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- PDB-5m01: Crystal structure of murine P14 TCR/ H-2Db complex with PA, modif... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m01
タイトルCrystal structure of murine P14 TCR/ H-2Db complex with PA, modified gp33 peptide from LCMV
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
  • LCMV-DERIVED GP33 ALTERED PEPTIDE LIGAND PA
  • Protein Trav14-1,T-cell receptor alpha chain C region
  • T-cell receptor beta chain V region C5,T-cell receptor beta-2 chain C region
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC class I / TCR / H-2Db / gp33 / LCMV
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / alpha-beta T cell receptor complex / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway ...Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / alpha-beta T cell receptor complex / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains ...: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 14-1 / T-cell receptor alpha chain constant / T-cell receptor beta-2 chain C region / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / T-cell receptor beta chain V region C5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Achour, A. / Sandalova, T. / Sun, R. / Han, X.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Thernary complexes of TCR P14 give insights into the mechanisms behind reestablishment of CTL responses against a viral escape mutant
著者: Allerbring, E. / Duru, A. / Sun, R. / Han, X. / Uchtenhagen, H. / Madhurantakam, C. / Popov, A. / Markova, N. / Talyzina, A. / Nygren, P.A. / Sandalova, T. / Achour, A.
履歴
登録2016年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
G: Protein Trav14-1,T-cell receptor alpha chain C region
H: T-cell receptor beta chain V region C5,T-cell receptor beta-2 chain C region
P: LCMV-DERIVED GP33 ALTERED PEPTIDE LIGAND PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7387
ポリマ－96,5545
非ポリマー1842
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11250 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area37810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)255.926, 46.542, 89.398
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABGH

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32087.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 13794.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質 Protein Trav14-1,T-cell receptor alpha chain C region


分子量: 23072.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trav14-1, Tcra / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G2JF94, UniProt: P01849
#4: タンパク質 T-cell receptor beta chain V region C5,T-cell receptor beta-2 chain C region


分子量: 26647.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04213, UniProt: P01851

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#5: タンパク質・ペプチド LCMV-DERIVED GP33 ALTERED PEPTIDE LIGAND PA


分子量: 951.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)

-
非ポリマー , 2種, 355分子

#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.28 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 19% PEG 6000, 0.1M Tris HCl pH 8.0 / PH範囲: 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→127.6 Å / Num. obs: 76281 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.95→1.99 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.603 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 4331 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1s7u

1s7u


解像度: 1.95→127.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 7.805 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.141 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22868 3830 5 %RANDOM
Rwork0.19569 ---
obs0.19736 72450 98.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.731 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å2-0 Å20.03 Å2
2--0.17 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→127.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6512 0 12 353 6877
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196748
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6861.9379159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.978314155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1235814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.81923.988331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.659151103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2751541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021625
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0932.0633259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0922.0633258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7983.0854067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7983.0854068
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3592.2223489
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3442.2223489
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1723.2665092
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.03716.7777468
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.93616.4947369
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 275 -
Rwork0.284 5152 -
obs--96.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9679-0.1075-0.18881.71860.19141.373-0.01560.01790.0920.0181-0.0026-0.08040.012-0.06110.01820.12470.00890.04190.11920.03170.1194259.543-19.302113.949
23.59351.0543-0.61511.577-0.10261.71010.04780.0129-0.0180.0610.01350.05310.0083-0.3221-0.06120.06890.06090.03150.24710.02280.0906223.117-15.074120.99
33.3156-0.64940.56461.6697-0.27741.7830.01780.43290.1065-0.10950.02580.2015-0.011-0.3829-0.04360.0471-0.0130.01890.29690.04990.0686234.086-17.17101.149
43.38810.0768-0.26911.6577-0.26181.5229-0.0046-0.61340.12880.0059-0.1073-0.20820.05930.52660.11190.02430.03480.04010.34980.02820.1044289.746-17.568121.086
52.23580.18780.96022.10220.59344.2824-0.1291-0.39980.20230.19120.2293-0.0103-0.522-0.0284-0.10010.10980.0759-0.00090.2334-0.09120.1148323.113-22.839114.934
68.13720.4379-1.98914.7144-2.955210.9955-0.1828-0.170.0833-0.0973-0.0575-0.6239-0.55040.64750.24030.17250.0798-0.01950.2474-0.13840.2635325.353-22.112113.957
73.25130.9355-2.01370.6696-0.00032.11150.01890.29410.24170.0620.1090.12740.0429-0.1851-0.12790.03430.0520.06880.16310.11560.1643287.087-20.33297.634
81.5461-0.81011.67281.0812-1.34873.746-0.0622-0.18850.03420.13490.1905-0.0075-0.1062-0.0296-0.12830.05250.05160.01260.2049-0.02470.0841317.037-28.984106.204
93.181-3.04373.49375.4808-4.78146.75260.19670.0504-0.065-0.27670.03980.03610.34260.0627-0.23640.11360.00750.00210.2017-0.03620.1372313.578-34.45495.584
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2A182 - 276
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4G9 - 120
5X-RAY DIFFRACTION5G121 - 171
6X-RAY DIFFRACTION6G172 - 196
7X-RAY DIFFRACTION7H1 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8H113 - 195
9X-RAY DIFFRACTION9H196 - 237

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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