, J.K. / Tynan, F.E. / Clements, C.S. / Bharadwaj, M. / Kjer-Nielsen, L. / Saunders, P.M. / Wilce, M.C. / Crawford, F. / Stadinsky, B. / Jackson, D. / Brooks, A.G. / Purcell, A.W. / Kappler, J.W. / Burrows, S.R. / Rossjohn, J. / McCluskey, J.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2009
タイトル: T cell allorecognition via molecular mimicry.
著者: Macdonald, W.A. / Chen, Z. / Gras, S. / Archbold, J.K. / Tynan, F.E. / Clements, C.S. / Bharadwaj, M. / Kjer-Nielsen, L. / Saunders, P.M. / Wilce, M.C. / Crawford, F. / Stadinsky, B. / ...著者: Macdonald, W.A. / Chen, Z. / Gras, S. / Archbold, J.K. / Tynan, F.E. / Clements, C.S. / Bharadwaj, M. / Kjer-Nielsen, L. / Saunders, P.M. / Wilce, M.C. / Crawford, F. / Stadinsky, B. / Jackson, D. / Brooks, A.G. / Purcell, A.W. / Kappler, J.W. / Burrows, S.R. / Rossjohn, J. / McCluskey, J.
履歴
登録2009年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-44 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: EEYLKAWTF, mimotope peptide
D: LC13 TCR alpha chain
E: LC13 TCR beta chain
F: HLA class I histocompatibility antigen, B-44 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: EEYLKAWTF, mimotope peptide
I: LC13 TCR alpha chain
J: LC13 TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,86910
ポリマ－188,86910
非ポリマー00
水2,090116
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-44 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: EEYLKAWTF, mimotope peptide
D: LC13 TCR alpha chain
E: LC13 TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4355
ポリマ－94,4355
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11120 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area38550 Å2
手法PISA
2
F: HLA class I histocompatibility antigen, B-44 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: EEYLKAWTF, mimotope peptide
I: LC13 TCR alpha chain
J: LC13 TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4355
ポリマ－94,4355
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11270 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area38310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.117, 53.217, 143.202
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.390, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 AFBGDIEJ

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-44 alpha chain / MHC class I antigen B*44 / Bw-44


分子量: 32028.348 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30481, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 LC13 TCR alpha chain


分子量: 22317.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#5: タンパク質 LC13 TCR beta chain


分子量: 27153.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01850*PLUS

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 118分子 CH

#3: タンパク質・ペプチド EEYLKAWTF, mimotope peptide


分子量: 1187.319 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M NaOAc, 12-18% PEG 4000, 0.1M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 50197 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Χ2: 1.262 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.6-2.6930.45349760.96797.8
2.69-2.83.30.36951060.90199.8
2.8-2.933.30.28550650.979100
2.93-3.083.40.21250471.05199.9
3.08-3.283.30.16951241.19199.8
3.28-3.533.20.13150201.41798.5
3.53-3.882.90.09848721.50395.3
3.88-4.453.10.07349641.75196.1
4.45-5.63.10.06147761.74992.5
5.6-503.20.04352471.26998.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1SYV and 1KGC

1syv

1kgc


解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 28.768 / SU ML: 0.288 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 2538 5.1 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.222 50191 97.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.18 Å2 / Biso mean: 36.4 Å2 / Biso min: 15.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5 Å20 Å21.74 Å2
2---1.7 Å20 Å2
3---0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13318 0 0 116 13434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02113680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9261.93818614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7551642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6123.859710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.009152196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.08415104
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0210752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1680.25286
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.29056
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.59138532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.033513384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.51675987
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.366105230
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.665 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 207 -
Rwork0.29 3390 -
all-3597 -
obs--94.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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