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- PDB-5wlg: Crystal Structure of H-2Db with the GAP501 peptide (SQL) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wlg
タイトルCrystal Structure of H-2Db with the GAP501 peptide (SQL)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • GAP50 peptide
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
  • T cell receptor alpha variable 8D-2,Human nkt tcr alpha chain
  • T-cell receptor beta chain V region C5,Human nkt tcr beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / H-2Db / malaria / GAP50 / Immune response gene / TCR / T cell / Vb8.1
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / immune system process / cellular defense response ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / immune system process / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / response to bacterium / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / hydrolase activity / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus ...: / : / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 8D-2 / Secreted acid phosphatase, putative / Human nkt tcr alpha chain / Human nkt tcr beta chain / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / T-cell receptor beta chain V region C5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gras, S. / Farenc, C. / Josephs, T. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2017
タイトル: A T Cell Receptor Locus Harbors a Malaria-Specific Immune Response Gene.
著者: Van Braeckel-Budimir, N. / Gras, S. / Ladell, K. / Josephs, T.M. / Pewe, L. / Urban, S.L. / Miners, K.L. / Farenc, C. / Price, D.A. / Rossjohn, J. / Harty, J.T.
履歴
登録2017年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: GAP50 peptide
D: T cell receptor alpha variable 8D-2,Human nkt tcr alpha chain
E: T-cell receptor beta chain V region C5,Human nkt tcr beta chain
F: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: GAP50 peptide
I: T cell receptor alpha variable 8D-2,Human nkt tcr alpha chain
J: T-cell receptor beta chain V region C5,Human nkt tcr beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,10214
ポリマ－184,99810
非ポリマー1044
水16,033890
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: GAP50 peptide
D: T cell receptor alpha variable 8D-2,Human nkt tcr alpha chain
E: T-cell receptor beta chain V region C5,Human nkt tcr beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5577
ポリマ－92,4995
非ポリマー582
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10940 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area37920 Å2
手法PISA
2
F: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: GAP50 peptide
I: T cell receptor alpha variable 8D-2,Human nkt tcr alpha chain
J: T-cell receptor beta chain V region C5,Human nkt tcr beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5457
ポリマ－92,4995
非ポリマー462
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10850 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area37950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.735, 70.210, 116.488
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AFBGDIEJ

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32281.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01887
#4: タンパク質 T cell receptor alpha variable 8D-2,Human nkt tcr alpha chain / Human nkt tcr beta chain


分子量: 20203.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Trav8d-2, B2M, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A075B616, UniProt: K7N5M3
#5: タンパク質 T-cell receptor beta chain V region C5,Human nkt tcr beta chain


分子量: 27303.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
プラスミド: pET30 / 遺伝子: B2M, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P04213, UniProt: K7N5M4

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CH

#3: タンパク質・ペプチド GAP50 peptide


分子量: 1050.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
遺伝子: GAP50, PBK173_000161900, PBNK65E_000154900, PBNK65NY_000154100, PBSP11A_000154100, PBSP11RLL_000154100
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Y9W4B5

-
非ポリマー , 3種, 894分子

#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 890 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 % / Mosaicity: 0.07 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: 18%PEG3350, 2% ethylen glycol, 0.2M CaCl2, 0.1M HEPES pH 7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.05 Å / Num. obs: 103846 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 36.87 Å2 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.722 / Num. unique obs: 5143 / CC1/2: 0.844 / Rpim(I) all: 0.346 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L8D, 1KGC

4l8d

1kgc


解像度: 2.1→47.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU R Cruickshank DPI: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.25 / SU Rfree Blow DPI: 0.191 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.191
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 5105 4.92 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22 103824 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.0156 Å20 Å2-1.716 Å2
2---19.2465 Å20 Å2
3---8.231 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→47.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12943 0 4 890 13837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00813371HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0918190HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4556SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes365HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1934HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13371HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.45
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1682SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15221SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2873 373 4.88 %
Rwork0.2673 7274 -
all0.2682 7647 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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